秦玉凤本人则在伊犁河畔驻扎了月余，期间不断接见各方使者，处理归顺事宜，并派出小股精锐侦察周边，牢牢掌握了这片战略要地的实际情况。
直到确认大部分西域东部和北部的主要势力都已表示归顺或至少保持善意中立，冬季将至，她才率军东返。
临行前，她在巴里坤留下了一员得力部将和两千兵，修建简易城堡，设立“大陈镇西前哨”，作为未来经营西域的支点。
启明四年春，秦玉凤携带着西域数十部族、城邦表示归顺的表文、贡品，以及更为详尽的情报，凯旋回到北京。
楚琥尔乌巴什等重要俘虏被押解入京，献俘于太庙。
皇帝陈远率文武百官亲迎于正阳门外，给予了秦玉凤前所未有的隆重礼遇，晋封其为镇北公（女性国公，千古未有），赏赐无数。
紧接着，朝廷依据秦玉凤的奏报和建议，经过激烈朝议，陈远力排众议，做出了一项影响深远的战略决策：正式设立“西域都护府”。
诏书宣布：
1. 于哈密设立西域都护府，为管理西域之最高军政机构。
首任都护由秦玉凤麾下大将、熟悉边情的周遇吉担任，加兵部尚书衔，持节，统辖西域军政。
2. 都护府下，暂设安西（吐鲁番）、北庭（吉木萨尔）、伊吾（哈密）三镇，驻兵屯田，修筑城池，保护商路。
3. 对归顺的各城邦伯克、部落头人，依其势力大小、贡献多寡，分别册封为都督、都司、指挥、千户等世袭官职，颁发印信，但需接受都护府节制，并派子弟入京“学习”（实为质子）。
4. 重开丝绸之路，在哈密、肃州设大型互市，由官府管理，减低商税，保护商旅安全。鼓励内地商人前往贸易，也欢迎西域商人深入内地。
5. 准许畏兀儿、蒙古、回回等各族信仰自由，但要求其宗教首领（如阿訇、喇嘛）向朝廷备案，不得干预政事，不得煽动对抗。
6. 迁移部分内地（尤其是甘肃、陕西）贫民、军户至哈密、巴里坤等地屯垦，充实边疆，同化诸族。
西域都护府的设立，标志着自唐末以来，中原王朝中断数百年的西域经略，再次提上日程。
虽然起初控制力仅限于东部，且很大程度上依赖归顺的地方势力，但这无疑是一个极具象征意义和战略价值的开端。
它如同一枚打入亚洲腹心的楔子，不仅巩固了西北边防，震慑了准噶尔残余，更为未来进一步开拓中亚、保障丝绸之路畅通、甚至抗衡北方沙俄的东扩，埋下了至关重要的伏笔。
陈远和秦玉凤的目光，已然超越了长城。