有些人说没玩过这游戏看不懂，我简单说一下背景故事吧，刚好水一下字数。知道的老玩家可以直接跳过了就。内容主要参考了笔记以及贴吧和月下舞步的视频整理的。加上了一些我个人的理解。可能不是很准确啊，也可能少了一些东西没说 。大家随便看看就好。
方舟的背景。
在很久以前，人类对于地球上的物资利用率已经达到了瓶颈。虽然已经达到了很高的科技水平，比如可以克隆很久以前的生物，如远古恐龙和古人类。但能源是个非常棘手的问题。
大量科学理论的依据都被能源限制住了。由于能源的匮乏，大国开始对小国进行侵略。（类似于阿富汗战争这种。）小国为了自保也开始主动附属大国，就这样地球上形成了两大超级势力。一个是地球联邦，一个是地球联合国。
有一天，一颗陨石从天而降，通过解构这颗陨石，人们发现了一种神奇的紫色矿物——元素！
这种矿物可以通过现有科技转化为庞大的能量。而且它的能力奇高，甚至可以粒子重组转化为建筑。也就是泰克建筑和装备这些东西。
最重要的是，这种元素在宇宙中几乎取之不尽用之不竭。两大超级势力便以此开始了不断的研究。随着泰克科技的发展，能量元素获得广泛应用，遍及全球。
经过若干年的研究，人类发现高纯度的能量元素很危险，它们能侵蚀土壤，腐蚀生物，甚至慢慢具有了某种“集体意识”。（元素其实就是某个主宰的工具，通过它，这个主宰可以腐化一切物质。无限灌输一种仇恨，饥饿繁殖的原始欲望。）
这是一种跨越种族的群体灾难事件，两大超级势力在意识到这一点后，开始了第一次谈判。
但是人类的劣根性注定让这场谈判无功而返。大家都是想着如何对自己有利，占据主导位置。毕竟落后就要挨打，停止使用元素意味着另一方势力将会更加强大。这也导致这次谈判不仅没有成功，反而激起了元素大战！
这场元素大战带来的后果是灾难性的。由于这个时期已经开发了元素武器，加上为了节省开支，当时很多工厂偷工减料，减少了对元素的过滤，导致地球收到了十分严重的污染。
也就是这场战争，联邦花费了巨资，研发了元素提纯装置，发明了执行者等战争武器（打元素生物有加成伤害那个。）
而联合国这边更离谱，研发了人体改造升级神经系统。让人类能够拥有超人般的信息处理速度。（类似超体。）后来发现肉体无法承担这种意识，后面干脆把肉体扔了，让改造成成为纯粹的能量体。美其名曰“升天”，“成神。”（也就是所谓的神人。）
而在神人们的推演下，世界末日已经到来。所有人都会死于这场灾难。这下好了，两大超级势力都慌了，仗也不打了。一起研究怎么渡过难关。（这里面结束战争应该是圣地亚哥起到了很关键的作用，但只是提了一下，作者没有明确的说明。而且圣地亚哥就是死在了这场战争中。）
这里就开始了第二次会谈。
地球联邦提出建造一个殖民飞船，将所有生态和人物全部拷贝到上面。飞船会在固定周期进行星系间的迁越。寻找适合人类生存的星球。而在航行的过程中，作为火种的人类将会通过虚拟现实进行各项模拟训练。整体项目名为创世纪！
而地球联合国提出的方案是将生存空间转移到地球的卫星轨道上。建立无数名为方舟的太空站。同样将人类和生物全部拷贝 ，由人工智能“监察者”定期在空间站投放改造后的人类。用来收集数据以及实时观察地球的腐化程度。
每个空间站的能源来自于不同的神人。直到地球的腐化等级适宜人类居住的要求后，神人以消失为代价，对地球进行后续的生态改造。
很明显，这两个计划其实都是逃避而不是面对。因为在初代神人的推演中，元素主宰的意志非常强大且可怕。无法对抗只能逃避。
剧情线：孤岛(The lsnd)→焦土(Srched Earth)→畸变(Aberratioion)→创世纪1(Ge 1)
孤岛的故事：
海伦娜是一个现代生物学家(的克隆体，但她当时并不知道，后面人物都如此)，她在孤岛结识了近代化学家罗克韦尔，两人发现了神器和方尖碑的联系。海伦娜用神器激活了方尖碑，结果招出了蜘蛛BOSS，坑苦了友方部落。打死蜘蛛掉落了一把钥匙，海伦娜觉得钥匙和某秘密洞穴的祭坛吻合，那个祭坛有三个钥匙孔，巧了一共有三个方尖碑，于是她有了一个大胆的想法。问题是她找不到替死鬼来继续打BOSS了。。。
海伦娜听说有一个“兽群女王”，于是去找她帮忙：来自古代中国汉朝末年的黄巾将领，李美盈，也就是大家常说的挂B。
