咸通二年，公元861年春季正月，朝廷下诏征调邕管以及相邻道的兵力援救安南，进击南蛮。
二月，任命中书令白敏中兼任中书令，充任凤翔节度使；任命左仆射、主管度支事务的杜悰兼任门下侍郎、同平章事。
一天，两位枢密使前往中书省，宣徽使杨公庆随后赶到，只向杜悰拱手行礼并宣布诏令，另外三位宰相起身，退避到西边的长廊。杨公庆拿出用斜封缄的文书交给杜悰，杜悰打开文书，原来是宣宗病危时宦官请求郓王代理国政的奏章，杨公庆还说：“当时在这道奏章上没有署名的宰相，应当按谋反罪论处。”杜悰反复研读了很久，说：“圣明的君主登基，天下万众心悦诚服。今天这份文书，不是臣下应当窥看的。”于是将文书重新封好交还给杨公庆，又说：“皇上如果要惩处宰相，应当在延英殿当面宣读圣旨，公开进行诛杀或贬谪。”杨公庆离去后，杜悰又与两位枢密使坐下交谈，说：“朝廷内外的臣子，职责如同一体，宰相与枢密使共同参与国家政务。如今皇上刚刚即位，还不熟悉纷繁的政务，需要依靠朝廷内外的臣子辅佐补救，治国本来就应当把仁爱放在首位，刑罚杀戮放在后面，怎么能仓促赞成诛杀宰相的事情呢！如果皇上养成动辄诛杀的习性，那么神策军中尉、枢密使在宫廷中权势过重，难道你们就不担心自身的安危吗！我蒙受六朝君主的恩德，所期望的是辅佐君主成为尧、舜那样的圣君，不希望朝廷根据个人的爱憎滥施刑罚。”两位枢密使对视无言，过了一会儿才缓缓说：“我们会把您的话全部禀报皇上，若不是您有高尚的德行，没人能说出这样的话。”说完便带着惭愧和惶恐退去。三位宰相又来拜见杜悰，含蓄地询问诏令的意思，杜悰一言不发，三位宰相十分惶恐，请求保全家族性命，杜悰说：“不必担忧其他事情。”之后便杳无音信，再也没有传来诏令。等到延英殿再次开殿议政时，皇上的脸色十分愉悦。当时士大夫们深恶痛绝宦官，只要有小事与宦官有所牵连，就会被众人唾弃。建州进士叶京曾参加宣武军的宴会，认识了监军的面容；后来他考中进士，在长安与同榜进士外出游玩时，在路上遇到这位监军，就在马上互相拱手行礼。这件事引发了众人的毁谤非议，叶京最终被埋没废弃，终身不得任用，士大夫与宦官之间的隔阂竟到了这般地步。
夏季六月癸丑日，朝廷任命盐州防御使王宽为安南经略使。当时李鄠从武州召集当地军队，攻打各蛮族部落，收复了安南。朝廷责备他失守安南的罪责，将他贬为儋州司户。李鄠刚到安南时，杀死了蛮族酋长杜守澄，杜守澄的同族党羽于是引诱并带领各蛮族攻陷了交趾。朝廷因为杜氏家族势力强盛，一心想要姑息安抚，希望能利用他们的力量，于是追赠杜守澄的父亲杜存诚为金吾将军，又一次追究李鄠杀死杜守澄的罪责，将他长期流放至崖州。
秋季七月，南蛮攻打邕州，城池被攻陷。此前，广州、桂州、容州三道总共调派三千士兵戍守邕州，每三年轮换一次。经略使段文楚请求用三道供给戍卒的衣服和粮食，自行招募当地军队来替代戍卒，朝廷批准了他的请求，结果只招募到五百多人。段文楚入朝担任金吾将军后，经略使李蒙贪图空缺名额的衣粮补贴，将这笔钱据为己有，于是将三道戍卒全部遣散，只靠招募来的士兵守卫左江、右江，兵力比原先减少了十分之七八，因此南蛮趁机趁虚入侵。当时李蒙已经去世，新任经略使李弘源到任才十天，没有兵力抵御南蛮，邕州城被攻陷，李弘源与监军逃脱，逃往蛮州。二十多天后，南蛮撤军，李弘源才得以返回。李弘源因罪被贬为建州司户。段文楚当时担任殿中监，朝廷再次任命他为邕管经略使。段文楚抵达邕州后，发现城中的城邑民居十不存一。段文楚是段秀实的孙子。
