回到瑶安堂时，已是深夜。林砚坐在案旁，小心翼翼地擦拭着染血的银针，右耳后朱砂痣在烛火下格外鲜明：“师父，太后和藩王勾结，三皇子知道吗？”苏瑶正在整理证据，听到这话动作一顿：“不好说。三皇子虽与太后亲近，但未必知晓谋反之事。我们得尽快告诉陛下，提前做好防备。”
次日清晨，苏瑶和慕容珏带着密信和兵器清单进宫。御书房里，新帝正对着边关急报发愁，见到证据后，脸色瞬间变得铁青：“太后真是冥顽不灵！朕念及先帝情面，留她一命，她竟勾结藩王谋反！”他将密信拍在案上，“传朕旨意，将寿康宫团团围住，不许任何人进出！慕容珏，朕命你领兵守住通州码头，防止藩王的人马进京！”
苏瑶躬身道：“陛下，臣妾有一事不明。藩王远在江南，为何能如此迅速地调动人马到京城？想必京中还有内应。”新帝点了点头：“朕也想到了。秦风，你立刻彻查朝中官员，凡是与藩王有书信往来的，一律先革职查办！”秦风领旨退下后，新帝看着苏瑶，语气缓和了几分，“苏爱卿，你母亲的书信朕看过了，苏家的冤屈，朕定会为你们洗刷。”
离开皇宫时，苏瑶遇到了三皇子。他穿着一身月白锦袍，面色憔悴，见到苏瑶便上前一步：“苏医官，太后她……”苏瑶看着他眼中的担忧，便知他或许真的不知情：“三殿下，太后勾结藩王谋反，证据确凿。陛下已下令封锁寿康宫，还请殿下明哲保身，不要牵涉其中。”
三皇子浑身一震，踉跄着后退半步：“不可能！母后怎么会谋反？一定是你们搞错了！”他抓住苏瑶的手腕，眼中满是急切，“苏医官，你告诉我，这不是真的！母后她只是疼爱我，想让我登基，绝不会做出谋反之事！”苏瑶轻轻抽回手腕：“殿下，密信和兵器都在陛下手中，若殿下不信，可以亲自去问陛下。”
回到瑶安堂，林砚正和周满仓、王顺整理账册。见苏瑶回来，周满仓连忙上前：“苏姑娘，我们发现账册上有个疑点。永安二十三年三月初七，也就是苏家被抄家的前一夜，除了五十万两白银，还有一批盐铁被运出了京城，去向不明。”苏瑶接过账册，见上面用朱砂画着个船锚标记，与张承业官船上的标记一模一样。
“是藩王！”慕容珏突然开口，“当年藩王还在京城任职，负责盐铁司的运输。这批盐铁，定是被他运到江南，用来打造兵器了。”苏瑶心中一凛，将账册和密信放在一起：“如此一来，所有的线索都串联起来了。太后、藩王、张承业，还有当年的李嵩，他们早就勾结在一起，图谋不轨。”
就在这时，阿福匆匆跑进来：“苏姑娘！寿康宫传来消息，太后病危！”苏瑶和慕容珏对视一眼，立刻带着诊箱赶往皇宫。寿康宫被禁军围得水泄不通，刘姑姑已死，宫女们吓得瑟瑟发抖。太后躺在榻上，面色发黑，显然是中了剧毒。见到苏瑶，她突然抓住她的手，声音微弱：“哀家不是主谋……是先帝……先帝当年就想废黜朕……”
苏瑶刚要搭脉，就见太后猛地咳出一口黑血，指着枕头下：“证据……在枕头下……”苏瑶伸手摸去，摸到个锦盒，打开一看，里面是先帝的手谕：“朕查盐铁司贪墨一案，牵涉甚广，恐危及国本。若朕遭遇不测，传位于大皇子，苏爱卿辅佐朝政。”手谕的日期，正是先帝驾崩的前一天。
太后看着手谕，眼中流下两行浊泪：“先帝早就知道我们的计划，他是被藩王害死的……哀家只是想为先帝报仇……”她呼吸越来越微弱，“苏姑娘，求你……保住三皇子……他是无辜的……”说完，头一歪，没了气息。苏瑶看着手中的手谕，心中掀起惊涛骇浪——原来先帝的死，也与藩王有关！
