南京城内，战斗已从宫墙蔓延到街巷。
楚王埋伏的第三队死士，按计划在城内多处纵火。户部衙门、工部军器局、理工学院都遭到袭击。但这些要害部门，徐尔默早有防备——他奉密旨，早在数日前就暗中增强了守卫，并从新军中抽调了可靠士兵换上差役服装，混在其中。
户部衙门，二十余名死士刚撞开大门，就遭遇了火枪齐射。带队的是刚从北方调来的年轻军官，在孙传庭手下历练过，毫不留情：“放！”
硝烟弥漫，死士倒下一片。
工部军器局，死士试图点燃火药库，却被埋伏的工匠用特制的“捕网”和石灰粉擒获——这些工匠常与危险品打交道，早有应急预案。
最激烈的战斗发生在理工学院。
方以智本在学院值守，听到爆炸声立刻组织学生和教员自卫。他们将沉重的实验仪器堵住大门，用实验室的酸液、燃烧瓶做武器。陈潢更是带着几个胆大的学生，爬上屋顶，用改造的“投石机”（原本是物理课教具）投掷石块和点燃的油罐。
死士头目没想到会遇到如此顽强的抵抗，更没想到一群“书生”竟有这般战力。
“放箭！射死那些房顶的！”头目怒吼。
箭矢飞向屋顶。一个学生中箭惨叫，从屋顶滚落。陈潢红了眼，抢过同伴手中的油罐，点燃引信，奋力掷出。
油罐在死士群中炸开，火焰四溅。
“跟他们拼了！”学生们热血上涌，拿起一切能当武器的东西——铁尺、扳手、甚至烧瓶，从门窗冲了出去。
混战中，方以智被一个死士砍中肩膀，血流如注。但他死死抓住对方手腕，对旁边的学生喊：“快！用乙醚！”
学生反应过来，将一瓶乙醚泼在那死士脸上。刺鼻的气味让死士动作一滞，方以智趁机夺刀，反手刺入对方胸膛。
这是这位学者生平第一次杀人。他握刀的手在抖，但眼神坚定。
他知道，今夜守护的，不只是学院，是陛下新政的希望，是大明的未来。
就在学院防线岌岌可危时，街口传来整齐的脚步声和火枪轰鸣。
一队新军火枪营赶到！
带队的是个黝黑精悍的年轻千户，他看了一眼满身是血的方以智和学生们，肃然抱拳：“方祭酒，末将来迟！请退后，这里交给我们！”
“不！”方以智咬牙，“我们熟悉地形，可以带路！”
千户略一迟疑，点头：“好！有劳！”
新军火枪营以三人一组，交替射击前进。死士虽勇，但在成建制的火器面前，血肉之躯难以抵挡。很快，残存的死士被压缩到角落。
“投降不杀！”千户高喊。