杜悰向朝廷进言：“南诏归顺朝廷已有七十年，蜀中地区因此长期没有战事，各蛮族部落相继臣服。如今西川的兵力和粮草都匮乏单薄，不宜轻易与南诏断绝关系。应当先派遣使者前往吊唁祭奠，向清平官等人晓谕，新任南诏王的名字触犯了先帝的庙讳，因此暂时没有举行册封典礼，等他改名并上表谢恩后，再派遣使者正式册封，这样或许能顾全大局。”皇上采纳了他的建议，任命左司郎中孟穆为吊祭使。使者还未出发，恰逢南诏入侵巂州，攻打邛崃关，孟穆于是停止出行。
冬季十月，朝廷任命御史大夫郑涯为山南东道节度使。十一月，加授他同平章事的职衔。
咸通三年，公元862年春季正月庚寅朔日，文武百官为皇上奉上尊号，称睿文明圣孝德皇帝，大赦天下。
朝廷任命中书侍郎、同平章事蒋伸为同平章事，充任河中节度使。
二月，棣王李惴去世。
南诏再次入侵安南，经略使王宽多次向朝廷告急。朝廷任命前湖南观察使蔡袭接替王宽的职位，同时征调许州、滑州、徐州、汴州、荆州、襄州、潭州、鄂州等道的士兵，各三千人，交由蔡袭统领，抵御南诏。兵力强盛之后，南蛮于是撤军离去。邕管经略使段文楚因擅自变更原有制度获罪，被贬为威卫将军、分司东都。
左庶子蔡京，生性贪婪暴虐、狡诈多端，当时的宰相认为他有治理政务的才能，上奏朝廷派他前往岭南处理事务。三月，蔡京返回京城，奏报事务符合皇上的心意，朝廷又任命他暂代太仆卿一职，充任荆襄以南宣慰安抚使。
夏季四月己亥朔日，皇上下令在长安两街的四座寺院各自设置戒坛，准许剃度僧尼，为期二十一天。皇上过度崇信佛教，懈怠于处理政务，曾经在咸泰殿筑造戒坛，为宫中女尼受戒，两街的僧人和尼姑都获准参与；又在皇宫中设置讲经的席位，亲自吟唱佛经，亲手抄录梵文经卷；还多次亲临各个寺院，赏赐财物毫无节制。吏部侍郎萧放上奏疏劝谏，认为：“玄元皇帝老子的治国之道，以慈爱节俭为首要；孔圣人的教化风范，以仁义为核心，他们的教诲为百代立下典范，是不可超越的。佛祖舍弃王位出家修行，割舍了人世间最难割舍的亲情，追求超脱生死的殊胜境界，这不是帝王应当羡慕的。希望陛下时常临幸延英殿，接见辅佐朝政的宰相大臣，尽力体察百姓的疾苦，虔诚地敬奉宗庙社稷。要想到不当的奖赏和滥用的刑罚，必定会招致灾祸；懂得制止残暴、免除杀戮，才能获得更多的福佑。请陛下停止讲经的筵席，亲自勤勉地处理政务。”皇上虽然对他的建议表示赞赏，最终却没有采纳。
岭南地区过去分为五个都督府，即广州、桂州、邕州、容州、安南，都隶属于岭南节度使管辖。蔡京上奏请求将岭南划分为两个节度辖区，朝廷批准了他的请求。五月，皇上下令以广州为岭南东道，邕州为岭南西道，又将桂管的龚州、象州，容管的藤州、岩州划归邕管管辖。不久，朝廷任命岭南节度使韦宙为岭南东道节度使，任命蔡京为岭南西道节度使。
蔡袭率领各道士兵驻守安南，蔡京嫉妒他，担心他立下战功，于是上奏说：“南蛮已经远远逃遁，边境地区没有忧患。武将贪图功劳，胡乱占据戍兵名额，白白耗费粮草运输的费用。大概是因为边境地区荒凉偏远，路途遥远，朝廷难以核查验证，所以他们才得以肆意施展奸诈伎俩。请朝廷撤销戍兵，让他们各自返回所属道。”朝廷采纳了他的建议。蔡袭多次上奏，称各蛮族部落窥伺边境已久，不能没有防备，恳请留下五千名戍兵，朝廷没有听从。蔡袭预料南蛮必定会前来入侵，而交趾的兵力和粮草都已匮乏，智谋和力量都已穷尽，于是写下十道必死的情形，上报中书省。当时的宰相相信蔡京的话，始终没有理会蔡袭的奏报。