新帝得知太后驾崩的消息后，立刻赶到寿康宫。看到先帝的手谕，他久久不语，最终长叹一声：“朕就知道，父皇的死没那么简单。”他看着苏瑶，“苏爱卿，太后的话可信吗？藩王真的害死了父皇？”苏瑶点了点头：“陛下，太后临终前的样子不似作伪。而且账册上记载的盐铁去向，与藩王当年的任职经历相吻合。”
“传朕旨意！”新帝眼中闪过一丝狠厉，“命慕容珏率领十万禁军，即刻前往江南，捉拿藩王吴靖！秦风，你负责彻查先帝驾崩一案，凡是牵涉其中的，一律严惩不贷！”慕容珏和秦风领旨后，苏瑶躬身道：“陛下，臣妾愿随慕容将军一同前往江南，负责医治伤员，也能协助查案。”
新帝点了点头：“准奏！朕赐你尚方宝剑，在江南可便宜行事。林砚已能独当一面，瑶安堂就交给她打理。”苏瑶谢恩后，回到瑶安堂收拾行囊。林砚站在一旁，眼中满是不舍：“师父，你们一定要小心啊！我会好好打理瑶安堂，等你们回来。”苏瑶抱了抱他，将一本医书递给她：“这是我整理的疑难杂症诊治方法，遇到不懂的就看这本书。”
慕容珏正在清点粮草和兵器，见苏瑶出来，便走上前：“都准备好了？”苏瑶点了点头，看着院中的药圃：“不知道什么时候才能回来。”慕容珏握住她的手，掌心温暖而坚定：“等平定了藩王，我们就回来。到时候，我向陛下请旨，娶你为妻。”苏瑶脸颊一红，点了点头，眼中满是幸福的泪水。
次日清晨，出征的号角吹响。慕容珏骑着高头大马，穿着一身银色铠甲，威风凛凛。苏瑶穿着青色战袍，骑着白马，跟在他身边。大军浩浩荡荡地走出京城，百姓们夹道送行，欢呼声此起彼伏。林砚站在瑶安堂门口，望着大军远去的背影，握紧了手中的银针——他知道，他要好好守护瑶安堂，等师父和慕容将军回来，等一个太平盛世。
大军行至江南边界时，遇到了藩王的前锋部队。赵虎被押在阵前，见到藩王的人马，立刻大声喊道：“殿下！太后已死，白云观的兵器被收缴，谋反之事已败露！快投降吧！”藩王的将领见赵虎投降，立刻下令放箭。苏瑶见状，立刻让士兵举起盾牌，同时将调制好的烟雾弹扔出去。烟雾弥漫间，慕容珏率领骑兵发起冲锋，很快就击溃了前锋部队。
扎营后，苏瑶在军营中设立了临时医馆。一个年轻的士兵被箭射中胸口，气息奄奄。苏瑶立刻为他施针止血，然后亲自为他做手术，取出箭头。士兵醒来后，握着苏瑶的手哭道：“苏医官，谢谢您！我娘还在等着我回去呢！”苏瑶拍了拍他的肩膀：“好好养伤，很快就能回去见你娘了。”
慕容珏在军帐中研究战术，见苏瑶进来，便起身迎接：“瑶儿，藩王的主力部队在苏州城外，我们明日发起总攻。只是苏州城城墙坚固，易守难攻，恐怕会有不小的伤亡。”苏瑶走到地图前，指着苏州城的水门：“藩王的粮草都靠漕运运输，我们可以先派一支小队，偷袭漕运码头，烧毁他的粮草。粮草一断，他的军队就会不战自乱。”
慕容珏眼中一亮：“好主意！我让秦风率领三千精兵，连夜偷袭漕运码头。你留在军营中，负责防备藩王的偷袭。”苏瑶点了点头，从袖中取出个药瓶：“这是我调制的解毒丹，藩王麾下有江湖邪医，擅长用毒，让士兵们每人带几粒。”慕容珏接过药瓶，紧紧握住她的手：“瑶儿，万事小心。”
