“然，中医之蕴，亦非虚妄。肇基《内经》，发皇仲景，历数千年而不坠，赖其有效也。其观天地相应，察形神一体，辨阴阳表里寒热虚实，立君臣佐使以调偏颇。其所重者，乃活体之功能状态，乃个体之差异反应，乃疾病之动态传变。此整体恒动之观念，辨证论治之法则，实蕴藏着应对复杂生命系统之巨大智慧，岂可因暂时未能尽释于微观而轻言废弃？”
宣言的核心部分，尖锐地批判了当时两种极端倾向：
“今有执科学为唯一标尺者，视我数千年经验智慧如敝履，凡不能纳于其现有范式者，皆斥为迷信玄学。此无异于以管窥天，以锥指地，其褊狭亦违背科学求真之初心。反之，亦有泥古不化者，拒新知如寇仇，抱残守缺，以为古方足以应万病。此则无异于井蛙观天，其闭塞亦终将导致学术之枯萎。”
在此基础上，宣言正式提出了“医学大同”的纲领性主张：
“故我等同仁，不揣冒昧，敢倡‘医学大同’之议，吁请全国医界，消弭门户之见，共谋发展之途。其要义有三：”
“一曰，平等相待，相互尊重。中西医乃不同历史背景下形成之知识体系，各有所长，亦各有所短。当摒弃优劣之成见，以平等心态，审视对方之价值。”
“二曰，开放学习，取长补短。西医宜深入了解中医整体调节、辨证论治之奥妙，或可从中获得解决现代医学难题之启示；中医亦当积极主动学习西医之解剖、生理、病理、药理等知识，借他山之石，使自身理论更明晰，诊断更精确，用药更安全。”
“三曰，立足临床，协同创新。理论之辩或无穷期，而疗效之验乃铁律。鼓励中西医于临床实践中真诚合作，针对疑难重症，共同研讨方案，各展其长，互补其短。尤当着力于运用科学方法，研究、验证、阐明中医药之有效性与作用机理，推动其现代化与国际化。”
宣言最后，以充满激情与使命感的笔调呼吁：
“同仁乎！时代巨轮，浩浩荡荡。抱残守缺者必遭淘汰，唯开放包容者方能新生。让我等携手，打破心中之藩篱，跨越学派之沟壑，以病人之福祉为归依，以科学之精神为指引，共同开创一条融贯中西、博采众长之医学新路！为我中华医学之复兴，为寰宇人类之健康，尽我辈应尽之天职！”
在宣言末尾，是林怀仁、方维朴、赵允恭、王仁甫、刘楚材等十余位发起人的联合签名。这份名单本身，就是“大同”精神的象征——它包含了知名的中医、杰出的西医、学院的教授、医院的院长，以及年轻的医学骨干。
《医学大同宣言》的发表，如同一石激起千层浪。赞扬者称之为“空谷足音”、“医界觉醒之先声”，认为它指明了中国医学发展的正确方向。抨击者则斥其为“不伦不类的调和论”、“理想主义的空想”，认为在当时的背景下根本无法实现。但无论如何，它成功地将“中西医能否以及如何结合”这一议题，以最正式、最系统的方式，推到了整个中国社会面前，引发了从上至下、持续多年的深入讨论。
对于林怀仁而言，宣言的发表，是他一生事业的顶峰，也是一个新的起点。他知道，前路依然漫长，理想的“大同”之境远非一纸宣言所能抵达。但他相信，种子已经播下，旗帜已经树起。汇聚在“医学大同”旗帜下的同道，将会越来越多。那冬日里深埋的种子，在经历了漫长的孕育与艰难的抗争后，终于在这一刻，破土而出，向着阳光，展露出了充满生命力的第一片新绿。