秋季七月，徐州发生军乱，士兵驱逐了节度使温璋。当初，王智兴占据徐州后，招募了两千名勇猛强悍的士兵，号称银刀、雕旗、门枪、挟马等七支军队，他常常带领三百多名士兵自卫，这些士兵手持利刃，坐在官署两侧长廊的帷帐之下，每月轮换一次。此后担任节度使的大多是文臣，士兵们逐渐变得骄横跋扈，稍有不满，只要一人大声呼喊，众人就会群起响应，节度使往往只能从后门逃走。前任节度使田牟甚至与士兵们杂坐在一起饮酒，与他们挽着手臂、拍着脊背，有时还为他们拿着拍板唱歌。犒劳赏赐的费用，每天多达上万缗，无论风雨寒暑，还要额外加以慰问，即便如此，士兵们还是时常喧哗闹事，不断提出无理要求。田牟去世后，温璋接替他的职位，骄兵们素来听说温璋性情严厉，内心十分忌惮。温璋敞开心扉安抚他们，但骄兵们始终心怀猜忌，赏赐的酒食都不肯入口。一天，士兵们终于聚众鼓噪，将温璋驱逐。朝廷知道温璋并无过错，乙亥日，任命温璋为邠宁节度使，任命浙东观察使王式为武宁节度使。
朝廷任命前西川节度使、同平章事夏侯孜为左仆射、同平章事。
此前跟随王式讨伐裘甫的忠武、义成两军士兵，此时仍在浙东，朝廷下诏命令王式率领他们赶赴徐州。骄兵们听到这个消息，十分恐惧。八月，王式抵达大彭馆，骄兵们才出来迎接拜见。王式到任处理政务三天后，犒劳两镇的将士，随后派遣他们返回原驻地。将士们穿上铠甲、手持兵器之后，王式下令将骄兵们包围起来，全部斩杀，银刀都将邵泽等数千人全部被杀。甲子日，皇上下敕令，称徐州先前隶属于淄青道，自从李洧归顺朝廷后，才设置徐海节度使的官衔。到张建封担任节度使时，凭借威名受到朝廷的恩宠信任，朝廷特地将濠州、泗州划归他管辖。当时设置武宁军，本来是为了控制扼守淄青、光蔡等藩镇。自从叛乱的隐患消除后，武宁道反而成为祸乱的根源。如今将武宁节度使改为徐州团练使，隶属于兖海节度使管辖；将濠州重新划归淮南道，另外在宿州设置宿泗都团练观察使。留下两千名将士守卫徐州，其余士兵分别划归兖州、宿州管辖。同时任命王式为武宁节度使，兼任徐、泗、濠、宿制置使。朝廷委托王式与监军杨玄质将将士分配到各道完毕后，再率领忠武、义成两道的士兵前往汴州、滑州，让他们各自返回原驻地，王式本人则前往京城。对于银刀等军逃亡隐匿的将士，准许他们在一个月内自首，一律不予追究。
岭南西道节度使蔡京处理政务苛刻严酷，还设置了炮烙的酷刑，整个辖区的百姓都对他心怀怨恨，最终他被邕州的士兵驱逐，逃往藤州。蔡京伪造皇帝的敕书以及攻讨使的官印，招募乡勇壮丁以及附近的当地军队，企图重新攻入邕州。这些士兵本是乌合之众，一交战就溃败逃散，蔡京于是前往桂州投奔，桂州百姓怨恨他分裂岭南的行径，不肯接纳他。蔡京走投无路。朝廷下敕将他贬为崖州司户，他却不肯前往赴任，在返回途中，行至零陵时，朝廷下敕命他自尽。朝廷任命桂管观察使郑愚为岭南西道节度使。
冬季十月丙申朔日，皇上册封皇子李佾为魏王，李侹为凉王，李佶为蜀王。
十一月，皇上册封顺宗的儿子李缉为蕲王，宪宗的儿子李愤为荣王。
南诏率领五万蛮族士兵入侵安南，安南都护蔡袭向朝廷告急。朝廷下诏征调荆南、湖南两道的士兵两千人，桂管的自愿从军子弟三千人，前往邕州接受郑愚的指挥调度。
