随着新疆行省体制的确立与西藏“改土归流”的推进，帝国的边疆治理进入了精细化、制度化操作的新阶段。
对于西藏，强化后的驻藏大臣 成为中央意志在雪域高原的核心体现与执行枢纽；而对于地域更为辽阔、部族关系复杂的蒙古地区，则需在承认其传统社会结构的基础上，构建一套既能维护朝廷权威、又能稳定地方、并可逐步渗透影响的治理框架，其核心便是完善并活用蒙古王公制度。
首先，是驻藏大臣制度的权威化与系统化。
启明四十九年，朝廷在总结前期经验基础上，颁布《钦定藏内善后章程二十九条》（仿历史《钦定藏内善后章程》而更详备），以法律形式确立了驻藏大臣的至高地位与权责：
1. 地位与任命：明确规定驻藏大臣“办理西藏事务，地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等”，共同处理藏务。
驻藏大臣由皇帝特简，通常从理藩院 资深大臣、熟悉边情的军机章京或蒙古王公 中遴选，均为二品以上大员，赋予“钦差”头衔。
任期三年，可连任，但需定期向皇帝和军机处详细奏报。
2. 职权明细：
人事权：噶伦、代本（藏军军官）等重要僧俗官员的任命，需由达赖喇嘛或噶厦提名，最终由驻藏大臣会同达赖喇嘛共同选定，奏报朝廷批准。
驻藏大臣有权考核、弹劾、罢黜 不称职的噶厦官员。
外交权：西藏一切对外交涉，必须经由驻藏大臣办理。
禁止噶厦或地方头人私自与廓尔喀、布鲁克巴（不丹）、哲孟雄（锡金）及英属印度 等往来。
驻藏大臣衙门设立“夷情章京”，专司外交。
军事权：驻藏大臣直辖一支约两千人 的驻藏绿营兵，驻防拉萨、日喀则等要地。
藏军的规模、装备、调动，需报驻藏大臣核准。驻藏大臣有权巡视各地防务。
司法权：涉及汉人、蒙古人 的案件及藏族内部的重大命盗案件，由驻藏大臣主持或派员会同噶厦审理。
驻藏大臣拥有终审权 和死刑复核权。
财政监督权：噶厦的财政收入（地租、贸易税、罚没等）与支出，需造册报驻藏大臣审核备案。
朝廷赏赐达赖、班禅及各大寺的财物，也由驻藏大臣监督发放。
宗教事务监督权：达赖、班禅及各大呼图克图的转世灵童认定，需按“金瓶掣签”制度进行，由驻藏大臣亲临监督，并报朝廷批准。防止上层贵族操纵转世。
3. 保障措施：驻藏大臣衙门配备通译、文牍、卫队，并设驿站、电报房，确保与北京联系畅通。
朝廷拨付专款，用于驻藏大臣衙门的开支及赏赐、赈济之用。