四月初五日，水师部队向金柱关发起进攻。
四月初六日，曾国藩外出检阅湘军操练。
四月初七日，曾国藩巡视谷米局和火药局。
四月十五日，曾国藩紧急上奏，报告水陆各军联合攻克鲁港，陆军收复南陵县城，彭玉麟赶赴下游铜陵、西梁山一带勘察进军形势。同时上奏徽州防军收复旌德县城一事。另奏报江南乡试目前难以举行，仍请延期酌情办理。附片奏请恢复余述祖被革职的处分。
多隆阿率军攻克庐州府城，敌军溃逃至寿州。多隆阿率部追击，大败敌军。贼首陈玉成逃至寿州，被苗沛霖擒获，押送至胜保军前处斩。
四月二十日，曾国藩之弟曾国荃率军渡过长江南岸，会同水陆各军攻克太平府城。二十一日，攻占金柱关、东梁山敌军据点。二十二日，收复芜湖县城，水师继续进攻沿江敌军堡垒，向南推进至大胜关。
曾国藩审定了赈济灾民的章程，确保向饥民发放钱粮时公平无偏。同时发布告示安抚城内外的居民，维持秩序并加以约束。
李鸿章联合外国军队收复了青浦、奉贤两座城池。
四月三十日，接到皇帝谕旨：“该大臣调度有方，实堪嘉奖！曾国荃等效力军旅，连克要隘，确实足以震慑贼寇而大快人心！若不予以恩赏，如何彰显朝廷激励之意？头品顶戴江苏布政使曾国荃着交吏部从优议叙。候选同知直隶州知州曾贞干，着赏给迅勇巴图鲁名号，以示鼓励！朝廷赏功罚罪，一秉至公，并非独厚于该大臣！该大臣应当督率曾国荃等乘胜进攻，尽歼贼寇，同受重赏，不必再行推辞。钦此。”
本月，都兴阿率军在扬州击败贼军，李世忠追击逃窜之敌，将其击溃。江北地区得以肃清。浙江官军收复台州府城，上海的外国军队从海路收复宁波府城，浙东的贼军势力有所削弱。皖北的贼军从河南流窜进入陕西境内，陕西局势动荡，回民趁机作乱。朝廷下诏命多隆阿率军进入陕西。曾国藩与官文商议后，决定留下多隆阿部将石清吉等十营兵力，继续驻守庐州。
五月初三日，曾国藩紧急上奏，报告水陆各军收复太平府城、芜湖县城、金柱关、东梁山等要隘，并附名单保举王明山、李成谋、李朝斌等二十七人。另附片保举道员黄冕、李瀚章、赵焕联等九人，派往广东协助晏端书办理厘金分卡征收事务。又附片回复圣旨，建议江苏巡抚应驻镇江，地处适中，占据形胜要地，并责成新任巡抚李鸿章负责办理。另附片奏结莫祥芝被参劾一案，仍留其在军营差遣委用。同日，又上密折陈述胜保、袁甲三办理军务的优劣情况，建议责成李续宜专办安徽军务。此前曾接到密谕，命其筹议此事。
湖州失陷，赵景贤（谥忠节）被俘后宁死不屈，后来在苏州遇害。
曾国藩之弟曾国荃率军攻占大胜关、秣陵关、三汊河等处的敌军堡垒，联合水师攻克头关、江心洲、蒲包洲的敌军据点，随即进军至金陵城外，在雨花台扎营驻守。
五月初四日，鲍超在寒亭、管家桥等地与敌军交战，大获全胜。
五月初五日，核定削减江西丁漕规费，制定永久章程。
五月初十日，核定皖南茶引捐厘章程，发布告示晓谕茶商，要求统一执行。
五月十三日，对在安徽任职的官员进行考核测试。
曾国藩之弟曾国荃在六郎桥击败敌军。
五月十五日，鲍超在抱龙岗击溃敌军，随后越过敬亭山，向宁国府发起进攻。
五月十七日，曾国藩紧急上奏，报告官军水陆并进，接连收复秣陵关、江心洲等六处要隘，官军已进驻金陵雨花台。另附片奏报浙江、徽州、宁国等地军情，并称曾国荃所部进逼金陵，驻扎城南一隅，洪秀全叛军对此习以为常，并未表现出惊慌畏惧之态。
