六月十六日，金陵太平军大举进攻湘军营垒，曾国藩的弟弟曾国荃率军将其击退。
曾国藩正式回复总理衙门，极力陈述借用印度军队协助剿匪的危害，建议应当婉言谢绝这一提议。
六月二十二日，曾国藩上奏折称：近日传闻洋人计划调遣印度军队于秋季大举来华助剿，臣就此致函与左宗棠、李鸿章商议，二人均认为洋人未必真会采取此行动。然既有此传闻，应由总理衙门向驻京公使核实确认，而后以道义为由婉拒，并陈明利害关系加以劝阻。若洋人执意不听，则须重申此前约定，声明我军进攻时无需外援助剿，克复城池后亦不留外兵驻守。
我们正全力与太平军作战，不宜再树强敌，应当以谦逊退让、忠诚信义的态度与洋人相处，避免猜疑，防止节外生枝，如此方能忍辱负重、成就大事。另附片奏报宁国府收复及各路军队情况。又附片奏报浙江失守后，投降太平军的官员林福祥、刘齐昂、米兴朝等人，请由左宗棠审讯后依法处决。又附片奏报提督江长贵请假回乡安葬亲人，其所属各营暂由唐义训兼管，并酌情裁撤部分兵力，以节省军饷开支。又上奏采访忠义事迹第七案的奏折。另附片奏报阳湖、休宁等县绅士杨锡嘉、汪念祖、胡泽顺等人殉难情况，汇总入第七案，分别请求朝廷赐予表彰和抚恤。
这个月，曾国藩的次子曾纪鸿以县试第一名的成绩考入县学。
七月初二日，曾国藩紧急上奏：金陵陆军多次击退强悍敌军，阵亡总兵张胜禄请从优抚恤，阵亡军官刘永祥、鄢兰亭二人请予抚恤。又奏报鲍超一军围攻宁国、克复府城详细战况，并开列立功人员名单请奖。阵亡军官马胜奎、楚训武等十一人请予抚恤。附片奏报太平军将领洪容海率部归降，建议妥善安置。另上奏折请求核查江西受灾州县，减免钱粮赋税。附片奏请朝廷特旨豁免江西各州县历年摊派捐税款项，使地方官员免于亏累，百姓免受苛征之苦，以整顿吏治。又附奏遵旨推荐西北各省布政使、按察使人选。另奏请暂缓江南、江西三省军政考核。
七月初四日，曾国藩视察轮船机器设备。
七月初六日，李续宜接到丧报回乡守制，曾国藩暂时代理安徽巡抚职务。李续宜将其麾下成大吉、萧庆衍、蒋凝学、毛有铭等部军队交由曾国藩统一调遣。
七月初十日，曾国藩紧急上奏：安徽巡抚李续宜因丧母请求回乡守制，请朝廷参照此前胡林翼丁忧之例，准予数月假期，仍令其假满后回安徽署理巡抚事务。附片奏报近期军情概况。又上奏采访忠义事迹第八案。同时奏请暂缓江南武举乡试。另附片奏报水师将领杨载福更名为杨岳斌。
夏秋之际，气候异常，暑热多雨，导致瘟疫大规模爆发，各路军营中染病者众多。其中皖南各军疫情最为严重，死亡人数极多；浙江大营次之；金陵大营也受到瘟疫侵袭。各军被迫暂停军事行动，休整调养，暂时无法继续进攻剿匪。
七月十七日，左宗棠率军在油埠与敌军交战，大获全胜。
七月二十一日，曾国藩上奏折代李续宜陈情请假回乡治丧，仍请求参照胡林翼旧例处理。同时奏请袁甲三暂缓移交军务。附片奏报接到朝廷谕令要求查报军情，说明袁甲三、李续宜驻地距离较近，军情奏报较快；而自己奏报需绕道湖北、河南，路途阻滞较慢。现呈上此前三次所发奏折副本以备核查，并说明各路军营因疫病严重，近期难以展开军事行动的情况。
袁甲三派员押解已被革职的盐运使金安清等人到安庆，交由曾国藩审讯处理。同时，李世忠所部全军也归曾国藩统一节制调遣。
李续宜奏报母亲去世请求回乡守制的奏疏尚未送达朝廷，就接到督办军务的谕旨，而当时李续宜已病重一个多月。本月朝廷下谕：“该巡抚现遭母丧，着令在军营中穿孝服守制，改为署理巡抚职务，不必赏假回乡。钦此。”又下谕：“钦差大臣科尔沁博多勒噶台亲王僧格林沁着统辖山东、河南两省军务，并调度直隶、山西两省防兵。所有剿匪事宜，着即与钦差大臣李续宜会商妥善办理。钦此。”还下谕：“胜保着以钦差大臣身份督办陕西军务。钦此。”于是多隆阿所部军队，朝廷命曾国藩酌情调度江北里下河一带防务；镇江冯子材所部军队，朝廷也命曾国藩统筹兼顾。
李鸿章率军攻克青浦城，分兵会同外国军队渡海进入浙江境内，收复余姚县。蒋益澧率领湘军五千人，从长沙出发，经江西前往浙江。
八月初二日，曾国藩发布告示，命令乡民捕杀蝗虫。
