起初，二人关系极为亲密，互通有无，联手巩固在凉州的统治，马腾驻守陇西，韩遂镇守金城，形成了东西呼应的格局，凉州的局势也暂时趋于稳定。
然这种基于利益的同盟，终究难以长久。马腾与韩遂，一个是伏波将军后裔，虽出身寒微，却始终带有汉家士族的底色；一个是凉州本地豪强，常年与羌胡打交道，行事更为狠辣果决。
二人的性格与理念本就存在差异，再加上麾下部将为争夺地盘、人口与粮草，时常发生冲突，彼此的嫌隙也日益加深。最终，这些矛盾彻底爆发，马腾率先率军攻打韩遂，韩遂被迫出逃，随后召集部众反攻马腾，双方在凉州展开了连年的混战。
这场混战，远比之前与朝廷的战争更为惨烈。韩遂为报复马腾，率军攻破马腾的治所，杀死了马腾的妻子与嫡子，仅留下马超等庶子。
妻儿被杀，让马腾与韩遂的仇怨达到了顶峰，二人从异姓兄弟变成不共戴天的仇敌，连兵不解，互相攻伐数年，凉州百姓深陷水火，田园荒芜，民不聊生。连年的内战，让马腾与韩遂的实力都大幅削弱，昔日强大的凉州羌汉同盟，彻底破裂，也为日后曹操平定关陇埋下了伏笔。
就在马腾与韩遂互相攻伐之际，中原的局势发生了翻天覆地的变化。曹操在官渡之战中击败袁绍，逐渐统一北方，成为当时最强大的军阀。
曹操深知关陇地区的战略重要性，凉州若不安定，其南下征讨荆州、益州便会有后顾之忧，遂决定招抚马腾、韩遂，稳定关陇局势。建安四年（199年），曹操派遣司隶校尉钟繇前往凉州，向马腾、韩遂陈述利害关系，晓以大义，同时以朝廷的名义许以高官厚禄。
此时的马腾，已深陷与韩遂的内战之中，兵力折损，粮草匮乏，又面临着北方胡人、鲜卑的入侵，早已疲惫不堪。曹操的招抚，对马腾而言，无疑是摆脱困境的最佳选择。
于是，马腾决定归降曹操，韩遂也因实力大损，被迫接受招抚。二人皆派遣子嗣入侍朝廷，作为人质，向曹操表明归降的诚意。曹操为安抚二人，以朝廷的名义任命马腾驻守槐里，拜为前将军，授予假节的权力，封槐里侯，允许其继续统率部众，镇守关中。
归降曹操后，马腾迎来了一生中最安稳的时期，也展现出了作为一方守将的才能。他镇守槐里期间，北御胡人，东防鲜卑，多次击败少数民族的入侵，保障了关中北部边境的安宁；
对内，他举荐贤才，优待士人，怜悯百姓，轻徭薄赋，安抚因战乱流离失所的民众，让关中地区的经济得到了一定的恢复。曹魏史学家鱼豢在《典略》中评价道，马腾镇守关中期间，“关中百姓皆爱戴之”，这也是对其治政能力的最高肯定。
建安七年（202年），袁绍病逝，其子袁尚派河东太守郭援、并州刺史高干联合匈奴南单于，攻打平阳（今山西临汾），企图趁曹操主力在河北之机，夺取关中。袁尚遣使前往凉州，欲拉拢马腾、韩遂，共同对抗曹操，马腾虽已归降曹操，却因与韩遂的仇怨，再加上对曹操的忌惮，一时犹豫不决。
关键时刻，曹操派遣钟繇、张既、傅干等人前往凉州，反复劝说马腾，晓以唇亡齿寒的道理，马腾最终决定坚定地站在曹操一边，派遣其子马超率领精兵万余人，跟随钟繇征讨郭援、高干。
马超素有“锦马超”之称，骁勇善战，其麾下的西凉铁骑更是天下闻名。在平阳之战中，马超率军奋勇杀敌，大败袁尚军，其部将庞德于阵中斩杀郭援，匈奴南单于被迫投降，平阳之围遂解。
建安十年（205年），马腾又率部跟随议郎张既，击败高干与张晟的残余势力，斩杀张琰、卫固等叛将，彻底平定了河东地区的叛乱。平阳之战的胜利，不仅巩固了曹操在关中的统治，也让马腾得到了曹操的信任，其在关中的地位更加稳固，然这场胜利，也为日后马超的崛起与马腾的悲剧，埋下了伏笔。
入京为质：枭雄的落幕与家族的悲剧
建安十三年（208年），曹操在赤壁之战中战败，统一全国的计划受挫，转而开始巩固北方的统治，关陇地区成为曹操重点经营的对象。此时的马腾，已年事已高，与韩遂的仇怨虽未化解，却也无力再发动大规模的战争，更重要的是，他深知曹操雄才大略，绝不会容忍关陇地区存在独立的割据势力，自己虽归降曹操，却始终手握重兵，终究会成为曹操的眼中钉。
为保全自身与家族，也为了向曹操表明自己并无异心，马腾以与韩遂不和，不愿再驻守凉州为由，向朝廷奏请，请求入京为官。
曹操正欲削夺马腾的兵权，稳定关陇局势，见马腾主动请辞，自然欣然应允，以朝廷的名义任命马腾为卫尉，负责值守宫禁，封其长子马超为偏将军，封都亭侯，统率马腾的全部部曲，继续驻守凉州。卫尉虽为九卿之一，位列高官，却无实际兵权，实则是曹操将马腾召入京城，作为人质，以此牵制马超。
马腾入京后，举家迁往邺城（今河北临漳），成为曹操控制下的“笼中鸟”。他或许以为，自己放弃兵权，入京为质，便能保全家族，却忽略了儿子马超的性格。马超骁勇善战，却性情刚烈，野心勃勃，不甘于屈居曹操之下，更不愿看到马家的势力被曹操逐步削夺。