此时应当集中力量会剿江南，先收复财赋重地，其余各省便可依次剿平。又上奏专折弹劾擅自离营的将领以整肃军纪。鲍超所部营官陈由立、余大胜、郑阳和虽已保举至总兵衔，却擅自远逃，请将这些人革职。并请下旨令湖南巡抚派员将他们押回皖南原营，同时通令各军，不得擅自收留投效的将弁，以惩治骄横跋扈之风，杜绝效仿之患。另附密片陈述军营积弊，建议严加惩处，并请将分统霆字营的宋国永实授总兵职务。又附片奏报查核冯子材所部兵勇闹事的情况。
五月十九日，曾国藩紧急上奏，报告鲍超所部进攻宁国府，在寒亭、管家桥等地击败敌军，扫平所有敌垒，阵亡将弁郑永福等十八人请予抚恤。另附片奏请淮扬镇总兵黄翼升统领水师战船，已于本月十二日驶过金陵，前往镇江、上海一带，建议命其暂代江南水师提督职务，统辖松江、上海各军。又附片弹劾江西河口厘务委员向绍先舞弊巧取，请即革职。另上奏遵旨核查克复沿江两岸城隘的六起战事中出力员弁，并附名单请予奖赏。
五月二十日，发布告示晓谕江西全省军民，并下发公文命令各府州县，永久执行统一制定的丁漕征收章程。
五月二十三日，杨载福（谥号公）休假期满返回军营，到安庆拜见曾国藩，随后前往金陵视察水师。
李世忠归降的部众共计数万人，不领取朝廷粮饷，专靠两淮盐利维持。他派员到安庆请求补给，曾国藩调拨军火、银两和粮米供给，李世忠感激喜悦。
五月二十八日，曾国藩呈递庆贺皇帝万寿的奏折，并专折代弟弟曾国荃、曾贞干叩谢皇恩。
本月，李鸿章率军收复南汇县、川沙厅。太平军大举进犯青浦、嘉定，外国军队战败撤退，上海宣布戒严。李鸿章在虹桥迎击敌军，取得大胜，松江之围解除，上海防务也随之解除警戒。李鸿章多次接到移驻镇江的谕旨，因上海军情紧急，最终上奏请求直接进攻苏州，不再移师镇江。
六月初三日，曾国藩与彭玉麟（谥号公）共同修缮元朝名臣余阙（谥号忠宣公）的陵墓。工程完成后，亲自前往墓前祭奠。
当时安徽省内各级官职多有空缺，缺乏合适官员委派。曾国藩决定每日接见三名州县佐杂官员，与他们长谈，并教导为政之道。
西洋军队被太平军击败后，有传言称将调遣印度军队来上海协同大规模围剿。曾国藩接到总理衙门公文后，深恐江浙百姓遭受严重战祸，对此深感忧虑。
六月初六日，曾国藩上奏折回复：请求不要裁撤南洋通商大臣一职，建议改为长江通商大臣，专门处理沿江四省的中外交涉事务。广东、福建、浙江三省的交涉事宜，则由当地海关道员负责。同时上奏选拔官员代理安徽各府州县空缺职位，并附名单呈报。另附片奏称：安徽地区逐渐收复，急需整顿吏治，请吏部在本年新科进士和拔贡生抽签分配时，多派十余名到安徽，以充实官员队伍，使吏治气象一新。又附片奏报：上海四面受敌，李鸿章无法移驻镇江；多隆阿率军进入陕西，不能参与合围金陵。并附陈鲍超、曾国荃两军的大致情况。另附片奏明新任甘肃按察使刘于浔因江西本省防务紧要，暂时难以赴任。最后上奏江西士绅商人捐输军饷的名单，请予奖赏。
曾国藩的弟弟曾国荃击退来援的太平军。
六月初十日，金陵大营营官张胜禄（谥号壮勇公）在作战中阵亡。
六月十五日，鲍超（谥号公）率军攻克宁国府城。太平军将领洪容海献宁国县城投降，鲍超予以收编，并借助其部众收复广德州城。曾国藩命令鲍超挑选两千名降兵留用，其余人员设法遣散。