七月开始，新官制进入实际推行阶段。首要便是中央各衙署的调整与人员的重新安置。
调整并非一帆风顺。吏部（原为尚书省六部之首）在根据新制厘定、分流官员时，遇到了巨大阻力。许多官员不愿离开原有职位，或对新职位不满，或对与新同僚（尤其是寒门、军转人员）共事心存芥蒂。哭诉的、请托的、暗中抵制的，各种手段层出不穷。
度支司在接管、审计各部及地方钱粮账目时，发现了大量糊涂账、亏空、甚至伪造记录。新任的度支司郎中（一位精于算计、铁面无私的寒门士子）雷厉风行，要求限期清账，否则严惩，引发了不少旧吏的恐慌与怨恨。
都察院初立，黄巢亲自挑选了第一批十三名监察御史。这些人多为年轻气盛、出身较低、对官场积弊深恶痛绝的士子或低级官员。他们被赋予“风闻奏事”之权，如同出柙猛虎，开始将监察的触角伸向各个角落。虽然黄巢严令他们必须依律行事、重证据，但初期仍不免有操切、片面之处，引得朝中不少官员侧目、反感，私下称他们为“天子耳目鹰犬”。
矛盾在七月中旬的一次朝会上爆发。一位原唐朝的礼部侍郎，因不满被调整到新设的“礼仪院”（职权较原礼部大幅缩减），又听闻家乡族侄被都察院御史以“强占民田”为由调查，竟在朝会上借着一件小事，指桑骂槐，抨击新制“紊乱祖制，重用酷吏，寒士幸进，恐非国家之福”。
殿中气氛顿时紧张。许多旧臣虽未出声，但眼神中流露赞同。新晋官员则面露愤慨。
黄巢端坐御座，面沉如水，等那人说完，才缓缓开口：“卿所言‘祖制’，是李唐之制，还是三代之制？若论祖制，周行分封，秦行郡县，孰为祖？制因时变，法随事迁。前唐之制，若能保国安民，何至于有今日？”
他目光如电，扫过那名侍郎：“至于‘酷吏’、‘幸进’……都察院御史按律查案，可有冤屈？若有，卿可举证，朕必严惩诬告者。若查证属实，则强占民田者，该当何罪？新晋官员，若有才无德，朕必罢黜；若有德有才，只因出身寒微便称‘幸进’，是何道理？难道这朝堂，只能由尔等世宦子弟独占不成？”
一连串反问，有理有据，气势逼人。那侍郎面红耳赤，呐呐不能言。
黄巢不再看他，面向群臣：“新制初行，必有不便，亦有龃龉。朕非不容异议。然异议需出于公心，旨在完善，而非抱残守缺，阻挠更化！凡对新制有建言者，可具本上奏，朕必细览。但若阳奉阴违，暗中抵制，甚或借题发挥，攻讦新政，朕之刀，斩得了韦杜，也斩得了其他害群之马！”
最后一句，杀气凛然。殿中温度骤降。那些心怀不满者，皆低头不敢对视。
“官制已立，便当遵行。各部司限期完成调整，妥善安置官吏，厘清职掌。都察院、度支司，依制行事，但须谨慎公正。枢密院整军经武，不可懈怠。望诸卿共体时艰，以大齐社稷、天下苍生为念，和衷共济，推行新政。退朝！”
朝会之后，改革的阻力虽未完全消失，但公开的对抗明显收敛。新设立的各部门，开始磕磕绊绊地运转起来。枢密院迅速整合各地军报文报，梳理出边防要点；度支司的账目清理艰难推进；都察院的御史们则带着皇帝的尚方宝剑，奔赴各地，掀起了一场针对吏治与豪强的稽查风暴……
大齐的官僚机器，正在阵痛与磨合中，缓慢而坚定地，按照一套全新的蓝图，开始重新组装、启动。它还不够流畅，甚至有些零件仍在发出刺耳的摩擦声，但方向已然明确，那就是建立一个更有效率、更具制衡、也更向底层才俊开放的国家管理体系。而这一切，才刚刚开始。