云中城观星台，元怜云同时审阅着两份来自不同世界的报告。一份来自现代学术圈，某西方知名学者发表论文，引用“双界”项目积累的部分生态和社会数据，来论证其“技术先进文明必然吸收或淘汰落后文明”的“文明线性进化论”，并隐晦批评“双界”的保守策略是“阻碍进步进程的无谓多愁善感”。另一份来自大楚朝堂，一位“格致院”早期毕业的年轻官员，在深受新学影响后，激情澎湃地上疏，建议朝廷以“云霞宗”所授新知为基础，全面革新科举制度，大力推广“新学”甚至取代“旧儒”，以图快速富国强兵，奏疏在朝中引发轩然大波，保守派激烈抨击，甚至牵连到“云霞宗”。
两份报告，来自不同时空，却指向同一个令元怜云脊背发凉的现实：她和她的事业所传播的“知识”，正在被截然不同地解读和应用。一边被用作“文明征服”的理论依据，另一边则被视为“颠覆传统”的激进武器。输出的知识本身无法控制其引发的思想海啸。
“我们一直在做，在建立规则，在防止污染，在小心干预。” 她放下报告，走到观星台边缘，望着云中城内精心布置、模拟不同生态环境的植物区，那些花草树木在模拟的阳光下静静生长，各有姿态。“但我们从未清晰地告诉世人——也从未系统地告诉自己——我们究竟在追求一种什么样的‘文明间关系’？我们的行动，究竟基于怎样一套根本的哲学？”
目光所及，那片小小的“花园”给了她启示。那个深夜，她留在观星台，文思如泉涌，将长久以来的实践、观察、困惑与理想，凝结成一套系统的理论。她将其命名为“文明花园”假说。
核心比喻是：每个文明，都是一株独特的花卉。花园之美，在于百花齐放，而非一枝独秀。玫瑰不必羡慕兰花的清幽，牡丹也无需模仿梅花的傲骨。文明的多样性本身，就是宇宙最珍贵的遗产。园丁（即像“双界”这样的潜在干预者）的角色，不是强行改变花的品种，而是提供适宜的土壤、修剪病害、防治虫害，帮助它更好地按照自身特性绽放。园丁可以引入新的养分（知识）、改良土壤（技术基础），但绝不能拔苗助长，或用一种花的模板去强行改造另一种花。过度的、不匹配的干预只会导致畸形或死亡。而不同花卉之间，可以相互映衬，传递花粉（有限度的健康交流），共同构成更丰富和谐的景观，但它们始终是独立的个体。
“我们——‘双界’的使命，”她在完成的纲领性文章《文明花园：一种关于跨文明接触与发展的新伦理框架》中写道，“不是做文明的‘设计师’或‘改造者’，而是立志成为‘文明花园的谦卑园丁’。我们的工具是知识、沟通与理解，我们的目标是帮助每个文明更健康、更灿烂地实现其‘本真’的繁荣，同时竭力守护整个文明花园的多样性与内在平衡。”
这篇论文没有先在通俗媒体发表，而是经由顾院士等泰斗推荐，直接送到了全球哲学与社会学的顶级圣殿——《全球思想评论》编辑部。文章以“双界”项目积累的海量数据与案例为坚实基底（隐去核心机密，代以“超仿真社会实验”等术语），系统批判了“线性进化论”的傲慢与偏见，提出了“文明生态位”概念，并完整阐述了“文明花园”理论及其伦理准则。
一石激起千层浪。文章发表后，全球学术界为之震动。支持者盛赞其是“为全球化时代的文明冲突提供了全新的、充满人文关怀的解决思路”，是“21世纪最具原创性的文明理论”。反对者则抨击其“过于理想化”、“忽视权力现实”、“可能为落后保守势力辩护”。但无论褒贬，“文明花园”迅速成为哲学、社会学、人类学、国际关系等领域无法绕开的焦点议题，相关研讨和论文呈爆炸式增长。
元怜云趁热打铁，以此文为核心，结合“双界”项目引发的诸多社会思考案例（如现代观众对简单生活的向往、对社区价值的重新发现），撰写了面向公众的着作《花园与星辰：关于文明、技术与我们的未来》。书籍文笔优美，充满诗意与哲思，一经出版便全球畅销，被翻译成数十种语言。她受邀在全球顶尖学府巡回演讲，身份彻底从成功的企业家、探险家，升华为备受瞩目的“思想家”与“跨文化研究开创者”。她发起成立的“文明花园学会”，汇聚了全球认同此理念的精英，成为“双界”理念在现代社会合法化、学术化延伸的强大阵地。
古代侧，理念的实践则以更微妙、更务实的方式进行。元怜云认为，是时候用“园丁”的方式，帮助大楚这棵古树发出更健康的新枝了。她精心设计了三大试点项目，均以“云霞宗倡议、地方自愿、朝廷默许”的方式低调推进：
“清源”基础卫生系统在某个州府试点，推广简易的污物处理和饮水卫生理念，将卫生改善与“减少疫病、人丁兴旺”的传统诉求结合，成效显着后被朝廷整理推广。
“惠兰”女子识字与技能试点在某县城展开，从“实用”和“家风”切入，教授女子基础识字、改良女红和简单记账，提升其家庭地位与经济能力，虽遭非议但因效果实在且未挑战根本秩序而被默许为“地方善举”。
“百工精进”技术工匠学院在京城及手工业重镇开办，将“格致院”的几何、物理知识与工匠经验结合，提升传统手工业水平，朝廷乐见其成。
在所有项目中，元怜云都严令执行者强调：此非“仙法”，乃“格物之理”与“先民智慧”结合，或“他处成法”。将变革包装为“传统潜能发掘”与“他山之石”，极大减少了阻力。她通过楚天朔和“格致院”网络，确保一切推进“适度、渐进、可控”。
成果是显着的。现代世界，元怜云的新书畅销全球，荣誉加身，“文明花园”理论甚至开始影响联合国相关机构的议题框架。古代世界，百姓受惠于更清洁的环境、更实用的技能，民间开始流传“元真人是百花仙子下凡打理花园”的传说（竟暗合其理论）。士林评价分化但整体提升，皇帝对各项成果深感满意。楚天朔的声望与地位随之达到新的高峰。
然而，元怜云却感到了前所未有的警醒。光环太过耀眼，现代人视她为思想先知，古代人视她为在世神仙。在云中城召开的核心团队会议上，她展示了潮水般的赞誉和神化传说，神色却异常严肃。