就在江南的叛乱硝烟渐散，朝廷上下刚刚松了口气，将更多精力投入到内部治理与新政巩固之际，一股来自西北的凛冽寒流，以猝不及防之势，狠狠撞向了帝国新筑的北疆防线。
准噶尔，这个在明末清初悄然崛起于天山南北的蒙古卫拉特（瓦剌）部落联盟，在其雄主巴图尔珲台吉的统领下，经过二十余年东征西讨，已然统一了漠西蒙古诸部，吞并了叶尔羌汗国，控制了青海和硕特部，势力东抵哈密，西接哈萨克，北抗沙俄，南窥西藏，建立起一个幅员辽阔、兵强马壮的游牧汗国。
巴图尔珲台吉志在恢复也先、达延汗时代的蒙古荣光，甚至梦想着重现成吉思汗的帝国。
对于南方汉地政权的更迭，他始终冷眼旁观，甚至暗中欣喜——明清交战，两败俱伤，正是他南下扩张的良机。
此前，因大陈立国未稳，内部叛乱，加之秦玉凤坐镇宣大，赵勇经营辽东，孙传庭扼守河套，北疆防线看似稳固，巴图尔珲台吉未敢大举妄动，只是不断派出小股骑兵，越过阿尔泰山，在漠北喀尔喀蒙古诸部与河套以西地区进行侦察、袭扰，试探大陈的反应和边防虚实。
启明三年秋，当江南叛乱的消息（被有意夸大）通过商队和探子传到遥远的伊犁河谷准噶尔王庭时，巴图尔珲台吉认为时机已到。
他召集群臣，慷慨陈词：“南方的汉人皇帝，正在屠杀他们自己的读书人和富人，国家内乱！
他们的精锐军队都被吸引到了南方！
长生天将漠南丰美的草原，赐给了懦弱的汉人，如今又将夺取它的机会，赐给了我们！
我的勇士们，磨亮你们的刀箭，喂饱你们的战马，跟随我，去夺取那阳光下最肥美的牧场，让汉人的皇帝，在我们的铁蹄下颤抖吧！”
九月，巴图尔珲台吉尽起准噶尔精锐，以其次子、勇猛善战的僧格为先锋，长子车臣台吉掌中军，鄂齐尔图（和硕特部）为侧翼，并胁迫部分漠北喀尔喀部落出兵助战，组成了一支号称十万、实有六万余骑的庞大军队，兵分两路，大举东侵：
北路，由僧格率领，两万五千骑，翻越阿尔泰山，直扑漠北喀尔喀蒙古的腹地。
巴图尔珲台吉意图先以雷霆之势，压服或击溃喀尔喀三部（土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗），消除侧翼隐患，并迫使其提供向导、补给，甚至加入联军，然后顺势南下，威胁河套、大同。
南路，由巴图尔珲台吉亲率主力四万余骑，避开大陈重兵布防的嘉峪关—肃州一线，选择从哈密以东，穿越黑戈壁，迂回攻击河西走廊北侧的亦集乃（今额济纳）地区，企图由此突破长城防线，直入宁夏、甘州（张掖），切断河西走廊，震动关中。
战报以八百里加急，火速传至北京。
陈远在武英殿紧急召见枢密院、兵部及北疆主要将领。
兵部尚书孙传庭面色凝重，指着巨大的北疆沙盘：“陛下，贼势浩大，且来势汹汹。北路僧格，意在喀尔喀。
喀尔喀三部向来首鼠两端，既畏我朝，又怕准噶尔。
若其迅速溃败或倒向准噶尔，则漠北尽失，河套、宣大侧翼完全暴露，归化城亦将受到威胁。
南路巴图尔珲台吉主力，选择亦集乃方向，此处长城年久失修，卫所空虚，守军仅数千，恐难抵挡。
若其突破，则河西危矣，西安震动！”
镇守宁夏的总兵贺人龙的急报也同时送到，称已发现大股准噶尔游骑在亦集乃附近活动，长城多处烽燧被拔，情势危急。
赵胜怒道：“鞑虏安敢如此猖狂！陛下，请给臣精兵十万，臣愿出塞千里，与那巴图尔决一死战，提其头来献！”
秦玉凤却更为冷静，她仔细查看沙盘，沉吟道：“朔国公勇气可嘉。
然准噶尔骑兵来去如风，聚散无常，我军若仓促以大军出塞寻其主力决战，极易被其牵着鼻子走，后勤不济，反受其制。
且如今江南初定，新政未固，国库虽有起色，然支撑两线（内政与大规模远征）大作战，力犹有未逮。”