除了改革文科举，还大力恢复并革新“武举”，并新设“专科”。
武举：考试内容加重兵法韬略（笔试）和实战演练（骑射、兵器、阵图、火器操作）的比重，选拔真正知兵善战的将才，而非仅凭勇力的武夫。
新设“明算科”、“明法科”、“明医科”、“译学科”等专科。
这些专科与正科（文科举）并行，但录取后多分配至户部、工部、刑部、大理寺、太医院、理藩院、市舶司等专业部门，或地方担任钱谷、刑名、水利、通译等佐贰官。
专科地位虽略低于正科进士，但开辟了专业技术人才的上升通道，且待遇优厚。
改革还涉及考官选拔、阅卷标准、防弊措施 等配套制度。
要求考官需有地方或部院实务经验，阅卷时注重内容而非形式，对“策论”、“格致”等新科目，聘请格致院学者、有经验的官员 参与评审。
完善“糊名”、“誊录”制度，严厉惩罚科场舞弊。
诏令一出，天下哗然。
守旧士人如丧考妣，痛心疾首。
许多皓首穷经、专攻八股的“老童生”、“老秀才”顿感前程尽毁，有的痛哭流涕，有的聚众抗议，甚至有人以死明志。
攻击改革的奏章如雪片般飞向北京，斥之为“败坏圣学”、“弃本逐末”、“以匠作之术凌驾孔孟之道”。一
些地方学官、书院山长也阳奉阴违。
但支持改革的力量更为强大。
徐光启、李邦华 等朝廷重臣坚定推行。
格致院 及受新学影响的年轻士子欢欣鼓舞。新兴的工商阶层 也乐见其成，希望子弟能通过更实用的科举步入仕途。
贵族议院 中不少开明议员亦表示支持。
皇帝陈远态度坚决，对反对声浪予以驳斥，并严厉查处了几起抵制改革的地方学政。
为了平稳过渡，朝廷也采取了一些缓和措施：允许四十岁以上、专攻八股的生员，在一定年限内参加特设的、难度较低的“恩科”，考取“同进士出身”或授予教职、低级佐贰官，以作安抚。
同时，加大官学、书院 中新学内容的教授，并出版刊行新编的考试指南、格致常识读本，帮助考生适应。
科举废八股，取士重实学。
这场改革，是对延续数百年的官僚选拔根本制度的撼动。
其短期阵痛不可避免，但从长远看，它极大地扭转了帝国人才选拔的方向，将经世致用、求真务实 的精神注入仕进之途，为“新政”的深入和“内阁负责制”等新体制的运行，提供了至关重要的人才保障。
更重要的是，它向社会传递了一个清晰信号：朝廷需要的不再是只会做道德文章、空谈性理的“圣人门徒”，而是能够解决实际问题、富国强兵的实干之才。
教育的指挥棒转向，必将引导整个社会风气与学术思潮的深刻变化。
而随着新式科举的推行，一种全新的、融合了传统儒学精华与现代实用知识的“新学”，开始在帝国的文化土壤中，蓬勃生长。