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一般百姓严禁拥有《河图》、《洛书》、《太乙》等阴阳道的专门典籍，阴阳道成为国家的独占工具。阴阳师开始以国家专属的占术师身份出现，阴阳寮作为国家机构正式成立，负责阴阳道的管理与实施。在整个平安时代，他们达到了发展的巅峰。
阴阳寮在奈良时代的影响日益增强，例如在都城规划中应用阴阳道思想，其仪式也与神祗信仰融合，渗透到国家祭祀与贵族生活之中。
平安时代日本与华夏有非常紧密的交往，在日本儒学得到推崇，同时佛教得到发展。891年废止遣唐使之后，发展了日本独自的国风文化。这是一个民智未开的时代，有好几成人仍然对妖魔鬼怪的存在深信不疑。在这样的时代，人也好鬼怪也好，都屏息共居十京城的暗处，甚至在同一屋檐下。
而从平安时代开始，结合日本原有的咒禁道、神道教所发展出来的阴阳道，成为日本文化中的独特元素。平安时代阴阳师发展达到顶峰，阴阳寮作为官方机构负责占卜、天文观测和历法制订等职责，其长官为阴阳头，下设阴阳博士、天文博士、历法博士、漏刻博士及阴阳师等职位，负责天文历法制订、判断祥瑞灾异、勘定地相风水、举行祭仪等。与阴阳术一直由民间主导的华夏不同，日本是由朝廷掌控，民间阴阳师并不是主流。
在十世纪，日本阴阳道界存在安倍家和贺茂家两大流派。此时期着名阴阳师安倍晴明担任天文博士，深受贵族信赖，对阴阳道发展有重要影响，其曾任从四位下天文博士，获授法清院爵位，死后被追封为从一位。不仅对天文立法的制定握有主导权，而且具有一定的政治影响力，甚至作为皇室和贵族的生活咨询顾问。
平安时代中后期，阴阳师的职能逐渐从技术型向个性化、特色化转变，更多参与贵族私人的占卜和祭祀活动，其咒术与祭祀活动从九世纪后半期开始盛行。进入武士政权以后，阴阳师转为替武士服务。从此，安倍家改名为土御门家，而贺茂家改名为堪解由小路家。
镰仓时代，随着武家势力的急速上升和朝廷势力的衰落，许多原来为朝廷贵族工作的阴阳师开始流入民间，并且很快的与其他宗教结合，形成面向大众的新阴阳道。在镰仓幕府时期，阴阳师被武家政权任用，参与政治和军事相关的仪式活动，促进了阴阳道在关东地区的形成与发展。阴阳师在民间积极回应祈福、祛病等需求，通过举办祓除、祭祀等活动，进一步推动了阴阳道与神道、佛教等宗教的融合。这种“平民化的阴阳道”一直流传到今日，现在的一些日本民俗仍保持着古时阴阳道的一些仪式或做法。
日本战国时代，皇权没落，武士阶级治世，阴阳师逐渐从历史舞台消失。 这一时期，由于战乱频仍、武士阶级崛起以及禅宗等佛教及其他思想盛行，阴阳道逐渐失去其辉煌地位，从宫廷流向民间，呈现衰落之势，甚至一度被视为旁门左道。不过，各地大名身边军师的前身大部分仍是阴阳师。 战国大名们都很在意占卦，武将手中的军扇，就是咒术的一种。 军扇两面各画有日、月，万一碰到不得不出战的凶日，便在白天把军扇的月亮面显现在表面，让日夜颠倒，以便将凶日化为吉日。 阴阳师们虽然官阶并不高，但却多受权臣贵族的仰仗，其地位远远凌驾于一般官员和武士之上。
德川家康开设江户幕府的时候，五行兴替的思想再次被般出来。阴阳道才再次走近政治的中心。安倍家直系后裔土御门家再次兴旺，嗣子断绝的贺茂家也凭借的支流幸德井家再兴。但是两家竞争日益白热化，到了江户时代中期，土御门神道终于彻底击败了幸德井家取得了全日本阴阳师的支配权。江户时期，随着《簠簋内传》等典籍的出现，阴阳道再度流行，安倍晴明的故事也广泛传播，并发展至净琉璃、歌舞伎等艺术形式中。
阴阳寮是日本古代律令制下中务省所属的官方机构，主要负责天文、占卜、历法与计时。它成立于天武天皇时期，模仿华夏唐代的太史局与太卜署设立。
阴阳寮构成：寮头一人、寮助一人、允官一人、大属职一人、小属职一人、阴阳师六人、阴阳博士二人、阴阳生十人、阴阳士一人、皇历博士一人、皇历生十人、天文博士一人、天文生十人、漏刻博士二人、守辰丁二十人、使部二十人、值丁二人。在阴阳寮的四个技术部门中，阴阳部门阴阳道因其负责占筮、相地等核心事务，设置的六名阴阳师在人员比例上占据中心地位。
工作内容主要包括：阴阳道，判断土地凶吉的相地堪舆与占筮。
历道，制定日历，决定日子凶吉。
天文道，观测天体，卜筮，思考慧星侧隐。
漏刻，掌管控制时间。
阴阳寮不仅是政府机构，也是重要的教育机构，负责培养阴阳生、天文生、历生等专业人才。
其作为日本古代重要的科学与咒术管理机构，对日本的政治、文化和生活产生了深远影响。
观勒僧正观勒，百济国的三论宗僧侣，亦通成实宗。推古天皇10年观勒东渡日本，将《元嘉历》、《摩登伽经》等天文、历法、地理、佛教典籍传入日本。两年后，观勒带来的《元嘉历》被作为官历采用。除了带来的典籍，观勒还为日本带来了遁甲方术、阴阳五行等思想，可以说是日本阴阳道的先驱者。他还选拔34名弟子分别授业，其中阳胡玉陈学成历法、大友高聪学成天文遁甲、山背日立学成方术。22年后，观勒成为实行僧正僧都制度后的日本的第一任“僧正”，观勒僧正之称也由此而来。
阳胡玉陈师从观勒僧正，主修历法，在日本被尊为“历道之祖”。