通过《二十九条》，驻藏大臣从以往的“监军”或“协调者”，真正转变为代表朝廷、总揽西藏军政外交的最高长官，达赖喇嘛的世俗权力受到相当制约，中央政府对西藏的统治得到了空前强化。
其次，是蒙古王公制度的完善与运用。
对于广袤的漠南（内蒙古）、漠北（外蒙古喀尔喀各部）、漠西（青海蒙古、新疆蒙古）的蒙古各部，朝廷采取了与西藏不同的策略。
鉴于蒙古地区地域过于辽阔，完全实行流官统治不现实，且蒙古部落传统强大，朝廷选择在保持其札萨克旗制度（世袭旗主）和盟旗 组织的基础上，通过一系列制度安排，将其牢牢纳入帝国统治体系，此即“蒙古王公制”的精髓。
1. 爵位封授与朝觐制度：朝廷对归顺的蒙古王公（汗、亲王、郡王、贝勒、贝子、公等）重新厘定爵位，世袭罔替，但需朝廷正式册封（颁发诰命、印信）。
规定各王公需定期赴北京朝觐皇帝，或赴热河行围，以示臣服，并接受赏赐。
这既是荣誉，也是控制。
2. 盟旗制度与中央监督：保留蒙古原有的“盟”（若干旗的会盟）和“旗”（基本行政军事单位）建制。
但规定各旗札萨克（旗主）在处理旗内重大事务时，需报所在盟长和朝廷派出的驻扎大臣核准或转奏。
盟长虽由蒙古王公中选任，但需朝廷任命。驻扎大臣有权监督各旗政务、司法，并负责边防、驿传、贸易等事务。
3. 兵权控制：各蒙古旗的兵丁（“箭丁”）数量、装备、调动，需报驻扎大臣备案。
朝廷在战略要地驻有直属的八旗 或绿营 兵，以资震慑。
战时，蒙古兵需听从朝廷调遣。
4. 司法管辖：蒙古人之间的案件，一般按《蒙古律例》由旗札萨克审理，但死刑案件 和蒙汉纠纷，需报驻扎大臣或理藩院复核。这确保了朝廷的司法终审权。
5. 经济笼络与限制：朝廷通过“年班”赏赐、俸禄、贸易特权厚待王公。
同时，限制蒙古王公随意增加属民赋税、摊派，以缓和内部矛盾。
鼓励内地商人前往蒙古贸易（茶、布、铁器换牲畜、皮毛），加强经济联系。
6. 宗教引导：尊崇藏传佛教（格鲁派），鼓励蒙古王公贵族子弟入寺为僧，或到北京雍和宫、多伦诺尔汇宗寺 学习，利用宗教纽带加强控制。同时，限制西藏宗教势力对蒙古事务的过度干预。
驻藏大臣派，蒙古王公制。
朝廷通过强化驻藏大臣 在西藏的直接权威，以及完善运用蒙古王公 制度在蒙古地区的间接统治，构建了一套覆盖青藏高原和蒙古草原的、兼具“直接治理”与“间接统治”色彩的边疆控制体系。两者都旨在确保中央政令的畅通、维护国家统一、防范外敌渗透、并逐步推动当地社会经济的有限发展。
然而，制度的有效运转，离不开人的执行与情感的纽带。
在冰冷的法律条文与权力结构之外，朝廷还须运用更为柔性的手段——联姻、羁縻、文化融合——来润滑边疆与中央的关系，在漫长的时间里，潜移默化地塑造“一体”的认同。