报表需列明船只数目、货物品类数量、应收实收税款、开支细目等，力求透明。
强化稽查：各海关配备缉私船队和巡丁，由熟悉水性的沿海民壮、退伍水师士兵组成，在口岸附近水域及沿海要道巡逻，严查绕越偷漏。
鼓励商民举报走私，查实后以没收货物价值的三成重奖。
对抓获的走私犯，无论华洋，一律按《大陈律》严惩，洋商走私则加倍罚款，屡犯者吊销贸易执照，驱逐出境。
“保商”与“行商”制度改造：保留并规范广州原有的“十三行”制度，但将其纳入海关管理体系。
行商需向海关缴纳巨额“行帖”保证金，并承担为其担保的外商纳税、行为的连带责任。
行商不再是简单的中间商，而是协助海关管理外商、评定货价、办理交涉的半官方机构。
其利润来自官府允许的合法佣金，而非盘剥外商或勾结走私。
第四，改善口岸设施与服务，以便商为本。
陈远强调，海关不仅是收税机关，也是“柔远人，通有无”的窗口。
诏令各海关衙门：
修建专用码头、货栈、验货场，避免风雨损失，加快装卸检验速度。
设立“夷馆”（外商居住区），但需整洁安全，由官府管理，收取合理租金，并提供基本生活服务，禁止外商随意出入城内。
明确办事流程与时限：规定船只抵港后查验、征税、放行的最长时间，减少商船滞港成本。
设立“申诉箱”和“接诉官”，外商对海关处置不满可按规定程序申诉，但必须服从最终裁定。
提供必要通译、经纪、医疗服务（有偿），减少外商因语言不通、人地生疏带来的不便与纠纷。
改革推行之初，阻力巨大。
原有市舶司、地方衙门的既得利益集团（胥吏、包税商、地方豪强）极力阻挠破坏，散布谣言，甚至怂恿部分行商、洋商闹事。
一些地方督抚也对中央直接派设海关、分割其财权人事权感到不满，阳奉阴违。
沿海走私势力更是疯狂反扑，袭击缉私船只。
陈远对此早有预料，他任命以铁面无私、精通钱谷着称的户部右侍郎靳辅（历史人物，以治河、清廉着称，此处借用其名）为钦差大臣，总督海关事务，赐尚方剑，巡察各口岸。
靳辅到任后，雷厉风行，查处了一批贪墨舞弊的旧官吏和地方保护伞，当众处决了数名走私首恶，并强力推行新制。
同时，朝廷通过《京报》大力宣传海关改革的意义，揭露旧制弊端，争取商民支持。
对新海关中表现优异、廉洁勤能的官员，破格提拔，重奖厚赏。
经过近一年的强力整顿与磨合，至启明十年，新的海关制度在四大口岸初步站稳脚跟。
尽管仍有不尽如人意之处，但相比从前，关税征收明显规范、透明、高效，税额大幅度增长。
而更重要的，是它向中外商贾传递了一个清晰信号：大陈朝廷有决心、有能力建立一套公平、稳定、可预期的贸易规则，这对于吸引长期、大规模的合法贸易，至关重要。
海关，这个帝国的财富闸门，在制度的约束下缓缓开启，预示着白银滚滚而来的时代，即将到来。