科举取士的指挥棒转向“新学”，如同在帝国知识体系的根系注入了一股活水，然而，仅仅依靠改良官学、书院和私塾的零散教学，已难以满足对系统性、高层次、专业化“新学”人才的爆炸性需求。
朝廷需要的不再是仅仅通晓经义、略知实务的普通官吏，更需要能够领导技术革新、掌管专业部门、处理复杂外交、规划国家战略的高级专门人才。
旧有的国子监、地方府州县学，其教育内容、师资水平、管理模式，已严重滞后于时代。
创办新式大学，成为“启明”朝廷培育顶尖人才、引领学术风气的必然选择。
启明二十五至三十年间，一场由国家主导、地方响应、官民合力的“兴办大学”热潮，在帝国南北蓬勃兴起。
这场运动并非简单复制传统书院模式，而是带有鲜明的“启明”特色——官办为主，注重实用，分科设教，中西兼采。
首先，是京师国立大学的创办与引领。
启明二十五年，在皇帝陈远亲自过问、首席大学士徐光启直接主持下，京师大学堂（后改称京师大学）在北京 西郊（原皇家园林之一部）正式创立。
其规格之高，开帝国教育史之先河。
皇帝亲题匾额，并下诏明确其宗旨：“京师大学堂，为 国家储才 之地， 讲求 实学，融贯 中西，以 造就 通 经 致用 之 才，备 朝廷 任 使。”
徐光启兼任首任管学大臣（校长），从全国征召博学鸿儒、格致院学者、乃至高薪聘请西洋学者（耶稣会士、荷兰技师）任教。
京师大学堂分科设院，初设：
经学院：并非单纯讲授程朱理学，而是以“通经致用”为要，研究经学与政治、伦理、教育之关系，培养高级文官与学者。
法学院：系统讲授《大陈律》、历代刑名、诉讼程序、乃至初步的“万国公法”（国际法），培养司法、外交人才。
格致学院（理学院）：下设算学、天文、地理、物理、化学（萌芽）、动植物学 等门，是吸收西学、进行基础科学研究的前沿。
工学院：最初设土木工程（水利、道路、建筑）、矿冶工程、机械工程 等门，注重实用技术与设计。
农学院：研究农学、畜牧、林业、病虫害防治，旨在推广农业技术。
医学院：尝试融合传统中医与初步的西医生理、解剖、外科知识。
学制灵活，分“预备科”（类似预科，学习基础）、“正科”（分专业深入学习，三至五年不等）。
课程除本专业外，还须修习经学、国文、骑射。
教学注重实验、实习、辩论。
图书馆收藏大量中西图书、仪器。