当移民的足迹踏遍河西走廊，汉人的村落如星点般散布在天山北路，朝廷对新疆 的实际控制力与日俱增。
然而，其行政体制却仍延续着清朝旧制与本地并存的混乱局面：伊犁将军 统辖北疆军务并节制全疆，参赞大臣、办事大臣、领队大臣 分驻各城，管理驻防八旗、绿营及部分民政；南疆（回部）则主要由伯克（当地头人）制度管理，高度自治，仅受参赞大臣（驻喀什噶尔、叶尔羌等）监督；东部哈密、吐鲁番等地则有回王 世袭。
这种军府制与伯克制并存的多元管理，效率低下，政令不一，且易于滋生地方势力尾大不掉，难以适应“启明”朝加强中央集权、直接治理边疆的战略需求。
与此同时，在帝国西南的西藏，情况更为特殊。
自前明及清初以来，西藏实行政教合一体制，达赖喇嘛 与班禅额尔德尼 为宗教领袖，噶厦政府（由噶伦等僧俗贵族组成）处理世俗政务，清朝则通过驻藏大臣 进行监督和一定程度干预。
然而，驻藏大臣权力有限，且常受制于本地贵族和宗教势力。
西藏内部农奴制 盛行，社会停滞，外部则面临廓尔喀（尼泊尔）、英属印度 的潜在威胁。朝廷在西藏的统治，更多是“羁縻”，而非直接管理。
面对新疆与西藏的不同情况，朝廷采取了“因俗而治，渐进改革”的总体方针，但具体路径迥异。
对于新疆，最终目标是“改土归流”，建立与内地一致的行省制度。
启明四十五年前后，随着北疆汉人移民社区日益稳固，南疆社会经济因与内地贸易（丝绸、茶叶、瓷器）而更加密切，且沙俄在中亚扩张步伐加快，朝廷认为彻底解决新疆行政体制问题的时机趋于成熟。
在多次朝议和实地考察后，皇太子陈弘绪力主推动新疆建省。
新疆建行省的过程，可谓“步步为营，水到渠成”：
1. 舆论与人才准备：通过《京报》等渠道，宣传新疆“土地广袤，物产丰饶，实为西北藩篱”，强调直接治理对于巩固国防、开发资源、惠及各族的重要性。
同时，提前数年开始在京师大学堂、西北大学堂 培养通晓蒙古语、维吾尔语、熟悉边情的官吏，储备人才。
2. 军事威慑与政治分化：在伊犁、乌鲁木齐 保持足够军事存在，震慑可能的地方反对势力。
同时，拉拢分化回部伯克 和蒙古王公，对愿意合作者，允诺在建省后保留其部分特权、授予虚衔爵位、其子弟可入京学习；对顽固者，则逐步削弱其权力，或以“贪腐”、“不法”等名目撤换。
3. 渐进式行政改革：首先，在汉人聚居、统治基础较好的北疆（乌鲁木齐、伊犁、塔尔巴哈台等地），试行设立府、厅、州、县，派流官治理，建立户籍、征收赋税、审理词讼，与内地制度接轨。
取得经验后，逐步向南疆推广。
在此过程中，逐步将原伊犁将军 的民政权力剥离，使其专司边防军务。
4. 最终建省：启明四十八年，朝廷正式下诏，裁撤伊犁将军等处旧制，设立新疆省。
省会定于乌鲁木齐（迪化）。
全省划分为镇迪道（北疆）、伊塔道（伊犁、塔城）、阿克苏道、喀什噶尔道 等数道，下设府、厅、州、县。
任命巡抚总揽全省军政，下设布政使（管财政民政）、按察使（管司法）、提督学政（管教育）等。
伯克制被正式废除，原伯克可经考核转为流官佐贰或给予闲职。
回王制度保留，但仅限于哈密、吐鲁番等极少数地区，且权力大为缩减。