朱由检对于万历的思路可谓是不认同的，觉得其过度依赖历史经验，缺乏前瞻性。万历以嘉靖年间倭寇之乱、矿监税使失败等历史教训为由，全盘否定新政策的可能性，忽视了时代变化和制度创新的潜力。
他将海外贸易简单类比为开门揖盗，殊不知这完全是他不正当处理导致的，国库见底后，万历不愿加派田赋，怕农民反，便打“关市”主意。
万历二十四年颁《矿税诏》——“以矿税助大工”，赋予中使“便宜开采、征收”之权；
同年再下《市舶归内监谕》——把原来由地方布政司抽解的“商舶税”一并划给内监。
皇帝绕开户部、兵部、督抚，直接派矿税内监到沿海：高采（福建）、陈增（广东）、李凤（广西兼广东）、杨荣（云南）、高淮（辽东）等，太监们一身兼三职监税！
太监一手掌握了商税、金银铜矿、海外贸易抽分，可以说财权异常强大！
就拿福建的高采为例，皇帝缺银子，他们本就是为了给皇帝捞银子而去的，但内监手里缺船、缺航海图，于是“招商带引”——谁肯出海帮皇家弄钱，就给“钦差船引”免关税。
于是当时高采当时再拿皇家“敕谕”去骗外商，向荷兰人收三万两保证金，许诺澎湖互市。
荷兰东印度公司正愁打不开中国口岸，立刻就顺杆往上爬。
结果签完后荷兰船长韦麻郎开船高高兴兴的来，结果被巡抚徐学聚设法驱回，以清海徼，把荷兰人驱逐了。
给荷兰人气的不轻，当时做生意都有武装商船，于是荷兰人又跟大明干了一仗，最后荷兰人年年都来，最后更是万历三十七荷兰占澎湖筑城。
最后还是在天启二年明遣总兵俞咨皋渡海收复，筑红毛城炮台，荷兰退往台湾告终！
可以说在朱由检看来简简单单的事，自己皇祖搞的一团糟，万历为了要银子，直接派人就去，完完全全没有一个好的规划。造成的结果就是制度层面内监系统与督抚系统双轨并行。
一个钦差太监、一个巡抚，互不统属，法令对冲；地方官依法要拒夷，太监却私给船引招夷，政策自我打架。
户部、兵部被踢出局——财权、兵权都在太监手里，地方无力“统筹”，只能左右支绌。
人事层面太监身受皇命：得把皇上要的银子立刻押解进京，于是“招商—赊引—收贿”速成，太监们都只关注快速来银子的招数至于对于以后得发展等等都闭眼不看！地方官有海防压力：寸板不得下海、夷船不得入内洋，二者目标天然冲突。不是地方阻挠贸易，而是太监用皇权压地方，逼地方开门揖盗；
地方为了免责，又不得不“闭门驱盗”，两头受气。
结果到了最后就是太监完成不了数字，就诬“抚按不作为”；抚按为了止祸，就劾“太监勾夷酿衅”；皇帝两头和稀泥：既收太监的银子，又留中抚按的奏章！
朱由检干脆回答道：“皇祖父圣明，洞悉人心私欲、官僚惰怠、外敌诡诈、天时无常，确为治国之难。然孙儿以为，这四者非必为阻，亦可为用。”
“人心之私，恰是驱动之力。 西夷商贾跨海求利，正因私欲驱使，方能不畏风浪、开拓航路。朝廷不必禁绝私欲，而应以法度驾驭之：设清晰税则，使商贾知利之所在；立严明律条，使贪官知罚之可畏。私欲如江河，堵则溃决，疏则灌溉——关键在朝廷筑好堤坝、开好渠道，则私利可汇成公利。”
“官僚之惰，实因激励不足。 若海贸之税与地方考成挂钩，漕运衙门能从合法贸易中分润，则惰者自会转为勤者。可设‘海绩簿’，凡促进贸易、税银足额者，记录升迁；凡盘剥走私、败坏规章者，严惩不贷。以利驱之，以法束之，惰性可化为效能。”
“外敌之诈，反成砥砺之石。 西夷船炮虽利，却非铁板一块。彼等各国争利，矛盾重重。朝廷可效仿战国‘连横’之策，分而治之：许葡萄牙人澳门泊船，却限制荷兰人北上；允西班牙人购丝瓷，却要求其共享海图。以商制夷，以夷制夷，则外敌之诈，反成我学习船炮、测绘海疆之机。”
“天时之变，终需人事应对。 粮价波动、灾年之忧，非禁海可解。朝廷可设‘平准仓’于沿海：海贸所得白银，部分专项用于丰年购粮储备；同时鼓励南洋稻种输入，提升亩产。以海贸之银，稳内陆之粮，则天时纵变，我自有周转之余地。”
“至于皇祖父所忧宦官贪渎、党争祸源——此非海贸之过，实监督之失。 孙儿愚见，可设‘三方监理’：内臣掌船队、户部核账目、都察院行监察，三者互不统属，互相制衡。账目每季公示，贪墨者凌迟，举报告密者重赏。以透明破暗箱，以制衡防专权，则私欲不敢泛滥。”
“故孙儿以为，治国非压抑人欲，而是疏导私利以成公益；非畏惧外患，而是借力打力以图自强；非坐等天时，而是未雨绸缪以建制度。皇祖父若以驾驭之术代禁防之心，则四海私欲皆可为大明之助力也。”
朱由检说完，心中其实也有些忐忑。他这番话，表面上是委婉地提出不同思路，但核心逻辑无异于在说：问题不在于海贸本身，而在于朝廷过去的做法太糙、太乱、太没有章法，把一手好牌打烂了。如果制度设计得当，执行监督有力，那些您担忧的弊端，都可以转化为动力。
他偷偷抬眼，想从万历脸上看出些反应。
只见万历皇帝先是面无表情地听着，手指敲击扶手的节奏却渐渐慢了下来。待朱由检话音落下，殿内陷入一片更深的寂静。这寂静并未持续太久，万历忽然发出一阵笑声。
“哈哈哈……”
这笑声起初低沉，继而变得响亮，在空旷的大殿里回荡，却听不出多少欢愉，反而带着一种复杂的、近乎气笑的意味。
万历笑了好一阵，才缓缓止住，他将目光从朱由检身上移开，转向了一旁始终紧绷着神经的太子朱常洛。
“太子，”万历的声音里还残留着笑意的余韵，语气却意味深长，“你可真是……有个好儿子啊！”
这话听着像是夸奖，可结合万历刚才那阵笑，任谁都听得出其中的讽刺和不满。
朱常洛心头一紧，后背瞬间沁出一层冷汗。他太了解自己的父皇了。万历若是直接发怒斥责，反倒好办，说明事情还在可控范围内。可这种笑，这种看似轻飘飘的“夸奖”，往往意味着皇帝已经动了真怒，只是尚未找到最合适的发作方式，或者……是在等待别人递上台阶，或者踩下陷阱。