八月初三日，李续宜抵达安庆。苗沛霖率部撤出寿州城及正阳关，李续宜派蒋凝学率军进驻寿州驻防，萧庆衍部驻守霍邱县。成大吉、毛有铭两军分别驻守三河尖和固始县。总兵王戴驷留守六安州城，而李续宜抱病返回省城，与曾国藩商议上奏事宜，坚持请求回乡守制。此时捻军进犯颍州境内，各军连续出击，将其击退。
八月十二日，曾国藩紧急上奏，就接连收到的谕旨逐条回复：第一，多隆阿部原定增援陕西的计划中途变更，现返回湖北，应驻扎在南阳一带，此处为湖北、河南、陕西三省交界，可作为机动部队使用。第一，里下河防务，请责成都兴阿严密防守。现正商议让杨岳斌亲赴下游视察防务部署，同时计划加紧建造太湖水师战船，用于苏州、松江地区的防御和清剿，以便腾出黄翼升水军专门负责淮扬防务，以符合原先的部署方案。
第一，李世忠所部五六万军队占据城池，自成一派，独揽淮盐厘金的丰厚利益，难以用常规法令约束。况且他击退敌军有功，不可抹杀。现拟暂时维持现状，不对其耍弄心机，不限制其获利，也不拒绝其请求，但不过分借助其力量，也不轻易调动其兵马，暗中消解其骄矜之气，或许将来不至于酿成祸端。
第一，李鸿章不能离开上海移驻镇江，应责成冯子材坚守镇江，暂不出兵进攻。共四条。另附片奏报：曾国荃、鲍超、左宗棠各营因士兵患病者众多，未能展开攻势。李续宜患病未愈，又因母丧哀痛过度，身体消瘦，若强令其留营而不准回籍守制，恐难迅速康复。因此该巡抚自行上奏陈情，不便劝阻。
又上奏筹办广德州受降事宜一折。洪容海部投降人数达数万，现仅令其挑选三千人保留，编为五营，其余全部遣散回乡。奏请授予洪容海游击虚衔，其部下头目则分别赏给顶戴。另附片奏请停止河南省招募湘勇一事，以节省军费开支。
另附片奏请朝廷下旨，命江西按先前定例，每月拨付漕折银四万两，协济徽州、宁国军饷。又上奏汇报第九批忠义事迹采访结果。同时附奏将烈妇焦王氏等案例汇总，请予旌表。
李续宜上疏陈情后，朝廷下旨准其休假百日回乡，期满后仍须回营督师，期间由唐训方暂代安徽巡抚一职，袁甲三继续留守督防临淮军务。
广德州降卒发生叛乱，洪容海率其部众万人突围投奔宁国。
二十九日，曾国藩紧急上奏，回复朝廷关于湖北巡抚严树森被弹劾各事项的调查结果。同时附奏回复江苏巡抚薛焕被弹劾事项的调查情况。此前何桂清受审时，曾出示司道官员联名呈文，主张退守苏州。朝廷下旨要求查办薛焕、查文经等人。曾国藩在奏折中表示，总督、巡抚权力过重由来已久，司道以下官员迎合上司意旨，不敢违抗，此类情况不必深究。封疆大吏应以守城为重，不应因下属言论而动摇；朝廷判定大臣罪责应考察其本心，不应以联名呈文作为依据。
另附片奏报广德州降卒再次叛乱及当前处置情况。贼军主力正大举进犯皖南，而鲍超、张运兰、朱品隆等部军中疫病肆虐，张运桂已病故，左宗棠所部病员过半，曾国荃金陵大营染病士兵亦超万人。臣深恐疲弱之师难挡强敌。此皆因臣才疏学浅而忝居高位，招致鬼神责罚，无力挽回厄运，深夜思及此事，不胜忧心如焚！
曾国藩每日将政务、军务、粮饷、文书等事务分门别类，按时间顺序依次处理，定为日常功课。
本月，太平军进犯上海，李鸿章率军力战，在七宝街大败敌军。外国军队攻克慈溪县。浙江官军收复处州府。左宗棠在龙游县迎击太平军，取得大胜。
闰八月初四日，制定江西厘金税局章程。当时厘金税收逐渐减少，曾国藩发文要求各关卡税局官员按月比较税收数额，以增减情况评定政绩优劣。
十一日，安葬桐城儒士方东树、戴钩衡、苏厚子等六人，皆因战乱未能及时下葬。并为他们立碑，以表彰其生平。
十二日，曾国藩紧急上奏，建议唐训方暂代安徽巡抚后仍应驻守临淮，接管袁甲三所部军队，使湖北、安徽两地官军协同作战。另附奏片报告长江以南地区疫病盛行，其中宁国境内疫情最为严重，金陵、徽州、衢州次之。水师及上海、芜湖各军同样疫病蔓延，官兵接连病亡。
鲍超所部军队病亡数千人，麾下猛将黄庆、伍华瀚等相继去世。鲍超、张运兰、杨岳斌均身染重病。皖南道姚体备、营务处甘晋更是一病不起。天降灾祸，近世罕见，噩耗接连传来，令人心胆俱裂！
倘若敌军大举进犯，我军在攻守方面都无把握，甚至想要暂时撤退以图重整旗鼓都难以实现。臣自知德行浅薄、才能有限，不足以扭转厄运、支撑危局。恳请皇上选派在京城的亲信大臣，火速赶赴江南，分担重任，挽救艰难局势，或许能稍作补救。臣绝不敢有丝毫推诿之心，以致贻误军机。