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由于祆教崇拜天、地、日、月、水、火、木、土，与新疆盛行的原始自然崇拜基本相同，因此容易被当地居民接受。魏晋至唐宋时期，祆教在新疆各地迅速传播发展起来。在吐鲁番出土文书中，屡屡出现祆教徒特有的名字和有关祆教活动的记载。祆教在吐鲁番的迅速发展引起当地统治者的重视和警惕，为加强对祆教的管理和遏制祆教势力的发展，不仅设置了专门管理祆教的官职“萨簿”，还采取一些具体措施以限制祆教的活动。
当祆教在中原地区不断遭受打击而日渐衰落之际，在新疆却进入其发展的鼎盛时期。据唐朝哈密方志《沙州伊州地志》记载，当时哈密有一座祆庙，该庙的教主翟磐陀曾入京朝见皇帝，并表演了神灵附体和利刃穿腹的幻术，被唐朝皇帝赐予“游击将军”称号。10世纪的阿拉伯旅行家米撒尔在拔希国也看到其国都拨希城内有火教徒。由于祆教没有取得官方宗教的地位，主要流行于农村，与当地的原始宗教相互渗透、融合，最后演变为民间宗教的一部分，所以，从宋代以后不再见于文献记载。
20世纪20年代，V.V. Barthold便指出使用骨匣盛殓骨殖是中亚火祆教徒与波斯琐罗亚斯德教徒的不同之处。他说：中亚的拜火教有一些不同于萨珊朝波斯拜火教的地方特点。其特点之一为一种骨匣。这是些绘有画的小黏土匣子，里面装有肉体腐烂后的骨头，因为土地不允许被腐烂的尸体所玷污。这种骨匣只在俄属突厥斯坦发现。
1953年，B. Ya. Staviskij等学者亦撰文明确指出粟特祆教与萨珊波斯的琐罗亚斯德教有明显不同，前者葬俗具有两大特点：哭亡人和膜拜偶像，而这正是后者所坚决反对的，因为这样会加深死者在冥府的罪恶。
根据陈寅恪文化移植发生变异的理论，蔡鸿生指出唐宋火祆教“已非波斯本土之正宗，而为昭武九姓之变种”的推断。林悟殊进一步指出粟特祆教保存更多的是希罗多德《历史》等所载阿契美尼德时期波斯琐罗亚斯德教的习俗；波斯琐罗亚斯德教并没有在深层文化上对华夏产生重大的影响。但其体系中粟特版的祆神崇拜，作为西域胡人的习俗，却为华夏人所吸收，并华夏化，成为华夏古代民间信仰之一。荣新江认为，在官方正式的祭祀仪式之外，还有普通民众的祭祀活动，特别是祆教作为波斯古老的琐罗亚斯德教的粟特变种，其中掺杂了许多民俗的成分，如西域幻术，而这种杂耍的祭祀活动，有时没有其他宗教仪式那样庄重，常常也就不被当作祆教的宗教活动了。因此，张小贵认为汉文载籍所描述的祆教风俗正是以粟特人为主的中亚祆教而非波斯正统的琐罗亚斯德教。
有关祆教与琐罗亚斯德教之间的区别，蔡鸿生总结道：琐罗亚斯德教，华夏文献上称祆教，一般常识可以这么叫，因没有一个对应的称呼。但是二者是有差别的，目前认识所及，至少有·马兹达，主神是天神，还有六个辅神辅助它，故可以说，琐罗亚斯德教基本上是一神教。祆教不一样，有拜琐罗亚斯德教的神，也吸收了印度早期的神，如电视上也可听到的娜娜神，起源于西亚两河流域，从贵霜进中亚。在中亚，还有一些本地的神。所以祆教是多神教，与波斯的琐罗亚斯德教是有区别的。
形象。琐罗亚斯德教不搞偶像崇拜，但祆教从出土文物看，起码有两种偶：木偶、陶偶。从偶像来看，一种搞偶像崇拜，一种不搞。
葬仪。琐罗亚斯德教是天葬，让鸟兽处理尸体，有尸台。祆教，则是在死尸自然风化后，将遗骨放到骨瓮里。
也许还有其他差别，但从以上三条看，祆教显然不是琐罗亚斯德教。祆教源于琐罗亚斯德教，但不等于，不能划等号。
张小贵以为汉文典籍所载中亚祆教习俗与波斯萨珊朝琐罗亚斯德教的习俗之间存在明显的区别。例如，前者最为突出的巫术、幻术之类的习俗，并不为正统琐罗亚斯德教所容。黎北岚也认为幻术表演是祆教仪式中的非正统因素，并提出它与阿尔泰世界中的萨满教仪式的高度相似之处。
实际上，幻术表演的出现正是琐罗亚斯德教进入中亚以后内亚化的表现。该变化在进入中古华夏的祆教中一直得到保留。
有关祆教幻术表演的记载主要集中在张鷟《朝野佥载》。根据张鷟的描述，在洛阳立德坊及南市西坊的祆神庙，每年祭神祈福时，都要征募胡人术士为祆主。“河南府立德坊及南市西坊，皆有僧祆神庙。每岁商胡祈福，烹猪羊，琵琶鼓笛，酣歌醉舞。酹神之后，募一胡为祆主，看者施钱并与之。其祆主取一横刀，利同霜雪，吹毛不过，以刀刺腹，刃出于背，仍乱扰肠肚流血。食顷，喷水咒之，平复如故。此盖西域之幻法也。”《朝野佥载》又载：凉州祆神祠，至祈祷日，祆主以铁钉从额上钉之，直洞腋下，即出门，身轻若飞，须臾数百里，至西祆神前舞一曲即却，至旧祆所，乃拔钉，无所损。卧十余日，平复如初。莫知其所以然也。
写于光启元年的敦煌文书《沙州伊州地志》记伊州祆庙的宗教仪式活动：〔伊吾县〕火祆庙中有素书，形象无数。有祆主翟盘陀者，高昌未破以前，盘陀因入朝至京，即下祆神。以利刀刺腹，左右通过，出腹外，截弃其余，以发系其本，手执刀两头，高下绞转，说国家所举百事，皆顺天心，神灵助，无不应验。神没之后，僵仆而倒，气息奄奄，七日即平复如旧。有司奏闻，制受游击将军。
可见这是中古华夏境内祆教祭祀活动中相同的仪轨，以幻术的表演渲染、展示宗教的神奇、神秘与灵验。这应该是粟特版祆教的内容。