岭南东道节度使韦宙上奏说：“蛮寇必定会进攻邕州，如果不先派兵保护邕州，仓促远征安南，恐怕蛮寇会在后方趁虚截断粮草运输通道。”朝廷于是下令蔡袭率军驻守海门，郑愚分派兵力防备抵御南蛮。十二月，蔡袭再次请求增兵，朝廷下诏命令山南东道调派一千名弩手赶赴安南。此时南诏已经包围了交趾，蔡袭环城固守，援兵却始终无法抵达。
这一年，嗢末开始向唐朝进贡。嗢末，是吐蕃对奴隶的称呼。吐蕃每次调发军队，富贵人家都会让奴隶随军出征，往往一家多达十几人，因此吐蕃的军队数量众多。等到论恐热发动叛乱后，很多奴隶失去了主人，于是他们相互聚集，组成部落，分散在甘州、肃州、瓜州、沙州、河州、渭州、岷州、廓州、叠州、宕州等地。一些势力衰弱的吐蕃人，反而归附了他们。
咸通四年，公元863年春季，正月庚午日，皇上前往圆丘祭祀昊天上帝，大赦天下。
就在这一天，南诏攻陷了交趾。蔡袭身边的侍从全部战死，他徒步与敌军奋力拼杀，身上被射中十箭，他想要奔向监军的船，船却已经离岸，蔡袭最终溺水而亡。他的幕僚樊绰带着他的官印渡江逃生。荆南、江西、鄂岳、襄州的四百多名将士，逃到交趾城东的水边，荆南虞候元惟德对众人说：“我们没有船，跳入水中只有死路一条，不如返回城中与蛮寇决一死战，就算一人换两个蛮寇的性命，也算是有利的。”于是众人返回城中，攻入东罗门。蛮寇没有防备，元惟德等人率军斩杀了两千多名蛮寇。到了夜晚，蛮将杨思缙才从内城出兵救援，元惟德等人全部战死。南诏两次攻陷交趾，前后杀死和俘虏的军民多达十五万人。南诏留下两万士兵，让杨思缙镇守交趾城，周边远近的溪洞夷獠部落都向他们投降。朝廷下诏将前往安南救援的各道士兵全部召回，分别驻守岭南东、西两道。
皇上游玩宴饮毫无节制，左拾遗刘蜕上奏疏劝谏说：“如今西凉地区修筑城池，是否批准还没有决定；南蛮侵扰边境，兵器粮草都在运输途中。近一个月以来，国家并非平安无事。陛下如果不向天下显露忧虑关切之情，又怎能要求将士们拼死效力呢！希望陛下节制游乐宴饮，等待远方的百姓安居乐业后，再行享乐也不迟。”皇上没有听从他的劝谏。
二月甲午朔日，皇上依次拜谒了唐朝的十六座先帝陵墓。
朝廷在秦州设置天雄军，将成州、河州、渭州划归其管辖。任命前左金吾将军王晏实为天雄军观察使。
三月，归义节度使张义潮上奏，称自己亲自率领蕃、汉士兵七千人，收复了凉州。
南蛮入侵左江、右江地区，逐渐逼近邕州。郑愚心生畏惧，自称是文臣，没有领兵打仗的谋略，请求朝廷改任武将。朝廷征召义武节度使康承训入朝，打算让他接替郑愚的职位，同时下诏让他挑选几名军校、几百名士兵随行。
中书侍郎、同平章事毕諴因为同僚大多徇私枉法，称病请求辞去相位。夏季四月，朝廷罢免他的宰相职务，任命他为兵部尚书。
庚戌日，一群盗贼攻入徐州，杀死官吏。徐州刺史曹庆出兵讨伐，平定了盗贼。
康承训抵达京城，朝廷任命他为岭南西道节度使，征调荆州、襄州、洪州、鄂州四道的士兵一万人，跟随他一同前往岭南。
五月戊辰日，朝廷任命翰林学士承旨、兵部侍郎杨收为同平章事。杨收是杨发的弟弟，他与左军中尉杨玄价攀认同宗，相互勾结，因此得以担任宰相。
乙亥日，朝廷撤销容管都督府，将其划归岭南西道管辖，以便供给军需粮草；又将龚州、象州重新划归桂管管辖。戊子日，朝廷任命门下侍郎、同平章事杜审权为同平章事，充任镇海节度使。
六月，朝廷撤销安南都护府，在海门镇设置行交州；任命右监门将军宋戎为行交州刺史，任命康承训兼任安南及诸军行营节度使。
闰六月，朝廷任命门下侍郎、同平章事杜悰为同平章事，充任凤翔节度使；任命兵部侍郎、主管度支事务的河南人曹确为同平章事。