当时的孤岛并不太平，来自古罗马的涅尔瓦做着他的皇帝(服霸)梦，并且和李美盈产生了冲突。趁着海伦娜和李美盈打完大猩猩BOSS传送回来，涅尔瓦突然袭击，击杀了李美盈全部兽群(包括她最爱的坐骑，迅猛龙乌骓)，并俘虏了海伦娜。海伦娜无奈，交代了方尖碑和钥匙的秘密，这让隐藏在涅尔瓦军中的罗克韦尔不满(他认为海伦娜背叛了自己)。涅尔瓦带着部队打完喷火龙BOSS，集齐三把钥匙前往孤岛泰克洞，并且在和方舟“监察者”的战斗中惨胜。没想到李美盈突然袭击(以彼之道还施彼身)，击杀了涅尔瓦。
虽然他们一行人通关了孤岛方舟，但重回地球的程序并没有启动(因为地球上的腐化意识集合体已经生成了灭绝最终BOSS帝王泰坦，回归地球计划被无限期推迟了)。没有通关的喜悦，在一片混乱中，李美盈和涅尔瓦的尸体一起被传送往畸变方舟，海伦娜和罗克韦尔被传送往焦土方舟。
孤岛故事，完。
焦土的故事：
焦土的方舟计划运行的很不顺利，这里的住民缺少探险和反抗精神，反而演化出了方尖碑崇拜一样的宗教。他们在女祭司莱娅的领导下，安于现状的生活，对方尖碑和神器顶礼膜拜。这让方舟的“监查者”恼火，并决心再次清洗掉这批克隆人，重启方舟(之前已经重启很多次了，导致焦土方舟一片荒芜，沙漠中到处掩埋着城市的废墟)【题外话：他就不如地球的监查者聪明，发大洪水不影响生态，笑~】。所幸，危机彻底爆发之前，一个不明种族的战士来到了莱娅的部落，他名叫达克亚。
达克亚教会了莱娅的部落使用火器，击败了来犯的螳螂怪和双足飞龙，达克亚甚至为了救莱娅身负重伤，乘机抱得美人归【呸，狗血剧情】。但是在方舟崇拜问题上，他们无法达成一致，莱娅不放弃信仰神，不搬离方尖碑。直到最后时刻，方尖碑放出的光摧毁整个部落，达克亚牺牲，莱娅信仰崩塌。她单人孵龙蛋【龙妈附体!】，化身龙战士，名字也改成了瓦力·阿尔·奥斯瓦德。
罗克韦尔靠高明的医术在焦土混的风生水起，但他非常鄙视这里的宗教和部落民。他先是偷走了一个部落的神器，然后蛊惑另一个部落去打狮蝎BOSS，拿到能量元素板后，又谋杀了全部落的人。【罗克韦尔的黑化，和他的性格有很大关系，这里有兴趣的同学要去看笔记原文】。然后他的好运就到头了，因为他带着宝贝跑路的途中，遇到了“叛徒”海伦娜，以及海伦娜刚结识的朋友，龙骑士瓦力·阿尔·奥斯瓦德，也就是当年的莱娅，现在的她已经是一个老太婆了。莱娅告诉罗克韦尔和海伦娜，焦土方舟她早已通关了，随时都可以离开，但她不愿意。海伦娜虽然有些舍不得莱娅，但她已经受够了沙子了!
于是，海伦娜和罗克韦尔传送前往畸变。 焦土故事，完。
畸变的故事：
戴安娜和她的朋友们来自泰克科技已经普及，但腐化还未开始的“未来”，当然他们不知道自己也是方舟制造的克隆人。戴安娜是一名URE(UnitedRepublics of Earth，地球联合国)飞行战斗员，圣地亚哥是另一个组织“地球联邦”的黑客。虽然地球联合国和地球联邦互相敌视，但是现在他们被抛弃在同一个恶劣环境下，为了生存必须同舟共济。他们费劲心力，建造了一套泰克装甲，由戴安娜穿着四处探路【未来人似乎都没有点驯服野兽的技能点】。
戴安娜不负众望，收集神器并且发现了方尖碑。然后，一群未来人带着炸弹，没错，炸弹。。。去激活了方尖碑。他们遭遇了强大的BOSS【当然当时并不是罗克韦尔】，引爆了炸弹，然后轰……成功作了大死。天空(空间站屏障)被炸坏了，宇宙辐射点燃了整个陆地。他们从附近的洞穴逃入地底才得以活命，从此地表只有夜晚才能前往。圣地亚哥发现三个方尖碑连通着一个极为遥远的信号【其实是来自地球】，他们模仿方尖碑的传送结构造了一个传送器，因为距离太远了，传送器极为巨大，它甚至横贯了整个畸变方舟。【从畸变绿区一直到红区的框框结构就是了】。
这天，戴安娜带几个队友一起出去巡逻【服霸查房了】，遭遇了一个敌人。敌人是一个身手矫健的女性，骑着一头恐怖的羽毛龙。【没错，她就是从孤岛传过来的挂B，李美盈。继孤岛单人驯南巨后，她无聊又试了一下单人驯岩龙……】。所谓不打不相识，英雄惜英雄，总之李美盈随戴安娜一起回了泰克基地。在接受一番科学知识洗脑后，李美盈穿上了一套泰克装甲，给戴安娜起了个骚气的绰号，又上演了一出英雄救美的好戏。更多百合剧情，欢迎翻阅原始笔记。