系统性地行使天子职权，这对刘协来说，还是破天荒的第一次。
之前他虽然占领过江夏，但政权从来没有稳定过，来自各方各面的掣肘因素太多太多。
某种意义上说，刘备小集团的剥离，才给了刘协大展拳脚的空间。他在制定政策的时候，可以不再看任何人的脸色。
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刘协面临的第一大难题，就是天师道地位的问题。
用宗教来当作治国的辅助工具，其好处是不言而喻的。天师道劝人向善，崇尚自然、率真的态度，有利于百姓的教化和社会风俗的改良。
它自然而然的排斥了各种不利于团结的思潮，能低成本、高效率地组织民众，大大降低了统治的难度。
但其风险，也是不言而喻的。就是它在天子之外，创立了另一个权威。
对许多信徒而言，教主或神明是高于天子的存在。如果宗教领袖是别有用心的，很容易蛊惑群众，从而威胁皇权。
所以，刘协需要寻找一个宗教和政权的结合点，以最大化宗教的作用。
刘协所做的第一件事，就是切断天师道和张鲁的联系。
他见百姓逃亡的风潮止住了，就命令将军们前往南方的各个山口处修建关隘，开始禁止百姓通行，不论从哪来到哪去，一概禁止。
这一招，从物理上隔绝了巴地和汉中的联系，杜绝了张鲁通过宗教对百姓施加影响的可能性。
刘协的第二招，就是实现政权与教权的融合，实现以政为主，以教为辅的政教合一。
他在夏至日举办了规模空前的天师道节庆活动，在当天正式宣布自己加入天师道，甚至煞有介事地交纳了五斗黄米。
有大臣对刘协的作法提出异议，刘协则表示：黄老之术，本来就是高祖开国时所尊奉的治国之术，朕只不过是返本还原，重拾先祖的做法而已。
刘协入教后，迅速被提升为大祭酒级别。这是理所当然的，谁敢拿天子当“鬼卒”，再让他慢慢熬资历？
他更长远的打算，是在让天师道运行一段时间后，由自己担任教主，实现皇权和教权的统一。刘采芸一个女儿家，整天抛头露面并不合适，而且刘协还想让她回归匠作营搞科研。
同时，他跟刘采芸也并没有对张鲁那一套照单全收。
兄妹两人合作，对天师道的部分教义进行了修改，使其变得更加理性和和平和。
对于张天师一家的着述，他们只保留了一部分，作为教众的读物；而那些繁琐、严重脱离现实的内容，则全部抛弃。
对于道教庞杂的神仙信仰，刘协只保留了玉皇大帝、西王母、元始天尊三个，剩余的神只，则由历史人物充任，例如伏羲、女娲、神农、轩辕、蚩尤、大禹、商汤、文王、姜尚等。
刘协还对“祭酒”体系进行了改革，地方主官兼任辖区内的祭酒，管理宗教事务。而专职的祭酒们，则逐渐从宗教体系中淡出。