驻防八旗、绿营改编为新疆陆军，归巡抚节制。
同时，在格致院协助下，开始全省土地清丈、人口普查、驿道整修、矿产勘探。
新疆建省，标志着帝国对新疆的统治进入了直接、有效、与内地一体化的新阶段，极大地加强了中央对西域的控制，有力遏制了沙俄和英属印度的渗透野心，也为进一步开发新疆资源、巩固西北边防奠定了坚实的制度基础。
对于西藏，则采取了更为和缓、注重传统的“改土归流”，实为“强化监督，渐进变革”。
鉴于西藏政教合一的特殊性和宗教力量的强大，朝廷没有贸然推行“行省化”，而是选择在承认和利用现有体制的基础上，加强中央的监督和控制，逐步推动社会改革。
西藏“改土归流”的核心，是“强化驻藏大臣职权，改革噶厦，限制农奴制”：
1. 提高驻藏大臣地位与权力：规定驻藏大臣与达赖喇嘛、班禅额尔德尼地位平等，共同处理西藏重要事务。
驻藏大臣拥有最终核准 噶厦重要人事任命（如噶伦）、外交（与廓尔喀、布鲁克巴等交往）、军事（藏军指挥权部分收归）、司法（复核重大案件）等权力。
驻藏大臣衙门增设属官，扩大编制，并配备小型卫队和电报房，确保政令畅通。
2. 改革噶厦政府：在驻藏大臣主持下，对噶厦进行改组，明确其权限，规定其需定期向驻藏大臣汇报政务。
尝试引入少量精通汉藏事务、忠于朝廷的僧俗官员 进入噶厦，以平衡传统贵族势力。
要求噶厦财政预算需报驻藏大臣审核。
3. 限制与改革农奴制：这是最敏感也最艰难的一步。
朝廷没有宣布废除农奴制，但通过驻藏大臣颁布法令，禁止农奴主任意杀害、伤残农奴；规定农奴劳役、贡赋的上限；允许农奴在满足一定条件后，脱离原领主，成为“自由民”；鼓励内地商人入藏贸易，带来新的经济因素，冲击旧有经济关系。
同时，在拉萨等地设立“义仓”、“施诊所”，由朝廷和内地捐助，直接救济贫苦藏民，争取底层人心。
4. 经济与文化渗透：修筑川藏、青藏 官道，改善交通。
鼓励汉藏贸易，在打箭炉（康定）、拉萨 设立官办茶马司，规范贸易。
在北京、成都等地设立“藏文馆”，培养通晓藏语文的官员。
允许内地僧人到西藏三大寺学经，也邀请西藏高僧到内地讲学，加强宗教文化交流。
新疆建行省，西藏改土归。
朝廷根据新疆与西藏不同的历史、民族、宗教、社会状况，采取了差异化的边疆治理策略。
在新疆，以建立行省实现直接统治；在西藏，则以强化驻藏大臣权力、渐进改革旧制为主。
两者目标一致：加强中央对边疆的控制，巩固统一多民族国家，并为其长远发展创造条件。
新疆建省的成功，为处理其他边疆问题提供了“激进改革”的样本；而西藏的渐进模式，则体现了“因俗而治”的灵活性。
接下来，朝廷需要将“西藏模式”中的关键角色——驻藏大臣 制度化、权威化，并处理好与西藏治理密切相关的另一个广袤区域——蒙古的诸部王公关系，形成一套完整的、覆盖整个北部与西部边疆的治理体系。