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古代忍者的主要军事任务是负责搜集情报及暗杀敌方首脑主将等，因而忍术的内容构成也比较复杂，除了一般各种徒手、器械的古流武术实战技法外，还包括情侦谍报、潜伏暗杀、易容改装、火器药功、越野泅渡、攀腾纵跃等一切与之目的相关的体能、技能训练。
江户时代由于江户着名名剑术兵法世家柳生家族出任德川幕府的将军家兵法指导，并身兼当时天下忍军的总头目，负责暗中指挥所有忍者的行动，所以近世忍者所习的武术技艺大多都是以柳生新阴流掌握一般的剑术、柔术等武术技艺之外，也经常配备各种短兵器如小太刀、短刀、十手、棒杖、铁甲手钩等和暗器如手里剑、小型弓弩等以作护身之用。另外，忍者为了完成诸如长途奔袭、秘密潜入或潜伏暗杀等特殊任务，还装备有各种独特的相关道具与器械，如渡水过河时以充气皮囊当作简易舟具的水蜘蛛、攀越城池墙垣的长索绳梯以及必要的药物火器等。
忍者通过特殊训练掌握“忍术”成为特战杀手、特战间谍， 贺忍者结合华夏历代武学精华写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者修行方法。古时忍术主要有伊贺、甲贺两大派系，另外还有猿飞、户隐等其它流派，但由于时代与环境的变迁，现代日本已少有忍术流派的传承了。
忍术最初源于日本传统格斗术的一种，后吸收华夏《孙子兵法》等理念，融神道教、佛教中的相关心法与秘技，在长期修行与刻苦磨练中独自发展，最终形成忍术。忍术的理论基础是日本神道中的忍法、日本阴阳道中的巫术、日本武道中的格斗心术，结合由华夏传来日本的孙子兵法而来，之后再加上修练道，以及在山中的伏击技巧发展而成。
忍术的山中伏击技巧、来自住在大和、吉野、鞍马、根来、伊贺的山地战经验。京都则是忍术中使用的法术阴阳道发祥地、因为不远处有比、高野等佛教密宗的本山。忍术的武芸面来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。
在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。在战乱的战国时代，大名们需要大量的刺探敌军情报和对敌人城市开展破坏活动，所以忍术在这一时代出现了飞跃性的发展。
忍术发达的地区有以下几处：武藏、甲斐、越后、信浓、伊贺、甲贺、纪伊等地区，其中伊贺、甲贺的忍术在日本是最为发达的。伊贺与甲贺离京都很近，地势都属于重山险阻围绕的封闭小盆地。虽然贫瘠，但是在战略上的位置却是十分的重要：因为它们靠近日本的中央近畿地带。在战国时代在伊贺与甲贺的弹丸之地上先后崛起了六十多家土豪。地盘虽小，这里的竞争却是是超乎外人想象的激烈。土豪们彼此虚情假意的结盟，暗中互相刺探一旦抓住机会就予以对手无情的打击。这两块充满了残忍、狡诈的血腥山地逐渐演化成忍术发展的大本营。
伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年，甲贺的隐士藤林保武结合华夏和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并参照华夏古籍《文选·左思·吴都赋》中的“百川派别，归海而汇”思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。
《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代着作，由此也可以看出，这些华夏古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于华夏的明证，可以说《万川集海》是日本人学习华夏古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
无刃取魂：位于忍术里最高境界，只有突忍才能习得此全流派忍术称为至尊忍王的头衔。
五车之术：在与对手的谈话中，能够攻击对手心理的话之术。
喜车之术，煽动、蛊惑对手以寻找机会。
怒车之术，激怒对手，让对手失去冷静。
哀车之术，引起对手的同情。
乐车之术，使对手羡慕自己而失去战意，从而将对手拉入自己一方。
恐车之术，利用迷信等手段让对手产生恐惧，从而失去战意。
天唾之术，狮子身中之术。
忍者八门，忍者必修之术，与流派无关。骨法，气合，剑术，棒术，火术，枪术，游艺，教门。
在战国时代，忍术开始有长足的进步，因为这个时代非常需要忍术，武术和兵法。
但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处，忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：武藏，甲斐，越后，信浓等四州。
忍术在日本有多个流派，有人推测比较典型的至少有49个流派，其中甲贺与伊贺知名度最高。在古代，各个流派在各个地域为了不同的主君而奋斗着，当然他们的所做所为从来都是秘密。