启明四年秋，云贵川湖广经略 洪承畴持节抵达武昌，开府建牙，西南“改土归流”的大幕正式拉开。
洪承畴老于兵事，更精于权谋，他深知西南土司盘根错节，地形复杂，蛮烟瘴雨，绝非单凭武力可以速定。
他严格遵循朝廷“剿抚并用，区别对待”的方略，制定了详尽的行动计划，并展现了惊人的耐心与手腕。
首战，立威于 云南 车里。
洪承畴并未急于对付最难啃的水西安坤，而是选择车里宣慰使刀氏这个率先跳出来的“软柿子”开刀。
他命令云南总兵沐天波（已归顺的黔国公后裔，在云南仍有影响力）率本部兵马，并调集广西土兵（已归顺的土司兵）助战，合兵两万，进剿车里。
同时，派“抚夷使”携带重礼，秘密联络与刀氏有仇的孟琏、耿马等土司，许以战后瓜分其地，使其按兵不动或暗中助阵。
沐天波熟知云南地理，避开瘴疠季节，沿澜沧江河谷稳步推进。
刀氏土兵虽悍勇，但装备落后，组织松散，在沐天波所部装备了部分火器、训练有素的官军面前，连战连败。
官军攻破其数个山寨，直逼车里宣慰司司署所在地景洪。
刀氏见外援无望，内部生变，被迫出降。
洪承畴下令，将刀氏首领及其子侄十余口押送北京治罪，其地改设 车里府，派流官管辖，其部众编为里甲。
此战速胜，极大地震慑了云南境内其他心怀异志的土司。
其次，重点打击 水西 安坤、永宁 奢崇明 联盟。
在平定车里的同时，洪承畴对水西、永宁的攻势也已周密部署。
他深知安、奢两家世代姻亲，互为犄角，且兵多将广，地势险要，强攻不易。他采取的策略是“外锁内分，长期围困，伺机裂之”。
外锁：调集四川、湖广、广西官兵八万，分成数路，并不急于深入水西、永宁腹地，而是在其外围险要处修筑堡寨、粮台，步步为营，逐步压缩其活动空间。
同时，严厉封锁一切通往水西、永宁的商路，特别是盐、铁的输入。
洪承畴奏请朝廷，在遵义、泸州、辰州等地设立大型官盐仓，规定汉民、已归顺的苗彝百姓可凭户籍购买，唯独对水西、永宁实行禁运。
内分：派出大量细作和“抚夷使”，携金银珠宝、诰命文书，潜入水西、永宁内部，重点收买其属下土目、头人。
洪承畴开出的条件极具诱惑：凡能擒杀或献出安坤、奢崇明者，不仅可继承其土司职位（改为流官前的过渡），更赏银万两，封爵；凡能率本部归顺者，保其财产，授以官职（流官或土官），其部众待遇从优。同时，在安、奢军队中散布谣言，称对方已与朝廷秘密议和，将出卖自己。
长期围困：洪承畴不寻求速战，命令官军依托堡寨，深沟高垒，轮番戍守。
小股叛军来袭，则用火器击退；大股来攻，则凭寨固守，消耗其兵力士气。
时值秋冬，水西、永宁地区粮产本就不丰，加之贸易封锁，盐铁奇缺，内部物价飞涨，人心浮动。
围困持续了半年。
安坤、奢崇明起初还企图联合出击，打破封锁，但官军防守严密，火器犀利，几次进攻皆损兵折将。
内部，由于物资匮乏和朝廷的收买政策，不断有下属土目带领人马偷偷下山投降，甚至发生内讧。
安坤性情暴虐，对猜疑的部属动辄杀戮，更使得众叛亲离。
启明五年春，洪承畴见时机成熟，下令发起总攻。