建安十六年（211年），曹操为平定关陇，派遣钟繇、夏侯渊率军西进，以讨伐汉中张鲁为名，欲借机夺取凉州，解除马超、韩遂等凉州豪强的武装。
曹操的意图，自然瞒不过马超与韩遂。马超深知，曹操西进，名为讨伐张鲁，实则针对自己与韩遂，一旦凉州被曹操占领，马家数代经营的势力将化为乌有，即便自己归降曹操，也难逃被削夺兵权的命运。
于是，马超不顾父亲马腾及全家数百口人皆在邺城为质，毅然决定联合韩遂，以及凉州的杨秋、李堪、成宜等豪强，拥兵十万，屯兵潼关，起兵反抗曹操。
为拉拢韩遂，马超甚至对韩遂说：“今超弃父，以将军为父，将军亦当弃子，以超为子。”这番话，不仅表明了马超抗曹的决心，也彻底抛弃了在邺城的父亲马腾。马超与韩遂的联合，让曹操极为震怒，也让关陇地区再次陷入战乱。
曹操亲自率领大军西征，与马超、韩遂等部在潼关展开激战。马超虽骁勇善战，西凉铁骑虽勇猛无敌，却终究不是曹操的对手。曹操巧用离间计，挑拨马超与韩遂的关系，让二人互相猜忌，联军军心涣散，曹操趁机率军猛攻，大败马超、韩遂联军，斩杀李堪、成宜等叛将，马超、韩遂率残部西逃，凉州之乱初平。
潼关之战的失败，让马超并未死心，他率残部逃往凉州，袭击陇上，围攻凉州刺史韦康，企图重整旗鼓，再次对抗曹操。马超的反复作乱，让曹操彻底失去了耐心，也让他对马腾的最后一丝容忍化为乌有。
建安十七年（212年）五月，曹操以马超谋反，马腾连坐为由，下令将马腾及其在邺城的全家数百口人全部诛杀，并夷灭三族。一代凉州枭雄，最终因儿子的反叛，落得身首异处、家族覆灭的下场，其结局令人唏嘘。
马腾死后，马超失去了最后的牵挂，率部投奔汉中张鲁，后又归降刘备，成为蜀汉的“五虎上将”之一，名垂青史，而马腾则成为了历史的配角，甚至因儿子的反叛，被贴上了“坑爹”的标签。
然纵观马腾的一生，他并非天生的叛逆，也并非无情无义之辈，其一生的选择，皆是被汉末的乱世所裹挟。他起于微末，凭军功崛起，在凉州的乱局中，他曾试图匡扶汉室，也曾割据一方，最终为保全家族而放弃兵权，入京为质，却终究未能逃脱乱世的宿命。
功过是非：西凉枭雄的历史定位
马腾的一生，充满了争议，有人称其为“汉末忠臣”，也有人骂其为“乱世叛贼”，金元时期史学家郝经评价道：“马腾马超父子以勇猛闻名于西北，与韩遂等人反汉，侵扰关中，再加上董卓之乱，造成了汉朝的分裂。”
这一评价，虽有道理，却也有失偏颇。客观而言，马腾并非纯粹的忠臣，也非纯粹的叛贼，他只是汉末乱世中，一位典型的地方豪强，其所有的选择，皆以保全自身与家族利益为核心，在忠君与谋私之间，不断摇摆。
从功绩来看，马腾的一生，并非毫无建树。他镇守关陇数十年，北御胡人，东防鲜卑，多次击败少数民族的入侵，保障了关中边境的安宁，让关中百姓免受战乱之苦；
他在任期间，举荐贤才，安抚百姓，轻徭薄赋，让关中地区的经济得到了一定的恢复，深得关中百姓的爱戴；他归降曹操后，率部参与平定河东之乱，协助曹操巩固了北方的统治，为三国鼎立局面的形成，做出了一定的贡献。
从过失来看，马腾的反汉与反复，确实加速了东汉王朝的灭亡。他本为朝廷将领，却在凉州官军溃败后，拥兵反汉，加入叛军阵营，成为凉州反汉势力的核心人物，让关陇地区的战乱更加频繁；
他与韩遂结为异姓兄弟，却因利益冲突而互相攻伐，连年的内战，让凉州百姓深陷水火，也让凉州的实力大幅削弱，为曹操平定关陇创造了条件；他虽归降曹操，却始终手握重兵，对曹操心存忌惮，若其能及早约束马超，或许也不会落得家族覆灭的下场。
马腾的悲剧，既是个人的悲剧，也是时代的悲剧。在汉末那个礼崩乐坏、天下大乱的时代，皇权旁落，军阀割据，仁义道德早已被抛诸脑后，唯有实力与利益，才是生存的根本。
马腾作为一方豪强，虽有贤良忠厚的品性，却终究无法摆脱乱世的桎梏，他的一生，始终在夹缝中求生存，在忠与奸之间做选择，最终却因儿子的野心，落得身首异处的下场，其家族也随之覆灭，成为了汉末乱世的牺牲品。
纵观马腾的一生，从陇右的伐木少年，到凉州的割据枭雄，再到京城的阶下之囚，其轨迹跌宕起伏，充满了传奇色彩。他虽非千古名将，也非一代贤君，却在汉末的历史长河中，留下了浓墨重彩的一笔。
他的故事，让我们看到了汉末乱世中，武将的身不由己与人性抉择，也让我们更加深刻地认识到，和平的珍贵与统一的必然。而马腾与马超父子的悲剧，也成为了千古憾事，警醒着后人，在追求权力与野心的同时，切勿忘记亲情与责任。