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公元前522年波斯阿契美尼德王朝大流士一世执政后，为了统一波斯的需要，独尊阿胡拉·马兹达，力图贬低部落的氏族神台瓦等。其后继者塞齐斯等追随大流士的信仰，常自称为阿胡拉·马兹达的使者，声称神的意志通过皇帝宣示人世。据考证，琐罗亚斯德的庇护者维斯塔巴就是大流士的父亲，琐罗亚斯德也独尊阿胡拉·马兹达为最高神。阿契美尼德王朝时的宗教为祭司阶层麻葛所控制，麻葛崇拜阿胡拉·马兹达，反对恶灵，对死者实行天葬。因此有人把麻葛和反映琐罗亚斯德教信仰的《伽泰》联系起来，认为该教是在阿契美尼德王朝前后时期的信仰基础上发展起来的。
公元前4世纪，希腊亚历山大大帝征服波斯后，波斯进入希腊化时期，琐罗亚斯德教受到沉重打击，但在公元元年前后又重新活动。在波斯万神殿中出现了希腊和波斯的混合神只。阿胡拉·马兹达及其僚神成了太阳神、月神等的伙伴。在罗马统治时期，琐罗亚斯德教诸神之一密特拉神成为地中海地区普遍信仰的对象。
公元3世纪波斯萨珊王朝创建后，琐罗亚斯德教重新兴盛，取得了国教的地位。萨珊诸王都兼教主，自称阿胡拉·玛兹达的祭司长、灵魂的救世主等。他们搜集、整理希腊化时期散佚的经典，编纂了《阿维斯陀》，使该教教义有了具体、明确的内容。5世纪时，该教一部分教徒在玛兹达克的领导下，进行了一场社会和宗教改革。491～529年之间，在波斯和阿塞拜疆等地掀起了大规模的、持续不断的起义。萨珊王朝先后采取欺骗与高压的政策，起义最终被镇压。
公元7世纪萨珊王朝亡于穆斯林。起初哈里发对琐罗亚斯德教徒表示宽容，在依法纳税后容许其保持自己的信仰；若干年后强迫琐罗亚斯德教教徒改信伊斯兰教。残留在波斯本土的该教教徒，被称为迦巴尔。部分通过西域进入华夏内地，使该教在南北朝和隋唐时期盛行于西域。
很多人错误地把琐罗亚斯德教与摩尼教混为一谈，实际这二者同源但教义不同甚至略有冲突。就如同犹太教和基督教的关系。据20世纪70年代统计，约有1.7万人，分布在伊朗南部的耶斯德和格尔孟等地；另一部分教徒从8世纪初由波斯迁往印度西海岸古扎拉特等地后，与迦巴尔失去联系，至15世纪中叶后又恢复联系。17世纪后，他们在孟买附近形成一个独特的社会集团，被称为帕西人。据20世纪80年代统计，帕西人约有10万，大都经营工商业，在印度经济生活中有重要影响。
琐罗亚斯德教在萨珊王朝时盛行于中亚各地，8世纪中叶穆斯林统治波斯、占有中亚后，大批教徒向东迁徙。新罗僧人慧超适路过中亚，在《往五天竺国传》中记载：“从大食国已东，并是胡国，即安国、曹国、史国、石骡国、米国、康国……总事火祆。”当时华夏新疆的高昌、焉耆、康国、疏勒、于阗等地也流行该教。
在唐以前华夏的经典、史籍中，已可找到有关火祆教的记载。
但一般认为，波斯于518年通北魏，与波斯邻近的滑国于516年通梁，这两国皆信奉火祆教，因之火祆教传入汉族地区的时间当在516～519年间。
火祆教崇奉之神在北魏、南梁时被称为天神、火天神、火神天神或天神火神；到隋末唐初才称火祆，以此表示它是外国的天神。该教传入华夏后曾受到北魏、北齐、北周、南梁等统治阶级的支持。北魏的灵太后率领宫廷大臣及眷属几百人奉祀火天神。北齐后主“躬自鼓儛，以事胡天”。因此，在京都出现了很多奉祀火祆的神庙，一时蔚成风气。北周的皇帝也曾亲自“拜胡天”、“从事夷俗”。
从北魏开始，北齐、北周相继在鸿胪寺中设置火祆教的祀官。
唐朝在东西两京都建立祆祠，东京有二所，西京有四所。在这些祠庙中“商胡祈福，烹猪羊，琵琶鼓笛，酣歌醉舞”，极一时之盛。另外，在丝绸之路上的碛西诸州也随地都有祆祠。唐朝祠部还设有管理火祆教的祀官萨宝府官，主持祭祀。
萨宝府官分为萨宝祆正、祆祝、率府、府史等，自四品至七品不等，由波斯人或新疆地区少数民族的信徒担任。
唐时华夏疆域辽阔，海外贸易发达，唐王朝之所以采取这种措施，一方面是为了尊重外国侨民的宗教信仰和生活习惯；另一方面也是为了与波斯、西域诸国建立友好关系，有着政治和商业上的目的。
唐会昌五年武宗在禁传佛教和其他外来宗教的同时，火祆教也受到排斥，景教、摩尼教和祆教的许多祠庙都被拆毁，僧侣被勒令还俗。但至大中年间即弛禁。以后经五代、两宋犹有残存，民间仍有奉祀火神的习俗，在汴梁、镇江等地还有祆祠。南宋以后，很少见诸华夏典籍。以后，在华夏内地基本绝迹，但是在华夏山西省介休市有可以考证的残存，是华夏唯一一处祆教建筑。
在金庸武侠小说《倚天屠龙记》中记载的明教，即历史上的摩尼教，就是起源于琐罗亚斯德教，但教义融合了大量基督教、佛教等其他宗教教义。国内常不加区分的将琐罗亚斯德教与摩尼教划等号统称为“拜火教”，含义比较混乱。
祆教在新疆的早期传播情况不详。1978年在乌鲁木齐阿拉沟的一座古墓中，出土了一件高方座承兽铜盘。据考证，这件公元前5世纪至公元前1世纪的铜盘，与中亚发现的祆教祭祀圣火的器具十分类似。这表示祆教传入新疆当不晚于公元前5世纪至公元前1世纪，传入路线是由波斯经中亚进入新疆。