“御制格物溯源”编纂的旨意，如同在平静的学术湖面投下了一颗分量不轻的石子。只是这一次，激起的涟漪暂时还局限于翰林院、国子监、钦天监、工部等少数相关衙门的低阶官员和书吏小范围之内。皇帝的意图很明确：不求大张旗鼓，但求扎实起步。总揽其事的江雨桐，深知此事敏感，行事越发低调审慎。
她向皇帝请了旨，在翰林院藏书楼旁辟了一处独立的、名为“稽古阁”的幽静小院，作为编纂班底日常办公之所。入选的六位编修，是她与徐光启反复斟酌后拟定的名单，经由皇帝朱批确认。这六人中，有三位是翰林院的庶吉士或编修，年纪都在三十上下，并非清流中的翘楚，甚至有些“边缘”——一位沉迷算学，曾因“不务正业”被掌院学士训斥；一位祖传数代精通堪舆水利，于经义上却平平；还有一位竟对泰西历法有些兴趣，私下与京中的西洋教士有过接触。另外三位，则分别来自钦天监（一位主簿，精于观测）、工部营缮所（一位老匠作之子，现为吏员，通晓营造）、以及太医院（一位御医弟子，长于本草辨识）。
这样一支队伍，在那些皓首穷经、以诗赋制艺为正途的翰林清贵眼中，简直是“不伦不类”、“乌合之众”。但江雨桐要的，正是这些“不务正业”的专才。她将皇帝的旨意和编纂大纲与六人详细分说，强调此书乃“奉旨探赜索隐，以明格物致知之实”，旨在“经世致用，补益民生”，绝非离经叛道。几人闻言，有的激动，有的忐忑，但眼中大多燃起了被认可的、跃跃欲试的光芒。
编纂工作便在这略显简陋却不受打扰的“稽古阁”内，悄无声息地展开了。第一步是汇集、整理、甄别材料。江雨桐将自己带来的父亲遗藏和搜集的杂书作为基础，又凭皇帝手谕和冯保的协助，从各衙门调阅了大量或公开、或半公开的文档图册：钦天监的历年观测记录、星图、简易仪器图说；工部的各类工程则例、物料谱、军器图样（有限制地提供）；户部关于漕运、仓储、农桑的旧档；太医院的部分药典、方剂、以及对人体骨骼、经络的图示（剔除过于玄虚的部分）；甚至通过徐光启，从那位在京的耶稣会士邓玉函处，借阅了一些关于几何、力学、天文仪的拉丁文书籍抄本或汉译残稿，由那位懂西学的编修负责初步翻译和解释。
材料浩如烟海，且良莠不齐，充斥着荒诞传说、牵强附会、乃至玄学臆测。江雨桐的工作，首先是带着编修们“沙里淘金”。她定下几条原则：其一，所述需有可观察、可验证之事实依据，摒弃虚无缥缈的“玄理”；其二，语言力求准确平实，避免夸张渲染；其三，尽量配以图示，务求清晰；其四，也是最重要的一点——每节内容，需在开头或结尾，引用一两句儒家经典中关于“格物”、“致知”、“开物成务”、“利用厚生”的言论，作为理论依据和“保护色”。
比如，在整理“天文”卷关于日月运行、四季成因的内容时，他们摒弃了“阴阳消长”、“天帝驾临”等神秘解释，而是综合历代相对客观的观测记录（如汉代张衡、元代郭守敬的学说），结合简易的几何模型（借鉴了部分西方地圆说和日心说的直观图示，但谨慎地注明“依实测推想其理”，避免直接挑战“天圆地方”的主流观念），力求给出符合观察的、逻辑自洽的解释。而在章节开端，则引用《周易》“观乎天文，以察时变”，《中庸》“致中和，天地位焉，万物育焉”，点明观测天象、明了时序，乃是圣人“赞天地之化育”的应有之义。
