新海关制度的齿轮一旦开始严丝合缝地运转，其产生的效益便以令人瞠目的速度显现出来。
启明十年的户部岁入奏销黄册，用朱笔赫然标出了一个前所未有的数字——海关税银，岁入逾八百万两。
这还仅仅是广州、厦门、宁波、云台山四大正口的统计，未计入福州、泉州对东洋、南洋华商的税收，以及吕宋、澳门等海外殖民地和租借地的收入。
这个数字，几乎相当于全国田赋收入的三分之一强，且增长势头迅猛。
白银，如同被磁石吸引的洪流，从四面八方，主要通过以下几个渠道，汹涌注入帝国的财政血脉：
最大宗，也最稳定的，是 对欧直接贸易。随着海关制度规范化，贸易条件明确，欧洲商船，尤其是荷兰东印度公司和英国东印度公司（此时已开始尝试对华贸易）的船只，来华数量显着增加。
他们从欧洲、印度、东南亚运来白银（墨西哥鹰洋、西班牙本洋）、毛呢、香料（部分）、棉花、药材、钟表等，但最受欢迎、也几乎是唯一能平衡巨额逆差的硬通货，就是白银。
因为欧洲对中国茶叶、生丝、瓷器、丝绸的需求几乎是无限的，而中国对欧洲商品的需求相对有限（呢绒销量渐增，但远不能抵补）。
于是，一船船白银在海关官吏的监督下过秤、登记、抽税（5%的从价税），然后流入特许行商的银库，再通过行商购买中国货物。
仅茶叶一项，每年从福建、安徽、浙江等地汇集到广州、厦门，经海关出口的数量就以数千万斤计，换回的白银堆积如山。
其次，是 南洋与日本贸易。
尽管荷兰垄断了南洋部分香料，但大陈通过吕宋基地、华人海商网络以及直接贸易，依然获得了大量香料（胡椒、丁香）、苏木、玳瑁、燕窝、锡、铅等特产，除部分自用外，也转口日本或欧洲获利。
对日贸易虽受“锁国”政策限制，但通过郑氏旧部、福州、泉州的特许商船，仍然能将生丝、药材、书籍、砂糖等运往长崎，换回日本白银、铜、硫磺等，利润丰厚。
南洋和日本贸易的白银流入，补充了欧洲白银的不足。
第三，是 海外殖民与特许公司收入。
吕宋北镇守府（赵勇经营）不仅自身通过控制金矿、蔗糖、烟草、香料贸易获取巨额利润，每年上缴内库的白银、黄金价值不下百万两。
朝廷特许成立的“皇明海洋贸易公司”（简称“皇贸公司”），由内帑、户部、以及民间大商贾（主要是闽粤海商）参股，享有对东洋（日本）、南洋（非荷兰核心区）及印度洋的部分贸易专营权，其利润分红也是朝廷重要财源。
此外，澳门葡萄牙人缴纳的“地租银”和贸易税，广州荷兰商馆的馆租及贸易税，虽数目相对不大，但象征意义显着，体现了主权收益。
第四，是 国内工商税的增长。
海关改革带动了沿海口岸城市的繁荣。
广州、厦门、宁波、云台山（上海）迅速成为万商云集的巨埠。
为外贸服务的行业如造船、瓷器烧造、丝绸纺织、茶叶加工、包装运输、钱庄票号、客栈酒楼等空前兴旺。