海伦娜和罗克韦尔从焦土传送畸变，刚下来就被怪怼到弹尽粮绝，眼看要完，李美盈穿着泰克装甲出现，又见挂B天秀杀光怪物，把海伦娜和罗克韦尔救回基地【主角大集合】。罗克韦尔很快就被泰克基地的科学技术吸引了，而海伦娜却十分担忧，她认为巨型传送器的建造是违背“监查者”意愿的，类似于焦土方舟那样的大清洗很可能会降临。海伦娜说服了基地领袖，带着一支队伍(包括李美盈和圣地亚哥)去探察地表方尖碑。
在地表，圣地亚哥黑进了方尖碑【技术大牛啊】，证实了海伦娜的预言，方舟正在酝酿一次大清洗，现在唯一的生机只有彻底关闭方尖碑。于是圣地亚哥操纵地表方尖碑，将一行人传送进了方舟总控室【就是畸变红区底层的蓝色泰克洞】，在那里，众人看到了所有方舟生物的活体培养室，包括人类。他们遭遇了严重的精神打击：原来自己是在控制中心被设计出来，然后在这个工厂中被制造出来的克隆人。自己的记忆全是移植的，或者虚假的? 这里贴一段 @小白狼125 的笔记翻译，大家感受一下。
海伦娜的笔记19
人类的样本室给了我们所有人一个打击，但是我想美盈受到的打击最大。她从那之后整个人都安静了，像一个穿着铠甲的僵*尸一样拖着脚跟在圣地亚哥身后。我尽我所能地解释了一切，并且为她鼓劲，但是我不确定我有帮到她。
现在想来，她能够生存这么久而且没有发*疯，这已经相当惊人了。在她所处的时代，他们距离发明该*死的火药还差了几乎七个世纪。机器能够创造人，并且就是这个机器创造了你，这个概念对他们而言肯定是难以理解的。
考虑到我们的现状，我希望她没事。看到她现状这样慌乱让我感到更加不安。
虽然遭遇意外，但任务还是完成了。圣地亚哥找到了控制台。就在所有方尖碑被关闭的同时，方舟紧急防御系统也被触发了。无数的怪物冲向总控室，众人炸毁总控室，逃进事先布置好的传送器离开，真乃千钧一发!大清洗程序被终止了，小队众人都长出一口气，以为危机彻底解除，但谁也想不到，真正的危机，正向远处的泰克基地袭来。
罗克韦尔在泰克基地的科学研究并不顺利，至少在他看来，这些来自未来的科学家个个都看不起他。同时，他也对这些科学家从矿石中提取能量元素的保守做法表示质疑【畸变中许多放矿石+电池换能量元素的机器】。没错，明明就有更原始更纯粹的能量元素，在充满辐射的底层深处流淌，那可是一整条紫红色的河流。趁着海伦娜带队去关闭方尖碑的机会，罗克韦尔前往辐射区获取了更纯粹的能量元素，他以自己的名字(艾德蒙`罗克韦尔)命名为“艾德蒙金属”。接下来的实验越来越疯狂，直到最后，他将这导致地球腐化的根源，注射进自己的血管。“我升华了!!”在狂吼声中，罗克韦尔的面容逐渐扭曲，化身为巨大的畸变怪物。
当海伦娜等人赶回来的时候，基地已是死伤惨重，一切都已无可挽回。留守的戴安娜奄奄一息，临死前她终于说出凶手的名字“罗克韦尔”。海伦娜陷入自责，李美盈则发狂了一样追出去，她的“橘子”死了，她要报仇!海伦娜和李美盈最终追上了罗克韦尔，合力将他击落深渊。但一切没有结束，罗克韦尔的吼叫声仍时常回荡，如同从地狱发出的蚀骨嘶鸣。
圣地亚哥的超级传送器终于完工了，海伦娜一行即将传送前往一个前所未有的遥远的地方，也许那里曾是人类的故乡?
