货币与税制的改革，如同为帝国躯体疏通了血脉与经络，但陈远深知，一个真正强盛的王朝，绝不能仅靠权术与兵威，更需有格物致知的智慧与开拓创新的活力。
自穿越以来，他始终对东西方在科学技术上的差距抱有深刻的忧患意识。
前明虽有《天工开物》、《农政全书》等瑰宝，徐光启、李之藻等先贤也曾致力于引进西学，然终究囿于传统观念、科举制度与动荡时局，未能形成体系，更未能上升为国策。伪清更是倒行逆施，扼杀思想。
如今，海内初定，正是破除愚昧、倡导实学、奖掖发明的绝佳时机。
启明二年夏，在经过与徐光启、柳如是、以及一些有识之士的反复商讨后，陈远力排众议，颁布了一道石破天惊的诏书——设立“大陈格致院”（后通称科学院），并倡导“百家争鸣，实学为用”。
诏书言道：“朕观三代以降，治道之隆，未有不本于学术之明；国家之强，未有不资于器械之利。
今泰西诸国，帆船炮利，远涉重洋，窥我海疆；其天文历算、机械制造，亦有可采。
我华夏虽有《考工》、《天工》之遗编，然多散佚不传，或视为奇技淫巧，此实文明之大憾！”
“兹特设立‘大陈格致院’，于北京西山择地建院。其宗旨在于：讲求实学，探究物理，改良工艺，富强国家。
凡天文、历法、算学、地理、水利、农学、医学、营造、机械、火药、矿冶等一切有裨国计民生之学问技艺，皆在研习之列！”
格致院设院长一人，由皇帝特简（首任院长为徐光启），下设各“学馆”。
诏令明确：
广募人才：不分出身，只要通晓一技之长，经考核，均可入院，授予“待诏”、“博士”、“学士”等衔，享受优厚俸禄，专心研究。
翻译西书：设“译书馆”，系统翻译泰西数学、几何、天文、地理、物理、医学等着作，如《几何原本》、《泰西水法》、《坤舆万国全图》等，“熔铸中西，以求实用”。
实验验证：强调“实证”，设立观星台、实验室、试验田、工坊，不尚空谈，注重观察、实验与数据。
鼓励发明：颁布《专利鼓励法》，凡有能造利国利民之新式器械、改进工艺、培育良种者，经格致院验证有效，由朝廷授予“专利凭照”，许其专营获利若干年，或给予重奖、授予官职。
刊行学报：创办《格致汇编》（学术期刊），发表研究成果，促进交流。
与成立格致院相呼应，陈远在文化政策上，明确倡导“百家争鸣，实学为用”的风气。
他下诏改革科举内容，增加策论、算学、律法、农政等实用科目的比重。
在官学体系外，鼓励民间兴办书院、义学，讲授实学。