秦王教令既下，筹建“崇文馆”与四州州学之事，便由尚书左仆射崔胤总领，杜让能协理，紧锣密鼓地铺展开来。然而，事情甫一开始，便遇到了预料之中的阻力，这阻力首先便体现在长安“崇文馆”的馆址选择上。
按照崔胤与杜让能最初的规划，为示隆重，并便于管理，拟选址于皇城东南隅，原国子监附近一处官地。此地临近宫署，环境清幽，本是上佳之选。然而，消息传出，朝中一些出身世家或与旧族关系密切的官员，便以“临近宫禁，恐生徒喧哗，有失体统”、“国子监乃国家养士重地，新学混杂，恐非所宜”等理由，或明或暗地表示反对。更有甚者，私下串联，意图推动将馆址定在更偏远、条件更差的地点。
崔胤将争议呈报至承运殿。李铁崖听罢，冷笑一声：“体统？孤要的是为国育才，不是养一群清谈客！靠近宫禁怎么了？让未来的栋梁早早感受朝廷气象，有何不可？国子监？”他语气转厉，“国子监若能广育英才，不拘门第，孤又何必另起炉灶？此事不必再议！”
他直接召来将作大匠，亲自圈定馆址——不仅仍在皇城东南，而且面积比原议更大，将旁边一片前朝废弃的宗正寺别院也划了进去。“此地甚好，屋舍虽旧，根基犹在，修缮扩建即可。着将作监即刻动工，按照崇文馆所需，设计讲堂、斋舍、藏书楼、射圃、膳堂，务求宽敞实用。工期，限三月之内，完成主体。钱粮物料，优先拨付。有延误者，严惩不贷！”
秦王乾纲独断，选址风波戛然而止。将作监不敢怠慢，立即征调工匠、民夫数千，冒着春寒，日夜赶工。原本略显荒僻的东南隅，顿时成了长安城中最忙碌的工地之一，夯土声、锯木声、号子声，响彻云霄，也敲打在许多旧族子弟的心头。
馆址既定，更关键的章程细则拟定，则考验着崔胤、杜让能等人的智慧与决心。如何在打破门阀垄断的同时，尽可能减少阻力，确保新学能切实推行？
承运殿旁的政事堂内，灯火常常彻夜不熄。崔胤、杜让能召集了部分出身相对寒微、支持新政的官员，以及从民间征辟的几位有名望的儒士、算学家，反复商讨。
“生徒资格，乃第一要务。”杜让能执笔记录，“王爷明示‘无论门第，唯才是举’。然才如何举？若完全不论出身，只凭考试，恐世家子弟自幼熏陶，依然占优。且寒门子弟，求学无门，如何能与他们同场较技？”
一位来自同州的寒士出身官员提议：“下官以为，可分途并进。其一，可由州县荐举，但须严格名额与标准，注重实学、品行，而非虚名。其二，可设‘特科’，如明算、明法、明工等，专考实用技艺，不同经义文章，或可让有一技之长者脱颖而出。其三，王爷亲军、各镇军中，可选拔聪慧有功之低级军校、士卒子弟入学，此辈忠诚可靠，且多知实务。”
崔胤点头：“此议甚好。可规定，崇文馆每年招收生徒二百人。其中，一百人由关中、河中、河阳、昭义、洛阳、河套等各州按户口比例荐举，荐举时需附被荐者‘家状’（履历）、‘艺业’（专长）及州县考语，并需有至少两名非亲属官员作保，严防滥竽充数。另五十人，通过‘特科’考试选拔，分算学、律学、地理堪舆、农工格物等科，由馆中博士出题考核。最后五十人，由王府及各镇军推荐忠勇将士子弟或军中俊才。如此，三途并进，或可兼顾。”
“课程设置，亦当革新。”一位被征辟的老儒缓缓道，他虽通经史，但对实学亦不排斥，“儒家经义，修身治国之本，不可偏废，当为必修。然可侧重《春秋》、《左传》之微言大义，《史记》、《汉书》之治乱兴衰，《论语》、《孟子》之仁政思想，弱化繁琐章句训诂。此外，律学、算学、地理（需涵盖山川险要、风俗物产）、农桑要术、水利概要，乃至基础兵略、公文写作，皆应设为常科。可分经义、实务两斋，各有侧重。”
“师资更是关键。”崔胤沉吟，“名儒固然要请，如颜荇先生（虚构，设定为关中着名儒者，相对开明），德高望重，可为表率，掌经义斋。然实务科目，名儒未必精通。可广征天下有实学之士，如精通律法的退职老吏，擅长水利的工匠，熟知边情的军中将校，甚至善于经营的商人，只要品行无亏，确有专长，皆可聘为博士、助教。王府厚给俸禄，授以官职，提高其地位。”
“生徒待遇，亦需明确。”杜让能接着道，“凡入馆生徒，一律免除本人徭役。供给食宿，按季发放衣物、笔墨纸砚。设立‘膏火银’，按月考绩优劣发放，以资鼓励。贫寒优异者，另有补助。学制暂定三年，每年考核，劣者退，优者奖。卒业时，由王府与馆中博士共同考核，分上、中、下三等。上等者，可直接授王府及各曹司低级官职，或荐于州县为吏；中等者，可参加王府特设的铨选考试，优先录用；下等者，亦可回乡，由州县优先聘为佐吏或乡学教习。”
众人反复推敲，一条条细则逐渐成形。章程草案送呈秦王御览，李铁崖仔细批阅，对“分途招生”、“增设实科”、“广纳实务师资”、“厚给生徒待遇”等举措大为赞赏，朱笔一挥：“可。即以此颁行。首年招生，标准可稍宽，以广招徕。务必使天下人知，孤求贤若渴，不问出身！”