畸变故事，完。
灭绝的故事
“是的，这里就是地球，我确定，但它为什么变成这个鬼样子了?!”圣地亚哥懊恼地坐在一堆仪器面前。他刚刚费尽力气逃离那个怪物横行的地狱，可笑的是，他们来到了地狱的下一层。
地球已死，像隔壁的火星兄弟那样。地表是一张褶皱的橘子皮，干旱、黄沙、废土，永恒的白昼，无边的死寂。腐化的怪物如同橘子皮上的霉斑一样，它们到处散播着毒素，同时给圣地亚哥的队伍带来麻烦。
但更致命的是低落的士气，绝望和迷茫在队伍中弥漫，连海伦娜都失去了探索的兴趣，失去挚爱后的李美盈更是如行尸走肉一般。
但命运之神似乎没有放弃这群“偷渡者”，因为他们在荒漠中找到了一座废弃的城市，还有熟悉的方尖碑。一切似乎又回到了原点，除了挥之不去的迷茫，还有正在逼近的恐惧。
圣地亚哥不知道自己是怎么从那个洞穴里逃回来的，他的记忆里全是那压倒性庞大的阴影和队友们扭曲的脸【泰坦!】。这种恐惧无疑将成为压倒骆驼的最后一根稻草，他们的队伍危在旦夕!但是我们的技术大佬怎会认输?这一刻，托导灵魂附体，圣地亚哥有了一个大胆的想法。
Mek机器人的制造很顺利，更关键的是团队的士气有所恢复。圣地亚哥还搜索到远方一种神秘的信号，而海伦娜坚信这是解开谜团的钥匙。李美盈虽然对解谜不感兴趣，但她现在最大的愿望，就是保护身边的每一个人。
美好的时光总是短暂的，敌人找到他们了。腐化的兽群在泰坦的带领下杀向基地，可Mek机器人还没有准备好，除了圣地亚哥的原型机，其他的机甲才刚刚开始充能。于是，一段肉麻的内心独白后【Those are y idiots】，圣地亚哥牺牲自己，开着机甲冲出去引走了敌人。
Kazua是一个拥有日本名字的酱油【连一句台词都没有那种】，他和海伦娜、李美盈驾驶着仅剩的三台Mek机器人，带着剩余的队伍，前往圣地亚哥曾经提到的信号源，希望找到答案。他们最终到达了一座科技值爆表的建筑【就在中心城东北面，外观有点像克隆人手腕上嵌入的驱动器】，在那里获知了方舟计划，以及他们的使命：消灭到处散播腐化毒素的泰坦，只有地球的毒素水平下降，地球轨道上的生命火种-方舟才能回到地球。
李美盈告诉海伦娜她发现了一个发光的神器。当海伦娜触摸到神器的瞬间，神器解体了，一块棱镜浮现空中，其中闪现着无穷多的画面【似乎只有海伦娜能看到】。李美盈没收了棱镜，她怕海伦娜步罗克韦尔的后尘，但海伦娜悄悄偷走了它【海伦娜为此很愧疚，但她认为这是避免冲突的唯一办法。她十分确定这块棱镜对她有着无以伦比的意义，而且她心中又有了一个大胆的想法……】
泰坦们追来了，率领它们的，是泰坦的王!帝王泰坦比山岳还要巨大，Mek机器人的刀锋甚至都不能割破它的皮肤!战场上，队友们一个个的倒下，美盈也已陷入绝境。“就是现在!”海伦娜走出Mek驾驶舱，她高高举起左手，手腕上镶嵌着每一个克隆人的标志-菱形驱动器，然后毅然将棱镜嵌入了驱动器插槽，“来吧，我知道这很危险，但现在，不是你死，就是我亡!”
