桂林的独秀峰下，几个遗民正在秘密聚会。他们都是在清军屠城时侥幸生还的，如今隐姓埋名，暗中联络抗清力量。
张别山殉国前，可留下什么话？有人问。
幸存的老兵答道：张大人说，身可死，魂不灭。
众人默然。突然门外传来马蹄声，清军的搜捕队到了。
快走！主持聚会的秀才推开后窗，我拖住他们！
秀才整理衣冠，从容走向前门。面对清军将领，他朗声道：在下大明生员，不敢有辱先朝衣冠。
刀光闪过，秀才倒地。但他的嘴角，却带着一丝笑意。
类似的情景，在江南各地不断上演。苏州有书生拒剃发投河，徽州有商人散尽家财资助义军，甚至连五台山的和尚都在暗中为抗清力量传递消息。
这年冬天特别冷，但地火在冰封的土地下运行。
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缅甸的丛林中，永历帝瑟缩在竹楼里。这个曾经的天子，如今连温饱都成问题。
皇上，晋王...晋王战死了。大臣哽咽禀报。
永历帝手中的佛珠突然断裂，珠子滚落一地。他想起李定国最后一次见驾时说的话：臣在，大明在。
如今臣不在了，大明何在？
突然林外杀声震天，吴三桂的追兵到了。永历帝整了整破旧的龙袍，对太子慈烺说：记住，你姓朱。
当清军冲进竹楼时，看见的是一個端坐的身影。永历帝的目光穿过他们，望向遥远的北方，那里有他再也回不去的紫禁城。
消息传到台湾，郑成功病倒了。他在病榻上反复念叨：皇上...臣无能...
而在云南，李定国的部下依然在坚持战斗。他们转战深山，用鲜血在崖壁上刻下：大明山河，永存天地！
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长江入海口，张煌言做了个奇怪的梦。他梦见自己变成了一只精卫鸟，日夜衔石填海。醒来时，他对周鹤芝说：我若战死，就把我葬在海边。我要看着后人收复中原。
这个愿望最终没有实现。在一次海战中，张煌言被俘。押解途中，他看见岸上有百姓跪拜。
他们在拜什么？清将问。
张煌言微笑：在拜不灭的忠魂。
就义那日，钱塘江大潮汹涌。张煌言面朝大海，朗声长笑：张煌言去矣！大明魂在！
刀落时，潮声如雷，仿佛万千忠魂在回应。
而在台湾，郑成功强撑病体，登上澎湖炮台。他指着对岸说：那里，终将再飘大明的旗帜。
说完这句话，他轰然倒下。赤嵌城的钟声为他鸣响，一声声，传向远方。
此时北京城中，顺治皇帝正在阅读《正气歌》。他问洪承畴：这些南明余孽，为何宁死不降？
洪承畴沉默良久，答：因为他们相信，忠魂不灭。
顺治望向南方，忽然觉得，这片土地远比他想象的更难征服。
是的，忠魂不灭。在江南的水乡，在西南的深山，在东海的风浪中，在每一个不忘故国的心里。大明虽亡，但它的魂，永远活在这片土地的血脉里。
夜色深沉，但总有星光。