斋田莉子还活着，并且似乎拥有“特殊能力”的消息，如同投入平静湖面的巨石，在TLT高层，尤其是某些隐藏在幕后的政府有着千丝万缕联系的“大人物”们心中，激起了难以估量的波澜。
夜袭队的作战记录、能量探测数据、现场分析报告……所有线索都指向一个惊人的事实：那个被确认死亡、却又神秘归来的女孩斋田莉子，与不久前出现的、疑似与黑暗巨人相关的黑红色女性巨人，存在着无法辩驳的联系。再加上孤门一辉的证词（虽然语焉不详，但提到了莉子的异常）和莉子本人的失忆状态，一个大胆而危险的猜想，在那些习惯了以掌控和利益衡量一切的大人物脑中形成。
“黑暗巨人的人间体……不，是比黑暗浮士德更‘完整’的、拥有自我意识、甚至可能与人类情感产生羁绊的黑暗生命体！” 某间防卫省深处的绝密会议室里，一个头发花白、眼神锐利如鹰的老者，指着屏幕上莉子的照片和分析数据，声音因激动而微微颤抖，“这意味着什么？意味着我们可能掌握了通往巨人力量的钥匙！不是像石之翼那样虚无缥缈、无法控制的传说，而是活生生的、可以研究的样本！”
“如果能够控制她，研究她，解析她体内那股强大力量的奥秘……” 另一个西装革履、面色阴鸷的中年男人接口，眼中闪烁着毫不掩饰的贪婪，“我们就能掌握巨人的力量！批量制造听从我们命令的巨人战士！到时候，什么异生兽，什么黑暗威胁，都将不再是问题！我们甚至能……”
他没有说下去，但在场所有人都心领神会，呼吸都不由自主地急促起来。征服世界？重塑国际秩序？恢复昔日荣光？这些曾经只在狂人梦中出现的场景，似乎因为一个女孩的出现，而变得触手可及。
当然，也有人保持着最后的理智。“松永管理官，此事风险极大。且不说那女孩本身可能具备的危险性，她背后的黑暗势力，以及那位银色的巨人奈克瑟斯，会作何反应？还有国际社会的关注……” 一名较为年轻的官员试图提出异议。
“风险？” 被称为松永管理官的老者，正是TLT日本支部的实权人物之一，松永要一郎。他冷哼一声，目光扫过在场众人，“掌控力量，哪有不冒风险的？至于奈克瑟斯……他不过是个来历不明的外星生命体，保护人类或许只是他一厢情愿。我们人类，必须将命运掌握在自己手中！国际社会？等我们掌握了巨人之力，他们只有俯首称臣的份！”
“可是……” 年轻官员还想说什么。
“没有可是！” 松永要一郎挥手打断，语气斩钉截铁，“为了国家的未来，为了人类的存续，必要的牺牲和手段，是可以接受的。立刻拟定新的作战计划，目标：控制目标个体斋田莉子，获取其力量奥秘。首要行动：以预防其失控危害公共安全为由，联合警方与TLT外勤部队，对其进行‘保护性’控制。记住，要活捉，尽可能保持其身体和意识的完整，这对后续研究至关重要！”
“那她的男友，夜袭队的孤门一辉队员……” 有人问道。
“他是重要的突破口和潜在的控制筹码。” 松永要一郎眼中寒光一闪，“以配合调查、涉嫌泄露机密、以及与高危个体存在不当关联为由，立即控制起来。必要的话，可以让他‘劝说’他的女友配合我们的工作。”
命令，以最高优先级下达。国家机器，为了某些人膨胀的野心，开始无情地运转。
夜袭队基地，指挥室的气氛凝重得几乎要滴出水来。
“和仓队长，这是上级的直接命令。” 通讯屏幕中，松永要一郎的面容冰冷而威严，“目标斋田莉子已被确认为极高风险的不稳定个体，疑似与黑暗巨人力量有关。为防止其失控造成大规模破坏，必须立即将其控制。孤门一辉队员因与目标关系密切，且涉嫌违反保密条例，需接受隔离审查。夜袭队，执行命令！”
和仓英辅队长紧握着拳头，指节发白。他看着命令书上那冰冷的字句，以及屏幕上松永要一郎不容置疑的眼神，心中充满了愤怒与无力。他当然知道所谓的“控制”和“审查”意味着什么。莉子可能会被送进实验室，像小白鼠一样被研究、解剖；而孤门，这个善良而正直的队员，可能会因为莫须有的罪名遭受不公的待遇，甚至更糟。
“队长……” 诗织、石堀、平木，甚至一向冷静的西条凪副队长，都看向和仓，眼中充满了不认同与担忧。他们与孤门并肩作战，了解他的为人；他们也亲眼见过莉子（虽然是在她失忆后），那只是一个迷茫而脆弱的女孩。
“执行……命令。” 和仓英辅几乎是从牙缝里挤出这几个字。作为军人，他无法公然违抗上级命令，尤其是在这种涉及“国家最高安全”的议题上。但他心中，已经做出了另一个决定。
行动在夜幕掩护下展开。TLT的外勤特工联合警方，以演练和排查为名，封锁了孤门一辉和斋田莉子临时居住的公寓区域。当全副武装的特工破门而入时，看到的只是相拥在一起、脸上写满惊惧与不解的孤门和莉子。
“孤门一辉，你因涉嫌危害国家安全、泄露机密，现依法将你逮捕！斋田莉子，你被确认为高危不稳定个体，需立即接受管控！” 冰冷的枪口和逮捕令，粉碎了两人短暂的平静。
“不！你们搞错了！莉子她只是受害者！她什么都不知道！” 孤门一辉将莉子护在身后，愤怒地嘶吼。
“孤门君……” 莉子紧紧抓着孤门的衣袖，身体微微颤抖，她能感觉到这些陌生人身上散发出的恶意，以及体内那股陌生的黑暗力量不安的躁动。她不想伤害任何人，但她更害怕失去孤门。
就在冲突一触即发之际，和仓英辅带着夜袭队成员赶到。“住手！” 和仓喝止了准备强行抓捕的特工，走到孤门和莉子面前，看着两人绝望而倔强的眼神，心中最后一丝犹豫也消失了。
他压低声音，用只有他们三人能听到的音量快速说道：“孤门，莉子，听我说。现在的情况对你们极度不利。反抗只会让事情更糟。相信我，先跟他们走。我会想办法。”
“队长……” 孤门看着和仓眼中罕见的恳求与决绝，又看了看周围虎视眈眈的特工和枪口，最终，为了保护莉子，他颓然地松开了紧握的拳头。
莉子见孤门不再反抗，也放弃了调动体内那股令她害怕的力量的念头，只是紧紧依偎着他，仿佛他是她在这冰冷世界中唯一的依靠。
孤门被粗暴地带走，押上特制的车辆。莉子则被要求“配合调查”，实际上是被严密监控起来。然而，就在押送孤门的车辆驶向某个秘密设施的途中，松永要一郎的最新指令，通过加密频道传达给了行动负责人。
“目标个体（斋田莉子）情绪不稳定，其与孤门一辉的羁绊是潜在威胁。为彻底掌控目标，避免其因孤门一辉而失控，现命令：对孤门一辉，执行‘记忆清除’程序。消除这个不稳定因素。”
命令冰冷而残酷。他们要的，是一个可以完全控制的“兵器”或“样本”，而不是一个有着人类情感弱点的女孩。孤门一辉的存在，是莉子人性的一面，是可能引爆她的导火索，必须剪除。