秋季七月辛卯朔日，出现日食。
朝廷在行交州重新设置安南都护府，任命宋戎为经略使；征调山东地区的士兵一万人前往镇守。当时各道前往安南救援的士兵都屯驻在岭南，江西、湖南负责运送粮草的人员，都需要逆着湘江而上，进入澪渠、漓水，耗费大量人力物力，运输十分艰难，各路军队都缺乏粮草。润州人陈磻石上奏朝廷，请求建造能装载一千斛粮食的大船，从福建运粮渡海，不到一个月就能抵达广州。朝廷采纳了他的建议，军队的粮草因此得以充足供应。然而有关部门以官府雇船为名，强行征用商人的船只，将船上的货物丢弃在岸边。船只入海后，有的遭遇风浪沉没，有关部门就将押运官员和船夫逮捕入狱，逼迫他们赔偿粮食，百姓为此深受其苦。
八月，岭南东道节度使韦宙上奏，称蛮寇必定会进攻邕州，请求分兵驻守容州、藤州。
皇上下令任命阁门使吴德应等人担任馆驿使。御史台和谏官们上奏说：“按照旧例，馆驿事务应由御史巡查，不应该突然改由宦官替代。”皇上告知他们敕令已经下发，不能再更改。左拾遗刘蜕上奏说：“从前楚庄王将陈国改为楚国的县，听了申叔时的一句话就恢复了陈国的建制；唐太宗征调士兵修筑乾元殿，听到张玄素的劝谏后，当天就下令停工。自古以来圣明的君主，崇尚的是从谏如流，哪有诏令已经下发就不能更改的道理！况且敕令是陛下颁布的，也由陛下自行更改，有什么不可以的呢！”皇上没有听从。
黠戛斯派遣大臣合伊难支上表朝廷，请求赐给儒家经籍，并且希望朝廷每年派遣使者递送新的历法；又表示想要讨伐回鹘，让安西一带的土地全部归还给唐朝。朝廷没有准许。
冬季十月甲戌日，朝廷任命长安尉、集贤校理令狐滈为左拾遗。乙亥日，左拾遗刘蜕上奏说：“令狐滈无视教导子弟的礼法，身为平民却行使公卿宰相的权力。”起居郎张云上奏说：“令狐滈的父亲令狐綯当年任用李涿担任安南都护，导致南蛮作乱至今，这都是因为令狐滈收受贿赂，使他的父亲陷入作恶的境地。”十一月丁酉日，张云再次上奏说：“令狐滈在他父亲令狐綯担任宰相期间，被人们称为‘白衣宰相’。”令狐滈也上表请求回避，朝廷于是将他改任为詹事府司直。
辛巳日，朝廷撤销宿泗观察使，重新将徐州设置为观察府，将濠州、泗州划归其管辖。
十二月，南诏入侵西川地区。
昭义节度使沈询的家奴归秦，与沈询的侍女私通，沈询想要杀死他，却没有成功。乙酉日，归秦勾结牙将发动叛乱，攻打节度使府第，杀死了沈询。
咸通五年，公元864年春季正月，朝廷任命京兆尹李蠙为昭义节度使，李蠙挖出归秦的心和肝，用以祭奠沈询。
淮南节度使令狐綯为他的儿子令狐滈申诉冤屈。朝廷将张云贬为兴元少尹，将刘蜕贬为华阴县令，颁布的赦书上说：“虽然嘉奖他们正直敢言的忠心，但终究难逃言行轻率的责罚。”
丙午日，西川的奏报传来，南诏入侵巂州，刺史喻士珍率军击败敌军，俘获一千多人。朝廷下诏征调右神策军五千名士兵以及各道兵力前往戍守巂州。忠武军大将颜庆复请求修筑新安、遏戎两座城池，朝廷批准了他的请求。
朝廷任命容管经略使张茵兼管交州事务，增补海门镇的兵力，使其达到两万五千人，命令张茵率军收复安南。
二月己巳日，朝廷任命刑部尚书、盐铁转运使李福为同平章事，充任西川节度使。
甲申日，前西川节度使萧邺被贬为山南西道观察使。
三月丁酉日，有彗星出现在娄宿附近，长三尺。己亥日，司天监上奏说：“根据《星经》记载，这颗星名叫含誉，是象征吉祥的瑞星。”皇上听后大喜，下令将此事宣告朝廷内外，并载入史册，群臣依从诏令执行。