当太子赵玮在临安为前线粮饷绞尽脑汁时，数千里外的秦州，乃至整个新收复的秦陇及河西东部地区，一场与军事行动同样重要、甚至更为复杂的战役——安抚百姓，稳定后方——也在吴玠的主持下，紧锣密鼓地展开。
这场战役没有震天的杀声，却关乎人心向背，关乎新附之地能否真正成为帝国稳固的疆土，而非随时可能失去的军事占领区。
吴玠深谙“马上得天下，安能马上治之”的道理。
军事上的辉煌胜利，只是打开了局面；要真正消化这片阔别中原近百年的土地，需要的是耐心、智慧，以及一系列切合实际、细致入微的安抚与治理措施。
他坐镇秦州，以成立的“陇右都护府”为中枢，发号施令，其安抚政策大致围绕以下几个方面展开：
一、宣谕德意，废除苛政。
吴玠以“大宋皇帝特使、川陕宣抚使、权知陇右都护事”的名义，向新附各州县、堡寨、部落，广泛发布安民告示。
告示以汉、西夏文（党项文）、甚至简单的吐蕃符号书写，派员四处张贴、宣读。内容核心是：王师吊民伐罪，驱逐暴虏；既往不咎，各安生业；废除蒙古及先前割据势力的一切额外苛捐杂税、非法徭役；恢复宋朝年号、正朔；减免当年税赋；承认民间现有土地、财产权属，官府予以保护。
此令一出，如春风化雨，迅速安定了惶惶人心。
许多在蒙古统治下不堪重负的百姓，尤其是汉民和已一定程度汉化的党项、羌人，闻之涕下，对“王师”的认同感大大增强。
对于原西夏、金国留下的基层官吏，只要没有重大恶行，愿意归附，吴玠也多予留用，甚至原职录用，以保持行政运转的连续性，避免出现权力真空和社会动荡。
二、赈济灾荒，招抚流亡。
秦陇地区久经战乱，民生凋敝，又恰逢冬春之交，青黄不接，饥荒频发。
吴玠下令，从军粮中拨出一部分，又在当地富户中劝募，设立“粥厂”、“义仓”，赈济孤寡老弱、受灾饥民。
同时，严格执行之前颁布的《招抚流亡令》，派员深入山野乡村，招揽因战乱逃散的百姓回乡，并提供种子、农具、口粮，帮助他们恢复生产。
对于归附的吐蕃、羌人部落，也酌情给予粮食、布匹、茶叶接济，助其渡过春荒，彰显“天朝”仁德。
三、兴修水利，劝课农桑。
“无农不稳”。
吴玠深知，要让百姓真正扎根，必须让他们有地可种，有粮可收。
他委任杨从义兼领“陇右营田使”，不仅负责军屯，也统筹民屯和民间农业恢复。
组织兵民，修复因战乱废弃的渠道、陂塘，如秦州附近的渭水渠、兰州的黄河水车等。
推广代田、区种等较为先进的耕作技术。
将无主荒地、官田，分给流民和少地农民，并规定新垦荒地三年不征赋税。
鼓励种植桑麻，发展纺织，以解决穿衣问题。
这些措施，虽然见效慢，却是稳固统治的根基。
四、整顿治安，剿抚盗匪。
战乱之后，盗贼蜂起，既有溃散的乱兵，也有趁火打劫的匪徒，严重危害地方安宁。
吴玠在驻军维持大局的同时，下令各州县组建乡兵、保甲，配合官军，清剿匪患。