又比如，“农桑”卷中，关于作物栽培、土壤改良、水利灌溉的内容，他们大量摘录、验证《农政全书》、《天工开物》中的有效记载，并去芜存菁。在讲述“粪肥发酵增力”时，旁边便配以简易的沤肥池构造图，文字说明其原理是“物质腐化，生气乃生，沃养地方”，并引用《尚书》“政在养民”，《荀子》“人善治之，则亩数盆”来佐证改进农事的重要性。
“匠作”卷最为棘手，也最让江雨桐和那位工部出身的编修耗费心神。他们要厘清各种工具、机械（如龙骨水车、纺车、提花机、乃至简易的齿轮传动装置）的原理、构造、用法，用文字和图分解说清楚。那位老匠作之子发挥了关键作用，他用匠人的语言和精准的线条，绘制出一张张分解图。江雨桐则负责将匠人的经验之谈，转化为稍具理论性的描述，并努力寻找经典依据。在讲述“杠杆省力”原理时，他们引用《墨经》中的相关论述，并旁注“此即圣人所谓‘四两拨千斤’之理，格物之妙用也”。
工作繁琐而漫长，常常为了一个术语的准确、一张图示的清晰、一段引文的恰当，反复争论、修改。江雨桐不仅是总纂，更像是一位细致的导师和严格的把关人。她白日泡在稽古阁，与编修们一同埋首故纸堆与绘图纸中；晚上回到集贤苑，还要继续审阅、批注、整理。短短旬月，人便清减了几分，但眼神却越发清亮有神，那是一种沉浸在创造性工作中的、充实而锐利的光芒。
期间，林锋然曾悄悄来过稽古阁两次。不让人通传，只隔着窗棂，看里面众人或激烈讨论、或伏案疾书、或对照图册比划的模样。他看到江雨桐时而凝眉沉思，时而提笔勾画，时而向那位工部编修仔细询问某个榫卯结构的细节，神情专注而沉静，周身仿佛笼罩着一层与这深宫浮躁截然不同的、沉潜务实的气场。他没有进去打扰，只是静静看了一会儿，便悄然离去。心中那处因国事艰难、阴谋四伏而时常绷紧的角落，似乎因这窗内景象，获得了一丝奇异的宁静与力量。他知道，自己播下的这颗种子，正在她手中，被小心而有力地培育着。
这日，江雨桐正在审阅“匠作”卷中关于“冶金”部分的初稿。这部分内容相对敏感，涉及矿产辨识、炉窑建造、鼓风技术、乃至不同金属的熔炼配比。她看得格外仔细，正与那位工部编修探讨一处关于“灌钢法”的记载是否准确时，高德胜派来的小太监找到了稽古阁。
“江女史，陛下口谕，请您得空时，去一趟西暖阁。陛下想问问……编纂的进展。” 小太监低声道。
江雨桐放下手中的文稿，整理了一下衣襟，对几位编修交代了几句，便随小太监前往西暖阁。
林锋然正在批阅奏章，见她进来，示意免礼看座。“如何？可还顺利？那些编修，可用否？”
“回陛下，诸位编修皆尽心竭力，于各自所长颇有钻研。材料汇集已初具规模，天文、农桑、匠作三卷，已开始撰写初稿。只是……” 江雨桐略一迟疑，“有些内容，牵涉专门之术，核实不易。且如何把握深浅，既能阐明原理，又不至流于琐碎或涉于隐秘，尚需反复斟酌。”
“嗯，谨慎些好。” 林锋然点头，从御案上拿起几页她之前呈送的、关于编纂体例和样例的纸张，“你这里提到，要引经据典，以圣人之言为纲。想法很好。然则，可能确保句句皆有出处，且引用得当，不致被人断章取义，反诬尔等曲解圣意？”
这正是江雨桐最耗费心神之处。“臣与徐先生及几位编修，皆不敢怠慢。凡所引用，必核对原典上下文，务求契合文意。且重在阐发‘格物’、‘致用’精神，而非以经文机械比附具体技艺。譬如论水利，引《禹贡》导山浚川；论百工，引《考工记》智者创物。旨在说明，探求物理、改进器用，本是先王遗意，圣学一端，非是奇技淫巧。”
“你能如此想，朕便放心了。” 林锋然眼中露出赞许，顿了顿，忽然道，“太子近日，课业如何？可还……念着旧人？”