【1399年7月，张昺谢贵接到朝廷的命令，要他们逮捕朱棣的亲信将领，并趁机控制燕王府。
朱棣得知消息后，决定不再隐忍，他以请张昺、谢贵来燕王府一事为由，将他们诱杀，随后率领燕军占领北平城，正式起兵。
朱棣起兵后，需要一个正当的借口，以争取民心和舆论支持，他想起了朱元璋留下的“皇明祖训”，其中有一条，“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。”
虽然朱允文没有下密诏，但朱棣还是以此为依据，打出清君侧，靖国难的旗号，声称：齐泰，黄子澄是奸恶之臣，蒙蔽皇帝，危害国家，他起兵是为了清除奸臣，保护皇室。
为了让这个借口更有说服力，朱棣还发布了靖难檄文，在北平及周边地区张贴檄文中写道：“吾皇考太祖高皇帝，龙飞淮甸，定鼎天下，分封诸子，以为藩嫔，今建文皇帝年幼，被齐泰、黄子澄蛊惑，削藩害亲，湘王自焚，周王流放，天下人心惶惶，吾奉天承运，举兵清君侧，非为夺权，实为保护大明江山。”
这个借口起到了一定的作用，北平的百姓大多同情朱棣，认为朱允文削藩过于残酷，燕军的士兵大多是朱棣的旧部，对他忠心耿耿。
一些对朝廷不满的官员和将领也纷纷投靠朱棣，但也有很多人反对朱棣，认为他是谋反，比如方孝孺，当时是翰林院侍讲学士，他多次向朱允文上书，请求派兵讨伐朱棣，并写下讨燕檄文，痛斥朱棣违背祖训，图谋不轨。
1399年7月5日，朱棣在北平誓师，率领3万燕军正式出征，他站在高台上对将士们说：“今日起兵，非为一己之私，是为国家安危，若能成功，我必与诸位共享荣华若失败，我一人承担罪责，绝不牵连诸位。”
将士们齐声高呼：“愿随燕王，讨伐奸贼”声音响彻北平城，靖难之役，这场持续四年的内战就此拉开序幕。】
洪武的朝堂
朱元璋死死盯着光屏上“清君侧，靖国难”六个字，皇明祖训……那是他亲手定下的规矩，是为了防权臣作乱、护朱家江山永固，何曾想过，竟会被老四拿来当作起兵的由头！他心里五味杂陈，一半是怒——怒朱允炆君臣昏聩，把好端端的江山搅得乌烟瘴气，逼得老四不得不反；一半却是说不清道不明的叹——老四这一手，倒是把他定下的规矩用得活泛，知道师出有名才能收拢人心，比那只会蛮干的皇孙，不知强了多少倍。
再看到燕军将士齐声高呼的画面，他心里更是掀起了惊涛骇浪。
北平百姓同情朱棣，燕军旧部忠心耿耿……这便是民心所向吗？他分封藩王，就是要诸王与百姓休戚与共，护一方安定，朱允炆倒好，硬生生把老四逼成了百姓眼中的“救星”，把自己弄成了失道寡助的孤家寡人！
方孝孺……这个读书人，有学问，有气节，可这般愚忠，又有何用？看不清朝堂症结，只知道一味喊着讨逆，到头来，不过是陪着朱允炆，把这大好江山往火坑里推。
四年内战……想到那即将到来的兵荒马乱，想到无数将士百姓要因这场皇室内斗枉死，朱元璋的心就像是被一只无形的手攥住，疼得他几乎喘不过气。
他闭眼，脑海里闪过的却是自己当年南征北战的模样，老四如今这般，倒有几分他年轻时的狠劲与决绝。
罢了，罢了，江山是朱家的江山，无论最后是谁胜谁负，终究是他朱元璋的子孙，在争这朱家的天下啊……