奏疏一出，朝野震动。支持者拍案叫好，认为切中积弊，乃强兵靖边之良策。反对者则忧心忡忡，群起攻之。
反对声浪最激烈的，自然来自那些担心权力受损的方面。一些出身文官系统、兼任或监督军务的官员，担心“军需监”独立和主将权限扩大，会削弱文官对军队的控制，重蹈藩镇割据覆辙。部分与旧有后勤体系利益关联的官吏和商人，更是暗中抵触。一些思想保守的将领，则对“讲武堂”、“新式战法”等不以为然，认为打仗靠的是勇气和经验，而非“纸上谈兵”。
朝会上，争论异常激烈。一位御史言官慷慨陈词：“林枢密所奏，看似有理，实则包藏祸心！兵将固守，易生骄悍；军需独立，恐成国中之国；主将专权，则朝廷何以制之？此非强兵，实乃弱干强枝，自毁长城之始也！况新朝初立，百端待举，正当与民休息，岂可轻启如此大规模改制？恐兵未强而国先乱！”
另一位出身世家、在兵部任职的官员则委婉道：“林枢密忠心体国，然军制乃国之根本，牵一发而动全身。前朝府兵、彍骑、藩镇之变，历历在目。改革之议，当慎之又慎，宜缓图之，可先择一二边镇试点，观其成效，再议推广，方为稳妥。”
面对汹汹反对，林风据理力争，在朝堂上与人激辩至面红耳赤：“迂腐之见！抱残守缺，岂能御强敌于国门之外？沙陀铁骑叩关，难道靠‘缓图之’、‘试点之’就能退敌？非常之时，当有非常之策！若惧变生乱而因循苟且，才是真正的自取灭亡！诸公所虑藩镇之祸，前朝之弊在于中央失权、赏罚不明、制衡无力，而非强兵本身！新朝气象，正该建立一套权责清晰、赏罚分明、高效有力的新军制，使将能尽其才，兵能尽其力，朝廷能收其效，何来割据之忧？”
杜谦作为首辅，深知此事重大。他既理解林风急于强兵御侮的心情，也清楚改革面临的巨大阻力与风险。私下里，他对黄巢道：“陛下，林风所言，确为强军之要。然改制牵涉甚广，触动利益众多，若操之过急，恐生内变。是否……可折中而行？先定大略，分步实施。例如，当前最急者，莫过骑兵与后勤。可先设‘骑兵都尉府’与‘军需监筹备司’，专司骑兵建设与军需整顿，此二者相对独立，阻力或小些。其余如兵将分合、讲武堂等，可从长计议，待北疆战事稍缓，再行推行。”
黄巢仔细倾听了朝堂争论与杜谦的建议。他心中早有改革军制的蓝图，林风的奏疏与他的许多想法不谋而合，甚至更为具体。他知道，一支现代化的、高效的军队，不仅仅是装备和训练，更是组织与制度的产物。晚唐乃至五代乱局的军事教训，很大程度上就是军事组织失败的教训。
“杜相所言老成谋国，分步实施，确有必要。” 黄巢最终定调，“然军制改革，方向必须明确，决心不可动摇。当前北疆战事，正暴露了我军旧制之弊，亦提供了改革之紧迫理由与试验场。”
他做出决策：第一，原则上批准林风所奏改革方向，诏令枢密院、兵部、户部、工部，即刻着手制定详细的《新军制改革纲要》及各项子方案。第二，当前优先设立“骑兵都尉府”与“军需监筹备司”，分别由林风直接辖制与户部、工部协同，立即开始运作，招募人才，制定章程，采购马匹，整顿军需流程。所需钱粮，在保障前线的基础上优先拨付。第三，在赵石所部及河东前线部队中，试行新的军功评定与后勤保障简化流程，积累经验。第四，于长安先行筹办“讲武堂”，首批学员可从现有年轻将领、立功士卒及科学院相关“待诏”中遴选，课程暂设兵法、舆图、骑兵战术、军械常识等。第五，改革过程需加强监察，由都察院派员全程监督，严防贪渎与新弊滋生。
“告诉林风，也告诉朝中诸臣，” 黄巢肃然道，“军制改革，非为夺权，乃为强国；非为生乱，乃为止乱。沙陀之患在眼前，若我朝军制依旧弊病丛生，何以御敌？何以安民？何以开万世太平？此事关乎国运，望诸卿抛却门户私见，以大局为重。有敢阳奉阴违、暗中阻挠改革者，无论身份，严惩不贷！”
皇帝的决心与清晰的步骤，暂时压制了朝堂上的公开反对声浪。“骑兵都尉府”与“军需监筹备司”的牌子，很快在皇城一角挂了起来，开始紧张地运转。长安“讲武堂”的选址与师资招募也在密锣紧鼓地进行。消息传到前线，赵石等人精神为之一振，虽然具体改革措施尚需时日方能惠及战场，但朝廷锐意革新的态度，无疑给苦战中的将士注入了一剂强心针。
而在沙陀大营，李克用很快通过内线察觉到了长安风向的微妙变化。当他得知大齐开始专门设立机构整顿骑兵与后勤时，那只独眼中首次闪过一丝不易察觉的凝重。
“黄巢……倒不是个只知道硬碰硬的莽夫。” 他摩挲着弯刀的刀柄，喃喃道，“知道补自己的短处了。不过，练骑兵，整顿后勤，谈何容易？没有十年八年，难见大效。到时候，这河东是谁的天下，还说不定呢！”
话虽如此，但他心中那根弦，却不由自主地绷紧了些许。对手开始从失败中学习，并试图做出改变，这从来不是一个好消息。北疆的战局，似乎正在从单纯的军事较量，悄然滑向一场关乎两国制度韧性、改革效率与时间赛跑的更深层次竞争。军制再改的帷幕已然拉开，其成效虽远水难解近渴，却已为这场战争乃至大齐的未来，投下了一道意味深长的变数之光。