海伦娜尖锐的叫声传遍了整个战场，就连最强大的泰坦都仿佛受到了惊吓【吾乃燕人张翼德】，美盈的Mek机甲乘机冲过来，一把捞起已经虚脱的海伦娜，夺路而逃。
“戴安娜，圣地亚哥，大家，我应该与你们一同战死，可海伦娜需要我，我已经不能再失去最后的伙伴了!”美盈的泪水夺眶而出，“耻辱啊，可恶!”
李美盈将海伦娜安置在k驾驶舱内，一边逃避着泰坦的追踪。海伦娜陷入了长时间的昏迷，即使醒来几分钟，她也不再是海伦娜了。她反复讲述着无意义的诗歌，说远方的坟墓召唤着她，每当美盈询问坟墓能不能治好她时，得到的只是谜语一样的回答。她的皮肤开始浮现出由光编织成的纹理，慢慢不再醒来，有时她会痛苦地呻吟，有时她会说胡话，然后留下一堆看起来像是笔记或者地图的涂鸦。
美盈决心带海伦娜前往那个地方，她独自穿越荒漠，翻越雪山，会射刺的蜥蜴也好，会飞的冰狗也好，一切拦路的野兽只会让她变得更加强大。永远不要忘记，她叫李美盈，来自孤岛的“兽群女王”!
在炫目的蓝色房间中间，摆放着古铜色的摇篮，它是那么的庄严肃穆，让人分不清到底是坟墓还是王座。但李美盈知道，这就是海伦娜梦呓的终点。她将海伦娜安放在摇篮里，回头走出房间。房间外面是山洞，而山洞外面，有一场必须胜利的战斗。
腐化生物源源不绝，李美盈的兽群死亡殆尽，而敌人则尽数倒在她的脚下。当她疲惫的返回房间时，海伦娜已经消失不见。李美盈知道，海伦娜找到了她的归宿，也明白，从此自己将与孤独相伴一生。
在失去所有伙伴之后，美盈的Mek机甲也终于故障了，森林泰坦带领腐化生物乘机袭击了她。就在美盈陷入危机的时候，一台Mek机甲从天而降，以压倒性力量击败了森林泰坦。驾驶舱在美盈面前打开，一头橘发的戴安娜走出来，Miss , beautiful 。【对比两个人描述这个桥段的笔记，我惊讶的发现，我们的美盈女王居然是受，这个“橘子”戴安娜才是攻!】
戴安娜的复活体验很有趣，建议去看下戴安娜灭绝笔记原文。她是由刚刚成神的海伦娜偶然间复活的，也是方舟历史上第一个复生者。但这时的海伦娜能力还不够，她复活其他人的尝试全部失败了，甚至她连再次复活戴安娜的把握也没有。
接下来就是开挂时间了，戴安娜和李美盈集齐4台Mek机器人，合体成Oga Mek机器人，打败了帝王泰坦(在它胸口留下了X形的伤口)。但因为当时圣地亚哥设计的Oga Mek机器人必须4个人控制，虽然天才飞行员戴安娜强行1顶3上了，但太过于勉强，所以还是不能杀死帝王泰坦。
最后的日记看起来更像是遗书。从称呼玩家为“孩子”看，这时的李美盈和戴安娜年纪都不小了【毕竟所有的克隆人都是成年人】。我们有理由相信她们留下这封信后不久，就在战斗中光荣的死去。她们无法完成击杀帝王泰坦的任务，并把这个任务交给了后来人。但不管怎么说，这群故事里的主角们才是真正的破壁人。正是成神后的海伦娜经过千万年的系统修正【原文在描述系统时，使用了eons这个恐怖的地质单位】，战胜死亡，制造出了可以无限重生的复生者，也就是我们玩家，才能击败帝王泰坦，使生命的火种——方舟重回地球。
创世纪的故事。
其实到灭绝这里，整个方舟的故事就已经结束了。因为创世纪其实完全就是玩家的世界了。这里面我会改掉一些原创剧情，因为创世纪大结局小海莲娜不是为了救我们而死掉了吗，当时给我哭的，这里我希望她能有一个完美的结局。也是我想象中的样子。