崇祯二年腊月十七，武经略满桂战死永定门，明军士气大挫，崇祯帝命杨肇基统领勤王军迎敌。
他深知敌强我弱，若野战必败，遂布梅花阵——士兵聚团背靠背向外，形成独立防御单元。
战前激励将士：敌众我寡，战亦死，不战亦死！当以一当十，死中求生！
皇太极见阵法严明，察觉明朝国势犹存、人心未散，恐强攻京师风险过大，下令退兵二十里。
决定采取砍而不伐策略：攻占京畿周边城池，掠夺物资，逐步瓦解明军。
崇祯三年正月十五，蓟州勤王军总理马世龙命杨肇基率五千兵进驻三屯营，与蓟州互为犄角。
这座经戚继光主持扩建、周长七里、城高丈余的军事重镇，是蓟镇总兵府所在地，更是京畿东北的门户。
此前于崇祯二年十一月被后金攻破，城中兵卒伤亡过半，防御体系彻底崩塌。
总兵朱国彦也在张榜公布逃将姓名后自缢殉国。
正月十六，杨肇基这位年近五旬、须发皆白却精神矍铄的老将，怀揣崇祯帝真将军也的赞誉，率家丁与五千士卒星夜赶赴三屯营，扛起了守土重任。
正月十八日，杨肇基率军入城后，明廷正式任命其为蓟镇总兵，全面负责防务。
杨肇基入城时，三屯营一片残破：
城墙多处被炮火轰塌，城楼上的敌楼仅剩残垣断壁；
幸存的士兵面带惊恐，百姓蜷缩在破屋中不敢外出。
更糟的是，后金留下的奸细伪装乡民，夜间纵火劫掠，散布后金将复来的谣言；
军民人心惶惶，百姓欲逃，士兵士气低落。
更棘手的是面临粮饷匮乏的窘境。
粮仓被焚、府库空空，杨肇基与将领凑出百余两私房钱。
每名士兵仅得十三文，不足一顿饱饭，三日间五千士卒逃走数百人。
这位历经平白莲教、抗套寇的老将深知人心是御敌根本，召集将领立誓：
三屯营失则蓟州危，蓟州危则京师危！吾在城在，城破吾亡！
随即推行三项举措：
其一， 军民同甘共苦：
每日其与将士百姓同灶而食，亲自登上残破城墙巡视，用吾在城在的誓言安定人心，遏制逃亡之风。
其二，整肃军纪安抚百姓：
斩杀三名劫掠百姓的兵痞示众，震慑军心；
开仅存粮仓济民，组织士兵帮百姓修房，恢复城中秩序。
其三，搜捕奸细稳定舆论：
选精锐与乡勇组搜奸队，三日擒获二十余奸细，押至钟鼓楼前公开处决；
杨肇基持剑高呼：通敌者皆如此下场！
百姓拍手称快，军民同心抗敌氛围渐浓。
稳定人心后，杨肇基按戚继光遗留的城防图纸，动员军民日夜修城。
士兵与乡民五人一组，青壮年补城墙、运砖石，老弱烧砖送浆；
夜间士兵守城墙，乡民巡城内。
针对后金重点攻击的东西水关（水源命脉、防御薄弱），他亲自督工，加高城墙、增设箭楼，埋设铁栅栏防水路突袭。