深夜，秦风率领精兵出发后，苏瑶正在医馆中熬药。突然，营外传来厮杀声。苏瑶立刻拿起弯刀，冲出医馆。只见一群穿着黑衣的人正在营中放火，为首的正是那个江湖邪医，手中拿着个药瓶，正往士兵们身上泼洒毒液。“苏瑶，你的死期到了！”邪医冷笑一声，将药瓶朝着她扔来。
苏瑶侧身避开，弯刀朝着邪医砍去：“妖医，残害生灵，今日就是你的死期！”邪医从袖中取出银针，朝着苏瑶射来。苏瑶早有防备，用弯刀将银针打落，随即纵身一跃，弯刀架在了邪医的脖子上：“束手就擒！”邪医却突然大笑起来：“我早就中了藩王的慢性毒，就算你不杀我，我也活不了多久！”他猛地咳出一口黑血，倒在地上没了气息。
就在这时，慕容珏率领大军回来，看到营中的火光，立刻上前：“瑶儿，你没事吧？”苏瑶摇了摇头：“没事，只是邪医死了，没能问出更多线索。”慕容珏指着远处：“秦风已经烧毁了藩王的粮草，苏州城内已经乱了。我们明日发起总攻，定能一举拿下苏州城！”
次日清晨，总攻开始。慕容珏率领大军从正面进攻，苏瑶则带着一支小队，从水门潜入城中。城中的士兵因为没有粮草，早已军心涣散，见到禁军便纷纷投降。藩王吴靖被围困在王府中，见大势已去，便服毒自尽。苏瑶在王府中发现了一本账本，上面记载着他多年来贪墨的银两和勾结官员的名单。
平定藩王后，慕容珏和苏瑶立刻着手彻查先帝驾崩一案。根据账本上的线索，他们找到了当年为先帝诊治的太医。太医见证据确凿，便如实招供：“先帝当年并非病逝，而是被藩王下毒害死的。太后知道后，便与藩王勾结，想为先帝报仇，同时扶持三皇子登基。”
真相大白后，新帝下旨为苏家平反，追封苏瑶的父亲为太傅。慕容珏和苏瑶率领大军凯旋归来，京城百姓夹道欢迎。新帝亲自出城迎接，为他们举行了盛大的庆功宴。宴会上，新帝宣布：“慕容珏将军战功赫赫，特封为镇国大将军；苏瑶医官救死扶伤，屡立奇功，特封为护国夫人。朕为你们做主，择日举行婚礼。”
回到瑶安堂时，林砚早已在门口等候。他穿着一身新做的青布衫，右耳后朱砂痣格外鲜亮：“师父，慕容将军，你们回来了！”苏瑶抱了抱他，笑着说：“我们回来了，瑶安堂还好吗？”林砚得意地说：“当然好了！我还救治了一个被毒蛇咬伤的猎户，百姓们都夸我医术高明呢！”
瑶安堂的院子里，桃花开得正盛。苏瑶、慕容珏和林砚站在桃树下，看着百姓们送来的锦旗，心中满是欣慰。苏瑶看着手中的先帝手谕，想起母亲当年的牺牲，眼中泛起泪光。慕容珏轻轻握住她的手：“瑶儿，都过去了。从今以后，我们会好好守护瑶安堂，守护这太平盛世。”
婚礼当天，苏瑶穿着凤冠霞帔，美得不可方物。慕容珏穿着红色铠甲，英气逼人。林砚作为伴郎，站在慕容珏身边，脸上满是喜悦。百姓们纷纷赶来祝贺，瑶安堂里挤满了人，欢声笑语不绝于耳。新帝派人送来贺礼，其中有一块御赐的匾额，上面写着“仁心济世，忠勇护国”八个大字。
婚后，苏瑶和慕容珏依旧住在瑶安堂。他们一起打理医馆，一起为百姓诊病。林砚也渐渐成长为一名出色的医者，能够独当一面。瑶安堂的名声越来越大，新帝下旨让瑶安堂开设太医院分院，苏瑶担任院判，将自己的医术传授给更多的人。
多年后，苏瑶和慕容珏带着孩子们在药圃中劳作。林砚已经成为瑶安堂的主事，培养了许多优秀的徒弟。夕阳西下，金色的余晖洒在瑶安堂的青瓦上，映出温暖的光芒。苏瑶看着眼前的一切，心中满是幸福——母亲的遗愿终于实现了，苏家的冤屈得以昭雪，而瑶安堂的仁心，也将永远传承下去。