对气功锻炼产生的效应及气功作用机制等认识，也主要以中医理论来阐述。当然，由于自古以来，气功实践不只为医家独有，儒、道、佛、武等各家在各自不同的实践中，分别对气功形成了自己的认识，也构成了气功理论的一部分。
气功实践的结果也为中医学提供了新的内容，如明代医学家李时珍、张景岳等分别对奇经八脉和丹田命门理论的系统阐发，在很大程度上是建立在气功实践的基础上的。气功强调对意念的运用，是对中医调神理论和情志学说的补充和发展。掌握了气功心身同练的特点，有助于深入理解中医“形神合一”、“天人合一”的整体观，而气功作用机制的探讨，亦有益于对中医“气化论”、“精气神”理论和脏腑心理相关性等的深入认识。发掘整理气功与药物配合应用，气功针灸、气功按摩等传统治疗方法也可提高临床疗效、开拓新的治疗途径。
气功和体育锻炼都是人类自我心身锻炼方法，都具有健身作用。气功，尤其是动功，也是一种特殊的体育锻炼。如果去掉对意念、呼吸的特殊要求，则与体育锻炼中的体操无异，只是动作柔和缓慢而已。体育锻炼也包括了“调身”、“调息”、“调心”三方面相应的内容。如“调身”本来就是体育锻炼的主要内容，而呼吸的调整对于体育锻炼来说也很重要，就象长跑运动员必须使呼吸与步伐相协调一样。正确的呼吸方法，是“调身”达到完美状态的保证。体育锻炼也很重视心理状态的影响，几乎所有的体育项目的竞技成绩都与运动员的心理稳定性有关，只是影响的程度不同，象射击、射箭，情绪的任何波动都可能大大影响成绩。
传统体育中的武术，与气功更是密不可分。所谓“外练筋骨皮，内练一口气”，就是指武术与气功的结合。武术发展到今天，最引人注目的还是它与气功结合而起到的健身治疗作用。传统气功中的“五禽戏”、“八段锦”等许多功法，往往也同时被归入体育锻炼之列。
体育锻炼着重“调身”，即形体的锻炼，其“调息”的目的是为了在激烈的体育锻炼过程中得到充足的氧气供应，并不断地从体内排除二氧化碳，以保证大脑、肌肉所消耗的能量得以及时的补充，从而保证体育竞技顺利进行。也就是说其目的在于使形体的锻炼得到充分的发挥。而“调心”也同样是为了保证形体的完美发挥。气功与此不同，气功的三要素中，“调心”起着决定性的主导作用，“调身”只是顺利进行调心、调息的重要条件，“调息”则有助于体势的放松和精神的宁静。三者有机地结合起来，逐步达到气功入静状态，并在意识的主导下进行机体内部功能的自我调整和锻炼，通过特殊的心理过程来改变自身的生理状态，达到治病强身的目的。
与体育锻炼相比，气功更强调人的心理状态对人体健康的影响，强调通过主动的自我精神活动来调整自身的生理活动。在气功入静状态下调动和培育人体的生理潜力，起到强身治病的作用。
气功锻炼是在气功入静状态下进行的有呼吸要求的运动，它要求在保持松静自然的基础上，全身协调运动，呼吸柔和细缓，使耗氧量降低，心率减缓，血压降低，在整体上提高身体素质；这与一般的体育锻炼使呼吸加快，耗氧量增多，心率加快，血压升高，从而加快身体某些部分的新陈代谢，使形体按特定的要求完美发展等，有着很大区别。它是华夏独有的一门传统技艺。
中医，有四大经典着作，《黄帝内经》《难经》《伤寒杂病论》和《神农本草经》。其中，《黄帝内经》成书最早，内容最多，成为华夏医学宝库的经典。《伤寒论》以《汤液经法》为基础而成书，《汤液经法》相传为商代宰相伊尹所着。
中医学以阴阳五行作为理论基础，将人体看成是气、形、神的统一体，通过“望闻问切”四诊合参的方法，探求病因、病性、病位，分析病机及人体内五脏六腑、经络关节、气血津液的变化，判断邪正消长，进而得出病名，归纳出证型，以辨证论治原则，制定“汗、吐、下、和、温、清、补、消”等治法，使用中药、针灸、推拿、按摩、拔罐、气功、食疗等多种治疗手段，使人体达到阴阳调和而康复。
在远古时代，华夏民族的祖先发现了一些动植物可以解除病痛，积累了一些用药知识。随着人类的进化，开始有目的地寻找防治疾病的药物和方法，所谓“神农尝百草”、“药食同源”，就是当时的真实写照。夏代酒和商代汤液的发明，为提高用药效果提供了帮助。进入西周时期，开始有了食医、疾医、疡医、兽医的分工。
春秋战国中医理论已经基本形成，出现了解剖和医学分科，已经采用“四诊”，治疗法有砭石、针刺、汤药、艾灸、导引、布气、祝由等。《黄帝内经》，它是华夏传统医学四大经典着作之一，也是华夏医学宝库中成书最早的一部医学典籍。同时是研究人的生理学、病理学、诊断学、治疗原则和药物学的医学巨着。在理论上建立了中医学上的阴阳五行学说、脉象学说、藏象学说、 经络学说、病因学说、病机学说、病症、诊法、论治及养生学说、运气学说等学说，后来的中医学和养生学开始用阴阳五行解释人体生理，出现了“医工”、金针、铜钥匙等。是指以华夏汉族创造的传统医学为主的医学，是研究人体生理、病理以及疾病的诊断和防治等的一门学科。
秦汉时期的中医典籍《黄帝内经》，系统论述了人的生理、病理、疾病以及“治未病”和疾病治疗的原则及方法，确立了中医学的思维模式，标志着从单纯的临床经验积累发展到了系统理论总结阶段，形成了中医药理论体系框架。